A leendő Nagy Bazár magjának építése 1455/56 telén kezdődött, nem sokkal Konstantinápoly oszmán hódítása után, és része volt egy szélesebb körű kezdeményezésnek, amely Isztambul gazdasági fellendítését célozta. II. Mehmed szultán a konstantinápolyi palotája közelében építtetett egy, a textil- és ékszerkereskedelemnek szentelt épületet. Ezt Cevâhir Bedestan (“Drágakövek Bedestánja”) névre keresztelték, és oszmán törökül Bezzâzistan-ı Cedîd (“Új Bedestán”) néven is ismert volt.A bedesten szó a perzsa bezestan szóból származik, amely a bez (“ruha”) szóból származik, és “a ruhaárusok bazárját” jelenti. Az épület – törökül felváltva İç (“Belső”), Atik (“Ősi”) vagy Eski (“Régi”) Bedesten néven – Isztambul harmadik dombjának lejtőjén, az ősi Konstantin és Theodosius fóruma között fekszik. Közel volt az első szultáni palota, az ugyancsak ezekben az években épülő Régi Palota (Eski Saray), és nem messze az Artopoleia (görögül: Άρτοπωλεία), a város péknegyedétől a bizánci időkben.
A Bedesten építése 1460/61 telén ért véget, és az épületet a Hagia Sophia mecset waqfjának adományozták. A téglafalazat elemzése azt mutatja, hogy az építmény nagy része a 15. század második feléből származik, bár a Bedesten keleti kapujának (Kuyumcular Kapısı) tetején még mindig zárt bizánci sast ábrázoló bizánci domborművet több tudós is bizonyítékként használja arra, hogy az építmény bizánci építmény volt.
A Bedesten közelében lévő, törökül Esir Pazarınak nevezett piacon aktív volt a rabszolgakereskedelem, amely szintén a bizánci időkből átvett használat. További fontos piacok voltak a környéken a használtcikk-piac (törökül: Bit Pazarı), a “hosszú piac” (Uzun Çarşı), amely a görög Makros Embolosnak (Μακρός Ὲμβολος, “hosszú oszlopcsarnok”), a Konstantin fórumtól az Aranyszarvig lefelé húzódó hosszú oszlopcsarnokos bevásárlóközpontnak felel meg, amely a város egyik fő piactere volt, míg a régi könyvpiacot (Sahaflar Çarşısı) csak az 1894-es isztambuli földrengés után helyezték át a bazárból a Bejazid-mecset melletti mai festői helyszínre.
Néhány évvel később – más források szerint ez 1545-ben történt I. Szulejmán szultán idején – II. Mehmed építtetett egy másik fedett piacot, a “Sandal Bedesten”-t (a név egy Bursában szőtt, szantálfa színű fonalfajtáról származik), amelyet Küçük (“Kis”), Cedit vagy Yeni (mindkét szó jelentése “Új”) Bedesten-nek is neveztek, és amely az elsőtől északra feküdt.
A Sandal Bedesten felállítása után a textilkereskedelem költözött ide, míg a Cevahir Bedesten a luxuscikkek kereskedelmének volt fenntartva. Kezdetben a két épület elszigetelten állt. A 16. századi francia utazó, Pierre Gilles szerint közöttük és a Bejazid-mecset között templomok romjai és egy nagy ciszterna állt. Hamarosan azonban számos árus nyitotta meg üzletét közöttük és körülöttük, így egy egész, kizárólag a kereskedelemnek szentelt negyed született.
A 17. század elején a Nagy Bazár már elérte végleges formáját. Az Oszmán Birodalom hatalmas kiterjedése három kontinensen, valamint az Ázsia és Európa közötti közúti összeköttetések teljes ellenőrzése a bazárt és a környező hánokat vagy karavánszerájokat a mediterrán kereskedelem központjává tette. Számos európai utazó szerint abban az időben és egészen a 19. század első feléig a piac az eladásra kínált áruk bőségét, változatosságát és minőségét tekintve páratlan volt Európában. Abban az időben az európai utazóktól tudjuk, hogy a Nagy Bazár alaprajza négyzet alakú volt, két egymásra merőleges főútvonal keresztezte egymást középen, és egy harmadik út futott végig a külső kerület mentén. A bazárban 67 utca volt (mindegyik egy-egy áru árusának nevét viselte), több tér, amelyet a napi imára használtak, 5 mecset, 7 szökőkút, 18 kapu, amelyeket minden nap reggel kinyitottak és este bezártak (ezekből származik a piac modern neve, a “zárt piac” (Kapalıçarşı). 1638 körül a török utazó, Evliya Çelebi adta a bazár és szokásainak legfontosabb történelmi leírását. Az üzletek száma 3000 volt, plusz 300, amelyek a környező hánokban helyezkedtek el, nagy, két-három emeletes, oszlopcsarnokos belső udvar körüli karavánszerájokban, ahol az árukat lehetett tárolni és a kereskedőket elszállásolni. Ebben az időszakban a város üzleteinek egytizede a piacon és környékén összpontosult. Mindezek ellenére abban az időben a piac még nem volt fedett.
