A Milligan College a kelet-tenessee-i Carter megyében található. Eredete egy kis keresztény (Disciples of Christ) gyülekezet által alapított Buffalo Férfi és Női Intézetre (1866) nyúlik vissza. Josephus Hopwood 1882-ben a Kentucky Egyetem nagyra becsült professzoráról elnevezett főiskolává fejlesztette. Hopwood, a főiskola korai történetének meghatározó személyisége 1903-ig volt az elnök, és ő alkotta meg a főiskola tartós mottóját: “Keresztény nevelés – a világ reménye.”
Az új korszak 1917-ben kezdődött. Az új elnök, Henry J. Derthick, a szeretett “pásztor a hegyekig”, befejezte a négy főépületet, amelyek túlélték a második világháborút, amikor a főiskola minden létesítményét átalakította a haditengerészet V-12-es programjához, és egy versenyképes szabad művészeti főiskolát hozott létre a közeli hegyvidék fiataljainak szolgálatára. A háború utáni átmeneti fellendülés túl gyorsan vezetett a katasztrófa közelébe. Az elnöki hivatalban kirobbant botrány, a tanári kar jelentős lemondásai, a túlságosan költséges sportprogram és a beiratkozási létszám hirtelen visszaesése (300 fő alá) majdnem csődhöz és a regionális akkreditáció elvesztéséhez vezetett.
A modern korszak 1950 sötét napjaiban kezdődött. Dean E. Walker a Butler Egyetemről érkezett új elnökként. Ő a Milligan-t a Disciples mozgalmon belüli konzervatív és független frakcióhoz (Keresztény Egyházak és Krisztus Egyházai) igazította. Ez segített elnyerni a szimpatizáns magánszemélyek és gyülekezetek nagyobb pénzügyi támogatását. A kevésbé regionális és növekvő diákság (1995-96-ban 866 fő) egyre inkább ezt a közösséget képviselte. A növekvő pénzügyi stabilitással és egy jóval kibővített kampusszal rendelkező Milligan 1960-ban visszanyerte a regionális akkreditációt.
A 2000-2001-es tanévben több mint 900 diák iratkozott be a Milliganbe. A főiskola huszonkilenc szakot kínált. Donald R. Jeanes, a főiskola öregdiákja lett az intézmény tizennegyedik elnöke 1997-ben.