Non c’è dubbio che Hobson considerasse Russell solo come una capitale temporanea. Il 18 aprile 1840, inviò Mathew per un secondo viaggio verso sud; il geometra generale fu incaricato di esplorare i porti di Whangarei, Mahurangi e Waitematā, e di prestare particolare attenzione a una località sulla riva meridionale del Waitematā. Mathew passò due mesi ad esplorare le varie località e rifiutò Whangarei e Mahurangi, ma rifiutò anche il sito favorito da Hobson che divenne poi noto come Hobsonville. Nelle sue parole, era “totalmente inadatto per il sito dell’insediamento principale, e in effetti mal adattato per un insediamento”. Mathew raccomandò il bacino di Panmure per l’insediamento, che aveva numerosi vantaggi, ma ammise che l’accesso dal porto era difficile.
Una volta che Hobson aveva recuperato un po’ di salute, andò a sud per verificare le raccomandazioni di Mathew. Il 6 luglio, visitò Panmure e lo scartò immediatamente per il difficile accesso via acqua. Hobson ammise anche che la sua posizione preferita era impraticabile. Dopo che il gruppo guardò un tramonto e fu impressionato da un “aspetto incantevole della riva più in basso nel porto nel bagliore dorato del tardo pomeriggio”, scesero a terra lì il giorno seguente. Convennero che il luogo era molto promettente per una futura capitale; si crede che siano sbarcati a Shelly Beach a Ponsonby. Entro la fine del mese, la decisione fu presa che la capitale si sarebbe spostata a Waitematā.
Il 13 settembre 1840, una barca lasciò Russell per Waitematā. A bordo c’erano sette funzionari del governo, alcuni passeggeri di cabina e numerosi passeggeri di terza classe. Il gruppo, sotto il comando di Symonds, doveva finalizzare la scelta della futura capitale, comprare la terra dai Maori, erigere negozi ed edifici di alloggio, e trovare un sito per la Casa del Governo. Il 18 settembre, la terra (circa 3.000 acri o 1.200 ettari) era stata scelta e un accordo firmato con Āpihai Te Kawau e altri rappresentanti degli iwi Ngāti Whātua. Un pennone fu eretto su Point Britomart, e la salute di Sua Maestà fu “più rapacemente bevuta con acclamazioni lunghe e forti”. Sarah Mathews, la moglie dell’agrimensore generale, registrò nel suo diario che il nome “Auckland” era iscritto nell’asta della bandiera, insieme alla data di acquisto della terra. Questo può essere considerato come la denominazione non ufficiale della città, dato che il nome fu messo per iscritto per la prima volta da Hobson il 10 novembre di quell’anno. George Eden, primo conte di Auckland era il primo lord dell’Ammiragliato. Nel 1834, aveva dato l’incarico a William Hobson di salpare per le Indie Orientali sul Rattlesnake, il che mise fine a un periodo di sei anni senza un comando e con metà paga. Sebbene il nome sia stato dato in segno di gratitudine, ha certamente incontrato l’approvazione generale, dato che Lord Auckland era all’apice della sua fama nel 1840 dopo essere stato nominato viceré dell’India nel 1835. L’approvazione della regina Vittoria di Auckland come nome per l’insediamento fu pubblicata nella Gazzetta della Nuova Zelanda il 26 novembre 1842.
I lavori procedettero bene a Auckland. Hobson visitò Auckland per la prima volta il 17 ottobre 1840 per controllare i progressi e decidere la posizione della Government House. Tornò alla Baia delle Isole, avendo deciso di prendere la residenza ad Auckland l’anno successivo. La Government House era un kit costruito in Inghilterra e spedito in Nuova Zelanda, del peso di 250 tonnellate (250 tonnellate lunghe; 280 tonnellate corte). Aveva 16 stanze, era lunga 120 piedi (37 m), larga 50 piedi (15 m) e alta 24 piedi (7,3 m). Fu collocata all’angolo di Hobson e Cook Streets. I funzionari e tutte le carte del governo furono trasferiti dalla Baia delle Isole ad Auckland nel gennaio 1841. Hobson si trasferì nella sua nuova residenza il 14 marzo 1841, e con lui la capitale si era spostata dalla Baia delle Isole ad Auckland.
La prima Corte Suprema della Nuova Zelanda fu costruita nel 1842 all’angolo tra Queen Street e Victoria Street West. La corte era presieduta dal giudice Martin.