A Nagy Bazárt visszatérő csapások, tűzvészek és földrengések sújtották. Az első tűzvész 1515-ben, egy másik 1548-ban történt. További tüzek pusztítottak a komplexumban 1588-ban, 1618-ban (amikor a Bit Pazarı elpusztult), 1645-ben, 1652-ben, 1658-ban, 1660-ban (ekkor az egész város elpusztult), 1687-ben, 1688-ban (nagy kár keletkezett az Uzun Çarşıban) 1695-ben és 1701-ben. Az 1701-es tűzvész különösen heves volt, ami arra kényszerítette Nevşehirli Damad Ibrahim pasa nagyvezírt, hogy 1730-1731-ben újjáépítse a komplexum több részét. 1738-ban a Kızlar Ağası Beşir Ağa a Mercan Kapı melletti (ma is meglévő) szökőkutat adományozta.
Az 1696-ban kiadott új tűzvédelmi törvény miatt ebben az időszakban a piac több részét, amely a két Bedesten között feküdt, boltozattal fedték le. Ennek ellenére 1750-ben és 1791-ben újabb tüzek pusztítottak a komplexumban. Az 1766-os földrengés további károkat okozott, amelyeket egy évvel később az udvari főépítész (Hassa Baş Mimarı) Ahmet kijavított.
A 19. századi nyugat-európai textilipar növekedése, a tömeggyártási módszerek bevezetése, a birodalom és számos európai ország között aláírt kapitulációk, valamint az áruk előállításához szükséges nyersanyagok – mindig európai kereskedők általi – megelőlegezése a birodalom zárt gazdaságában a piac hanyatlását okozó tényezők voltak. Bedesten 1850-re a bérleti díjak tízszer alacsonyabbak voltak, mint két-három évtizeddel korábban. Ráadásul a nyugati orientációjú polgárság megszületése és a nyugati termékek kereskedelmi sikere arra késztette a kisebbségekhez (görög, örmény, zsidó) tartozó kereskedőket, hogy kiköltözzenek az elavultnak tekintett bazárból, és új üzleteket nyissanak az európaiak által látogatott negyedekben, például a Perában és a Galatában.
Egy 1890-es felmérés szerint a bazárban 4399 működő üzlet, 2 bedesten, 2195 szoba, 1 hamam, egy mecset, 10 medrese, 19 szökőkút (köztük két şadırvan és egy sebil), egy mauzóleum és 24 han volt. A 30,7 hektáros, 18 kapuval védett komplexumban 61 utcán 3000 üzlet, a 2 bedesten, 13 han (plusz még számos külső) található.
A legutóbbi nagy katasztrófa 1894-ben történt: egy erős földrengés rázta meg Isztambult. A közmunkaügyi miniszter, Mahmud Celaleddin pasa 1898-ig felügyelte a sérült bazár helyreállítását, és ez alkalommal a komplexum területét csökkentették. Nyugaton a Bit Pazarıt az új kerítésen kívül hagyták, és Çadırcılar Caddesi (“Sátorkészítő út”) néven nyílt út lett belőle, míg a régi kaput és a Kütkculer Kapit lebontották. A piachoz tartozó hánok közül sok maradt kint, és csak kilenc maradt az építménybe zárva.
1914-ben a Sandal Bedesten, amelynek textilárukkal foglalkozó kezelői az európai konkurencia miatt tönkrementek, Isztambul városa tulajdonába került, és egy évvel később kezdődően aukciós házként működött, elsősorban szőnyegek számára. 1927-ben a bazár egyes részei és az utcák hivatalos neveket kaptak. A bazár utolsó tűzvészére 1943-ban és 1954-ben került sor, a kapcsolódó helyreállítások 1959. július 28-án fejeződtek be.
A komplexum utolsó helyreállítására 1980-ban került sor. Ekkor a piac körüli reklámplakátokat is eltávolították.