I siti di combinazione degli anticorpi possiedono proprietà generali che permettono loro di legare diversi antigeni con diverse affinità e di legare nuovi antigeni? Qui, affrontiamo questa domanda esaminando le caratteristiche fisiche e chimiche più favorevoli per i residui coinvolti nell’alloggio e nel legame dell’antigene. Gli aminoacidi anfipatici potrebbero tollerare facilmente il cambiamento di ambiente da idrofilo a idrofobo che si verifica durante la formazione del complesso anticorpo-antigene. I residui che sono grandi e possono partecipare ad un’ampia varietà di interazioni di van der Waals ed elettrostatiche permetterebbero il legame ad una gamma di antigeni. Aminoacidi con catene laterali flessibili potrebbero generare una regione strutturalmente plastica, cioè un sito di legame che possiede la capacità di modellarsi intorno all’antigene per migliorare la complementarità delle superfici di interazione. Quindi, gli anticorpi potrebbero legarsi a una serie di nuovi antigeni usando un insieme limitato di residui intervallati da residui più unici ai quali può essere attribuita una maggiore specificità di legame. Una singola molecola di anticorpo potrebbe quindi essere cross-reattiva e avere la capacità di legare ligandi strutturalmente simili. La sistemazione delle variazioni nella struttura antigenica attraverso una modesta flessibilità del sito di combinazione potrebbe dare un importante contributo alla difesa immunitaria, permettendo il legame degli anticorpi a patogeni distinti ma strettamente correlati. Tyr e Trp soddisfano più facilmente questi requisiti fisico-chimici cattolici e quindi ci si aspetta che siano comuni nei siti combinatori per motivi teorici. Il supporto sperimentale per questo proviene da tre fonti, (1) l’alta frequenza di partecipazione di questi aminoacidi nel legame dell’antigene osservato in sei complessi anticorpo-antigene determinati cristallograficamente, (2) la loro frequente presenza nelle regioni di legame putativo degli anticorpi come determinato dai dati strutturali e di sequenza e (3) il potenziale di movimento delle loro catene laterali nei siti di legame anticorpale noti e nei sistemi modello. I sei antigeni legati comprendono due piccoli apteni diversi, regioni non sovrapposte della stessa grande proteina e un peptide di 19 residui aminoacidici. Su un totale di 85 posizioni della regione che determina la complementarità, solo 37 posizioni (più 3 della struttura) sono direttamente coinvolte nell’interazione con l’antigene. Di queste, il residuo 91 della catena leggera è utilizzato da tutti i complessi esaminati, mentre la catena leggera 32, la catena leggera 96 e la catena pesante 33 sono utilizzate da cinque delle sei. I siti di legame nei complessi anticorpo-antigene conosciuti così come i siti di combinazione postulati nei frammenti Fab liberi mostrano caratteristiche simili per quanto riguarda i tipi di aminoacidi presenti. Viene anche valutato il possibile ruolo di altri aminoacidi.(ABSTRACT TRUNCATED AT 400 WORDS)