Anche se gli Anticucho sono di origine precolombiana, gli Anticucho moderni possono essere fatti risalire fino al XVI secolo, quando furono incontrati per la prima volta dai conquistadores spagnoli. Fu in questo periodo che vennero aggiunti ingredienti europei come l’aglio, e la carne di manzo cominciò a sostituire la tradizionale lama che veniva usata ai tempi dell’Impero Inca. Era un piatto popolare tra gli abitanti dell’Impero Inca, ed è attualmente popolare nella maggior parte dei paesi sudamericani. Le versioni americanizzate di anticuchos sono a volte fatte di carni non organiche.
Secondo il file di testo della Biblioteca Nazionale di Lima (Perù), si crede che il termine derivi dal quechua antikuchu (anti: ‘Est’ + kuchu: ‘taglio’ o uchu: ‘porridge, mix’). La scrittrice Erika Fetzer menziona che secondo la tradizione, gli anticuchos venivano preparati con carne e fiamma. Gli spagnoli infilzarono la carne su bastoncini come spiedini.
Gli spagnoli portarono anche neri schiavizzati, che si stabilirono a Lima e sulla costa del sud Chico de la Ciudad de los Reyes del Vice-Regno del Perù. Essi adottarono questo piatto.
All’epoca gli spagnoli scartarono le frattaglie come cibo per gli schiavi, utilizzando carni non frattaglie per il desiderio di avere un piatto che fosse più attraente per loro. La ricetta attuale, dal sapore tradizionale, utilizza specificamente il cuore di manzo. In Perù, la tradizione continua con il nome e gli ingredienti tradizionali; gli anticuchos sono consumati da tutte le classi sociali del Perù, ed è particolarmente popolare come cibo di strada.
I discorsi del peruviano Ricardo Palma, Tradiciones Peruanos furono pubblicati nel 1833, menzionano la vendita di anticuchos alle 3 del pomeriggio.