Il gioco base segue le regole standard del gioco di carte collezionabili (tranne che è possibile utilizzare solo 1 mitico, 2 rari e 3 non comuni di qualsiasi carta) Magic: The Gathering, uscito per la prima volta nel 1993; ogni giocatore ha un mazzo di carte composto da terre e incantesimi. Le terre sono usate per generare “mana”, la risorsa necessaria per lanciare gli incantesimi. Il mana è disponibile in cinque colori, e le carte possono richiedere un mana colorato o generico (mana di qualsiasi colore) per essere lanciate. Gli incantesimi sono disponibili in molte varietà, da stregonerie e istantanei che hanno effetti una tantum, a creature evocate che possono attaccare e difendersi dagli avversari. I giocatori si alternano a turno per giocare carte terra, lanciare incantesimi e attaccare gli avversari fino a quando il totale dei punti vita di tutti i giocatori tranne uno è ridotto a 0.
Magic Duels: Origins inquadra il nucleo del gioco intorno a una modalità storia per giocatore singolo e una modalità di battaglia online. Nella modalità storia, il giocatore percorre la storia delle origini di cinque diversi Planeswalker, Chandra Nalaar, Jace Beleren, Gideon Jura, Nissa Revane e Liliana Vess. Ogni Planeswalker ha cinque o più duelli con avversari controllati dal computer. Il giocatore usa un mazzo basato sul Planeswalker selezionato e, man mano che completa ogni duello, migliora quel mazzo attraverso l’aggiunta preselezionata di nuove carte. Questi mazzi, con i miglioramenti che hanno sbloccato, sono anche disponibili per il giocatore nella modalità battaglia.
La modalità battaglia permette ai giocatori di usare mazzi pre-fatti o di costruire mazzi dalla loro collezione di carte, e di giocare contro avversari del computer o avversari online; i tipi di partita includono partite uno contro uno con i giocatori registrati nelle classifiche, e Gigante a due teste (due contro due). Gli avversari del computer in queste modalità possono essere selezionati tra tre livelli di difficoltà, con difficoltà più alte che fanno guadagnare più ricompense al giocatore. I mazzi degli avversari del computer saranno generati proceduralmente, randomizzando efficacemente il tipo di mazzi che il giocatore dovrà affrontare. Giocare in entrambe le modalità può far guadagnare ai giocatori denaro in-game da utilizzare per acquistare nuovi booster pack o carte specifiche per espandere il loro catalogo di carte; ci sono anche vari obiettivi giornalieri per i giocatori da completare per ottenere denaro in-game, e tutti i giocatori vengono premiati per aiutare a completare vari obiettivi della comunità. I giocatori possono anche acquistare denaro in gioco con le microtransazioni, ma non è necessario per ottenere l’accesso a tutte le carte e le caratteristiche.