Il fondatore Alain Coumont ha aperto Le Pain Quotidien il 26 ottobre 1990 al 16 di rue Dansaert a Bruxelles. Da giovane chef, Coumont era insoddisfatto della qualità del pane disponibile a Bruxelles, così ha iniziato a fare il suo, mescolando farina, acqua e sale nelle pagnotte familiari della sua infanzia. Arredò il negozio con armadietti recuperati da negozi di antiquariato e un grande tavolo fatto di legno recuperato dai pavimenti dei treni belgi in pensione, acquistato in un mercato delle pulci locale: il primo dei tavoli comuni de Le Pain Quotidien.
La prima sede negli Stati Uniti aprì in Madison Avenue a New York City nel 1997.
Nel 2005, il fondatore riceveva 50 e-mail al giorno da persone che volevano assicurarsi un franchising.
Nel 2011, l’azienda ha avuto un incidente di pubbliche relazioni quando un cliente di New York City ha trovato un topo nella sua insalata.
Nel 2016, Doug Satzman è diventato CEO delle operazioni statunitensi e Vincent Herbert è diventato CEO globale.
Nel marzo 2018, Vincent Herbert si è dimesso.
Nel dicembre 2019, Cobepa, a maggioranza di Spoelberch, ha aumentato la sua partecipazione nella società dal 32% al 43% e Norac ha venduto la sua partecipazione del 25%.
Nel maggio 2020, la società madre ha dichiarato l’insolvenza in Belgio e la divisione statunitense ha dichiarato fallimento. Lo stesso mese la società madre ha firmato un accordo con la newyorkese Aurify Brands che fornirà un finanziamento ponte di 522.000 dollari per continuare le operazioni e per concludere l’acquisizione di tutte le unità statunitensi per 3 milioni di dollari. Aurify Brands ha previsto di riaprire almeno 35 unità e di creare 1.000 posti di lavoro.