Quando si laureò alla Dartmouth, Just affrontò gli stessi problemi di tutti i laureati neri del suo tempo: non importa quanto brillanti fossero o quanto alti fossero i loro voti, era quasi impossibile per i neri diventare membri di facoltà nei college o nelle università bianche. Just prese quella che sembrava essere la migliore scelta disponibile per lui e accettò una posizione di insegnamento alla Howard University, storicamente nera, a Washington, D.C. Nel 1907, Just iniziò a insegnare retorica e inglese, campi un po’ lontani dalla sua specialità. Nel 1909, tuttavia, non insegnava solo inglese ma anche biologia. Nel 1910, fu messo a capo di un dipartimento di biologia appena formato dal presidente di Howard, Wilbur P. Thirkield e, nel 1912, divenne capo del nuovo Dipartimento di Zoologia, una posizione che ha tenuto fino alla sua morte nel 1941. Non molto tempo dopo aver iniziato il suo incarico alla Howard, Just fu presentato a Frank R. Lillie, il capo del Dipartimento di Zoologia dell’Università di Chicago. Lillie, che era anche direttore del Marine Biological Laboratory (MBL) a Woods Hole, Massachusetts, invitò Just a trascorrere l’estate del 1909 come suo assistente di ricerca al MBL. Durante questo periodo e in seguito, gli esperimenti di Just si concentrarono principalmente sulle uova di invertebrati marini. Ha studiato la reazione di fecondazione e le abitudini di riproduzione di specie come Platynereis megalops, Nereis limbata e Arbacia punctulata. Per i successivi 20 anni circa, Just trascorse tutte le estati tranne una al MBL.
Mentre era al MBL, Just imparò a maneggiare uova ed embrioni di invertebrati marini con abilità e comprensione, e presto la sua esperienza fu molto richiesta sia da ricercatori junior che senior. Nel 1915, Just prese un congedo da Howard per iscriversi a un programma accademico avanzato all’Università di Chicago. Quello stesso anno, Just, che stava guadagnando una reputazione nazionale come un giovane scienziato eccezionale, fu il primo destinatario della medaglia Spingarn della NAACP, che ricevette il 12 febbraio 1915. La medaglia riconosceva i suoi risultati scientifici e il suo “importante servizio alla sua razza”. Iniziò la sua formazione universitaria con un corso al MBL: nel 1909 e nel 1910 seguì i corsi di zoologia invertebrata e di embriologia, rispettivamente. I suoi corsi continuarono in residenza all’Università di Chicago. I suoi doveri alla Howard ritardarono il completamento dei suoi corsi e il conseguimento del dottorato. Tuttavia, nel giugno 1916, Just ha ricevuto la sua laurea in zoologia, con una tesi sulla meccanica della fecondazione. Just divenne così uno dei pochi neri che avevano ottenuto il titolo di dottore da una grande università. Quando ricevette il dottorato da Chicago, aveva già pubblicato diversi articoli di ricerca, sia come autore singolo che come coautore con Lillie. Durante il suo mandato a Woods Hole, Just è passato da studente apprendista a scienziato rispettato a livello internazionale. Uno sperimentatore attento e meticoloso, era considerato “un genio nella progettazione di esperimenti”. Aveva esplorato altre aree tra cui: partenogenesi sperimentale, divisione cellulare, idratazione, disidratazione nelle cellule, radiazioni cancerogene UV sulle cellule, e fisiologia dello sviluppo.
Just, tuttavia, divenne frustrato perché non poteva ottenere una nomina in una grande università americana. Voleva una posizione che fornisse un reddito costante e gli permettesse di dedicare più tempo alla sua ricerca. La carriera scientifica di Just ha comportato una lotta costante per un’opportunità di ricerca, “il respiro della sua vita”. Era condannato dalla razza a rimanere legato a Howard, un’istituzione che non poteva dare piena opportunità ad ambizioni come quelle di Just. Nel 1929, Just si recò a Napoli, in Italia, dove condusse esperimenti presso la prestigiosa stazione zoologica “Anton Dohrn”. Poi, nel 1930, divenne il primo americano ad essere invitato al Kaiser Wilhelm Institute di Berlino-Dahlem, in Germania, dove diversi premi Nobel effettuavano ricerche. Complessivamente, dal suo primo viaggio nel 1929 al suo ultimo nel 1938, Just fece dieci o più visite in Europa per fare ricerca. Fu durante questo periodo, che Just fu co-autore di un documento di ricerca con alcuni altri scienziati, chiamato “Citologia generale”, che gli scienziati lo trattarono come una celebrità e lo incoraggiarono ad estendere la sua teoria sull’ectoplasma ad altre specie. Just si divertì a lavorare in Europa perché non affrontò tanta discriminazione rispetto agli Stati Uniti e quando incontrò il razzismo, questo proveniva invariabilmente dagli americani. In seguito trasferì i suoi studi europei a Parigi e al laboratorio marino del villaggio di pescatori francese di Roscoff, situato sul canale della Manica.
Just fu autore di due libri, Metodi di base per gli esperimenti sulle uova di animali marini (1939) e La biologia della superficie cellulare (1939), e pubblicò almeno settanta articoli nelle aree della citologia, della fecondazione e del primo sviluppo embrionale. Scoprì quello che è conosciuto come il blocco veloce della polispermia; chiarì ulteriormente il blocco lento, che era stato scoperto da Fol negli anni 1870; e dimostrò che le proprietà adesive delle cellule del primo embrione sono fenomeni di superficie squisitamente dipendenti dallo stadio di sviluppo. Credeva che le condizioni utilizzate per gli esperimenti in laboratorio dovessero corrispondere da vicino a quelle della natura; in questo senso, può essere considerato un biologo dello sviluppo ecologico precoce. Il suo lavoro sulla partenogenesi sperimentale ha informato il concetto di “autoinduzione” di Johannes Holtfreter che, a sua volta, ha ampiamente influenzato la moderna biologia evolutiva e dello sviluppo. La sua indagine sul movimento dell’acqua dentro e fuori le cellule uovo viventi (mentre mantenevano il loro pieno potenziale di sviluppo) ha fornito intuizioni sulla struttura cellulare interna che ora viene chiarita più completamente utilizzando potenti strumenti biofisici e metodi computazionali. Questi esperimenti hanno anticipato l’imaging non invasivo delle cellule vive che viene sviluppato oggi. Anche se il lavoro sperimentale di Just ha mostrato un ruolo importante per la superficie cellulare e lo strato sottostante, l'”ectoplasma”, nello sviluppo, è stato ampiamente e purtroppo ignorato. Questo era vero anche rispetto agli scienziati che enfatizzavano la superficie cellulare nel loro lavoro. Era particolarmente vero per gli americani; con gli europei andava un po’ meglio.