1960. október 1-jén Nigéria elnyerte függetlenségét Nagy-Britanniától. Az össznigériai végrehajtó tanácsot egy miniszterelnök, Alhaji Sir Abubakar Tafawa Balewa vezette. 1960. november 16-án Nnamdi Azikiwe lett az első főkormányzója a három régióból – észak, kelet és nyugat – álló szövetségi államnak, amelynek szövetségi fővárosa Lagos. Mindegyik régió élén egy-egy miniszterelnök állt, akinek a kormányzó volt a ceremoniális vezetője. 1963. október 1-jén Nigéria szövetségi köztársasággá vált, és megszakította a brit monarchiához fűződő kapcsolatait, de tagja maradt a Nemzetközösségnek. Az 1960-as függetlenségi alkotmány módosítása a főkormányzói tisztséget az elnöki tisztséggel váltotta fel. Nnamdi Azikwe 1963. október 1-jén esküdött fel erre a tisztségre. A hivatal akkoriban elsősorban ceremoniális jellegű volt, és az elnök fő feladatai közé tartozott például a külföldi méltóságok fogadása és a parlament megnyitása.
Az 1966. januári sikertelen államcsíny során a hadsereg tisztjeinek egy csoportja Chukwuma Nzeogwu őrnagy vezetésével megdöntötte a központi és a regionális kormányt, megölte a miniszterelnököt, Abubakar Tafawa Balewát, és megpróbálta átvenni a kormány irányítását. Nzeogwu ellenállt, elfogta és bebörtönözte Johnson Aguiyi-Ironsi tábornokot. Aguiyi-Ironsi tábornokot nevezték ki katonai államfőnek.
1966 júliusában az északi hadsereg tisztjeinek egy csoportja fellázadt a kormány ellen, megölték Johnson Aguiyi-Ironsi tábornokot, és a hadsereg vezérkari főnökét, Yakubu Gowon tábornokot nevezték ki az új katonai kormány élére.
1975-ben Yakubu Gowon tábornokot leváltották, és Murtala Mohammed tábornok állt Nigéria szövetségi katonai kormányának élén 1976-os meggyilkolásáig. Halálakor a Legfelsőbb Katonai Tanács ülésén Olusegun Obasanjo tábornok, a Legfelsőbb Főparancsnokság kabinetfőnöke (ami egy alelnöknek felel meg) vette át az államfői tisztséget, fenntartva a Murtala Mohammed által létrehozott parancsnoki láncot. Obasanjo tábornok feladata volt az elődje által megkezdett demokratikus átmenet befejezése, amely 1979 augusztusában választásokban csúcsosodott ki.
1979-ben Nigéria szövetségi elnöki alkotmányt fogadott el. Az elnöki tisztség végrehajtó hivatal lett, amerikai kollégájához hasonló jogkörökkel. A törvényhozás egy kétkamarás nemzetgyűlés volt, amely egy szenátusból és egy képviselőházból állt.
1979 októberében, több mint 13 év katonai uralom után Nigéria visszatért a demokratikus rendszerhez. Az elnökválasztáson a Nigériai Nemzeti Párt győzött, és Alhaji Shehu Shagari lett az első demokratikusan megválasztott elnök.
1983. december 31-én a katonaság megdöntötte a második köztársaságot. Muhammadu Buhari vezérőrnagy lett a Legfelsőbb Katonai Tanács (SMC) elnöke, az új államfő.
1985 augusztusában Buhari tábornok kormányát békésen megbuktatta a hadsereg vezérkari főnöke, Ibrahim Babangida vezérőrnagy. Babangida lett az elnök és a Fegyveres Erők Uralkodó Tanácsának elnöke.
1993 augusztusában Babangida tábornok lemondott, és ideiglenes kormányt választott a helyére. Ernest Shonekant nevezték ki ideiglenes elnöknek. Sani Abacha tábornok 1993 novemberében átvette a hatalmat Shonekantól, és ő lett az elnök és az Ideiglenes Uralkodó Tanács elnöke.
1998. június 8-án Abacha tábornok meghalt a nigériai főváros, Abuja elnöki villájában. Abdulsalami Abubakar vezérőrnagy lett az új elnök és az Ideiglenes Uralkodó Tanács elnöke.
1999. május 29-én Abdulsalami Abubakar vezérőrnagy lemondott, és a korábbi katonai államfő, Olusegun Obasanjo lett a polgári elnök. Obasanjo két cikluson át volt hivatalban.
2007 májusában Alhaji Umaru Yar’Aduát eskették fel a Nigériai Szövetségi Köztársaság elnökévé, Nigéria 13. államfőjévé. Yar’Adua 2010. május 5-én halt meg az elnöki villában, a nigériai Abujában.
2010. május 6-án Goodluck Jonathan alelnök letette az esküt a Nigériai Szövetségi Köztársaság elnökeként és a 14. államfőként.
2015. május 29-én Muhammadu Buhari az általános választások megnyerése után letette az esküt a Nigériai Szövetségi Köztársaság elnökeként és a 15. államfőként.