Il 1° ottobre 1960, la Nigeria ottenne l’indipendenza dalla Gran Bretagna. Un consiglio esecutivo tutto nigeriano era guidato da un primo ministro, Alhaji Sir Abubakar Tafawa Balewa. Il 16 novembre 1960, Nnamdi Azikiwe divenne il primo governatore generale di una federazione di tre regioni del nord, est e ovest, con Lagos come capitale federale. Ogni regione era guidata da un premier con un governatore come capo cerimoniale. Il 1° ottobre 1963, la Nigeria divenne una Repubblica Federale e recise tutti i legami rimasti con la monarchia britannica, ma rimase un membro del Commonwealth delle Nazioni. Un emendamento alla costituzione sull’indipendenza del 1960 sostituì la carica del governatore generale con quella del presidente. Nnamdi Azikwe prestò giuramento in tale ufficio il 1º ottobre 1963. L’ufficio a quel tempo era principalmente cerimoniale, e i principali doveri del presidente erano su cose come ricevere dignitari stranieri e aprire il Parlamento.
In un colpo di stato fallito nel gennaio 1966, un gruppo di ufficiali dell’esercito, guidato dal maggiore Chukwuma Nzeogwu, rovesciò il governo centrale e regionale, uccise il primo ministro, Abubakar Tafawa Balewa e cercò di prendere il controllo del governo. Nzeogwu fu contrastato, catturato e imprigionato dal generale Johnson Aguiyi-Ironsi. Il generale Aguiyi-Ironsi fu nominato capo di stato militare.
Nel luglio 1966, un gruppo di ufficiali dell’esercito del nord si rivoltò contro il governo, uccise il generale Johnson Aguiyi-Ironsi, e nominò il capo di stato maggiore dell’esercito, il generale Yakubu Gowon come capo del nuovo governo militare.
Nel 1975, il generale Yakubu Gowon fu deposto e il generale Murtala Mohammed fu il capo del governo militare federale della Nigeria fino al suo assassinio nel 1976. Alla sua morte, il capo dello staff del Quartier Generale Supremo (equivalente a un vicepresidente) generale Olusegun Obasanjo assunse la carica di capo di stato in una riunione del Consiglio Militare Supremo, mantenendo la catena di comando stabilita da Murtala Muhammed. Il gen. Obasanjo fu responsabile del completamento della transizione democratica iniziata dal suo predecessore, che culminò in un’elezione nell’agosto 1979.
Nel 1979, la Nigeria adottò una costituzione presidenziale federale. La presidenza divenne una carica esecutiva, con poteri simili a quelli della sua controparte americana. La legislatura era un’Assemblea Nazionale bicamerale, composta da un Senato e una Camera dei Rappresentanti.
Nell’ottobre 1979, dopo più di 13 anni di governo militare, la Nigeria tornò al governo democratico. Il Partito Nazionale della Nigeria uscì vincitore dalle elezioni presidenziali e Alhaji Shehu Shagari divenne il primo presidente democraticamente eletto.
Il 31 dicembre 1983, i militari rovesciarono la Seconda Repubblica. Il maggior generale Muhammadu Buhari emerse come presidente del Consiglio Militare Supremo (SMC), il nuovo capo di stato.
Nell’agosto 1985, il governo del generale Buhari fu rovesciato pacificamente dal capo di stato maggiore dell’esercito, il maggior generale Ibrahim Babangida. Babangida divenne presidente e presidente dell’Armed Forces Ruling Council.
Nell’agosto 1993, il generale Babangida si dimise e scelse un governo provvisorio per sostituirlo. Ernest Shonekan fu nominato presidente ad interim. Il generale Sani Abacha prese il potere da Shonekan nel novembre 1993 e divenne presidente e presidente del Consiglio provvisorio di governo.
L’8 giugno 1998, il generale Abacha morì nella villa presidenziale della capitale nigeriana, Abuja. Il maggior generale Abdulsalami Abubakar divenne il nuovo presidente e presidente del Consiglio provvisorio di governo.
Il 29 maggio 1999 il maggior generale Abdulsalami Abubakar si dimise e l’ex capo di stato militare, Olusegun Obasanjo, divenne il presidente civile. Obasanjo è stato in carica per due mandati.
Nel maggio 2007, Alhaji Umaru Yar’Adua ha prestato giuramento come presidente della Repubblica Federale della Nigeria, il 13° capo di stato della Nigeria. Yar’Adua è morto il 5 maggio 2010 nella villa presidenziale di Abuja, in Nigeria.
Il 6 maggio 2010 il vicepresidente Goodluck Jonathan ha prestato giuramento come presidente della Repubblica federale di Nigeria e 14° capo di stato.
Il 29 maggio 2015 Muhammadu Buhari ha prestato giuramento come presidente della Repubblica federale di Nigeria e 15° capo di stato dopo aver vinto le elezioni generali.