現在のミシシッピ州の一部は、1810年にスペインの支配に反対するアメリカ入植者によって宣言された西フロリダ共和国に含まれていた。 その旗は青地に中央に白い星が1つ描かれていた。 (同様のデザインは、1830年代にテキサスで独立派のアメリカ人が使っていた)。 1861年1月9日、ミシシッピ州がアメリカ連合国に加盟する前に分離独立の条例を可決した際に掲揚された。 青と白の旗は南部全域で「ボニー・ブルー・フラッグ」として知られるようになった。 同年1月26日、ミシシッピ州は白地に木蓮を配し、カントンは青で中央に白い星を配した「ボニー・ブルー」のデザインを取り入れた「木蓮旗」を採用した。
1890年に新しい州憲法が採択されたが、これは地元の黒人と連邦政府の影響を最小限に抑えようとする白人多数派の産物であった。 1894年2月7日、権力の移行の象徴として、州は新しい旗を採用した。これは、おそらく米国上院議員E.N.スカダーによって作成されたものである。 その横3本線は南部連合の星条旗を想起させ、南部連合戦旗がカントンを形成していた。
多くのミシシッピー人は、1894年のデザインが黒人奴隷制度と人種差別的伝統を想起させると主張して反対しました。しかし、この旗の支持者の多くは、それが州の誇りと南部の遺産を表していると主張しました。 2000年に関連する法的挑戦を検討する中で、州最高裁判所は、この旗は1906年の州法改正で不注意にも省かれたため、その時点でこの旗は合法でなくなったと判断した。
2020年、黒人に対する警察の残虐行為に対する全国的な抗議運動により、アメリカにおける人種的不公正が広く検討され、州旗のデザインに南軍の戦闘旗が含まれていることに対する批判が再び高まった。 6月28日、ミシシッピ州議会は、現在の州旗を廃止し、新しい州旗のデザインを依頼する法案を可決した。 同法案は6月30日に州知事の署名で成立した。 この法律では、新しい旗のデザインに「In God We Trust」の文字を入れることと、南部連合旗の使用を禁止することが定められていた。 その結果、赤、金、青の不等間隔の縦縞を背景に、中央にモクレンの花、それを囲む20個の白い星、1個の金の星、そして「In God We Trust」の標語がデザインされたものが選ばれた。 11月3日、ミシシッピ州の住民投票により承認された。
旗の中央にあるモクレンは、長い間ミシシッピのシンボルであり、また、もてなし、希望、再生の象徴でもある。 20個の白い星の輪は、ミシシッピ州がアメリカ合衆国に加盟した20番目の州であることを表しており、金の星は、後にミシシッピ州となる土地の原住民であるネイティブアメリカンの人々を表しています。 中央の縦縞に使われている青は、米国旗の青を連想させ、警戒心、正義、忍耐を表しています。 外側の2本のストライプに使われている赤は、強靭さと勇気を示している。 ゴールドは、2本の細いストライプとマグノリアのおしべに使われており、ミシシッピの文化的遺産にちなんだものである。