Il 23 giugno 1848 la Government House bruciò durante il mandato di governatore di Sir George Grey. Nessuno si fece male, ma l’edificio fu una perdita totale. Una residenza vicereale fu poi affittata per molti anni (conosciuta come Scoria House e situata su Karangahape Road) prima che la nuova Government House fosse costruita nel 1856. La costruzione di questo edificio faceva parte della campagna di Auckland per mantenere la sede del governo, dato che la discussione sullo spostamento della capitale più a sud era già iniziata. Questo edificio divenne formalmente parte dell’Università di Auckland nel 1969, è ora conosciuto come Old Government House, ed è stato registrato dal New Zealand Historic Places Trust come struttura del patrimonio di categoria I nel 1983.
La forma iniziale di governo era un consiglio esecutivo formato da un funzionario pubblico nominato dal governatore e responsabile di esso. Questo cambiò quando venne ricevuto il New Zealand Constitution Act 1852, un atto del Parlamento del Regno Unito che concedeva l’autogoverno alla colonia della Nuova Zelanda. Questo permise un’Assemblea Generale bicamerale (o Parlamento), composta dal Governatore, un Consiglio Legislativo nominato e una Camera dei Rappresentanti eletta, con un Consiglio Esecutivo nominato nominalmente dal Governatore. Permetteva anche governi provinciali, e inizialmente furono istituite sei province. Le prime elezioni generali si tennero nel 1853 e il Parlamento si riunì ad Auckland per la sua prima sessione, che fu aperta il 27 maggio 1854. Il 3 giugno, la questione della sede del Parlamento fu discussa per la prima volta, con Edward Gibbon Wakefield che sosteneva che la sede del governo doveva essere spostata a Wellington. Il viaggio da e per il parlamento era arduo, e i membri dell’estremo sud avevano impiegato due mesi per raggiungere Auckland. Era auspicabile una sede più centrale, una mossa non supportata dai membri delle circoscrizioni di Auckland. Ciò che inoltre non aiutava era che la Casa dell’Assemblea Generale era stata eretta in fretta e furia e non era altro che un guscio, e i membri la chiamavano “Shedifice”. Il vento soffiava attraverso l’edificio, perdeva sotto la pioggia, e mancavano servizi di base come i bagni. Costruito in quello che allora era il bordo della città, era un edificio senza comodità.
Le discussioni su dove il Parlamento dovesse riunirsi si protrassero per un decennio. James FitzGerald, che aveva brevemente guidato il primo ministero del paese, ha spostato che la prossima sessione “dovrebbe essere tenuta in una posizione più centrale della colonia”. Non si era consultato con gli altri prima, e molti dei membri del sud erano assenti quando i voti furono espressi, e la proposta fu sconfitta 13 a 11. Nel 1856, una risoluzione che prevedeva che la prossima sessione si tenesse ad Auckland fu modificata sostituendo la frase “una posizione più centrale” come luogo, ma la questione fu lasciata alla decisione del governatore. Solo pochi mesi dopo, una proposta per la prossima sessione da convocare a Nelson fu sconfitta di stretta misura. Il governatore, Thomas Gore Browne, suggerì che ci poteva essere merito nell’avere riunioni alternate a Wellington e Auckland. Dopo molte discussioni, fu deciso di tenere la seconda sessione del 3° Parlamento a Wellington, e il Parlamento si riunì da luglio a settembre 1862 nell’edificio del Consiglio Provinciale di Wellington. Una proposta di rendere permanente questo spostamento a Wellington fu persa per un solo voto. Gli edifici del Consiglio Provinciale di Wellington furono costruiti nel 1858 ed erano in stile opulento; il netto contrasto con lo “Shedifice” di Auckland era parte della campagna di Wellington per invogliare i membri del parlamento a spostare la capitale nella loro città.
Dopo che la capitale fu spostata a Wellington, il Palazzo del Parlamento fu infine trasferito all’Università di Auckland e demolito nel 1919. La Government House rimase una delle sedi del governatore, che si alterna tra Wellington e Auckland fino ad oggi. La Old Government House rimase in questo uso fino al 1969, quando Sir Frank e Lady Mappin donarono l’attuale Government House (Birchlands) che si trova a Mount Eden. Da allora la Old Government House è stata utilizzata dall’Università di Auckland.