Część dzisiejszego stanu Missisipi została włączona do Republiki Zachodniej Florydy, która została ogłoszona w 1810 roku przez amerykańskich osadników w opozycji do hiszpańskiego panowania. Ich flaga miała niebieskie tło z pojedynczą białą gwiazdą w centrum. (Podobny wzór był używany w latach 30. XIX wieku przez niepodległościowych Amerykanów w Teksasie). Została ona wywieszona 9 stycznia 1861 roku, kiedy Missisipi uchwaliło swoje rozporządzenie o secesji przed przystąpieniem do Skonfederowanych Stanów Ameryki. Biało-niebieska flaga stała się znana na całym Południu jako Bonnie Blue Flag. 26 stycznia tego samego roku Mississippi przyjęło flagę Magnolii, przedstawiającą rodzime drzewo na białym polu; kanton był niebieski z centralnie umieszczoną białą gwiazdą, a więc zawierał wzór Bonnie Blue. Wydaje się, że flaga magnolii nie była używana po zakończeniu wojny secesyjnej, jednak magnolia została uznana za oficjalne drzewo stanowe w 1938 roku.
Nowa konstytucja stanowa została przyjęta w 1890 roku; była ona produktem białej większości, która chciała zminimalizować wpływ lokalnych czarnych i rządu federalnego na sprawy stanowe. Jako symbol zmiany władzy, 7 lutego 1894 roku stan przyjął nową flagę, która prawdopodobnie została stworzona przez senatora Stanów Zjednoczonych E.N. Scuddera. Jej trzy poziome pasy przypominały Stars and Bars Konfederacji, podczas gdy Konfederacka Flaga Bojowa tworzyła jej kanton. Oddzielenie kantonu od niebieskich i czerwonych pasów białą fimbrią (wąską obwódką) zostało potwierdzone dekretem gubernatorskim w 1996 roku.
Encyclopædia Britannica, Inc.
Wielu mieszkańców Mississippi sprzeciwiało się projektowi z 1894 r., twierdząc, że przypomina on o czarnym niewolnictwie i tradycjach rasistowskich; jednak wielu zwolenników flagi argumentowało, że reprezentuje ona dumę państwową i południowe dziedzictwo. Podczas rozpatrywania związanego z tym wyzwania prawnego w 2000 roku, stanowy Sąd Najwyższy ustalił, że flaga została nieumyślnie pominięta podczas rewizji statutów stanowych w 1906 roku; dlatego też flaga przestała być legalna w tym czasie. W dniu 6 maja 2000 r. gubernator zezwolił na użycie projektu jako tymczasowej flagi, a ogólnostanowe referendum w dniu 17 kwietnia 2001 r. zatwierdziło istniejącą flagę w stosunku do proponowanego alternatywnego projektu, który pomijałby Konfederacką Flagę Bojową.
W 2020 r. ogólnokrajowe protesty dotyczące brutalności policji wobec czarnoskórych Amerykanów doprowadziły do szerszego zbadania niesprawiedliwości rasowej w Stanach Zjednoczonych, a także ponownej krytyki obecności Konfederackiej Flagi Bojowej w projekcie flagi państwowej. 28 czerwca legislatura Mississippi przyjęła ustawę o wycofaniu obecnej wersji flagi i zleceniu zaprojektowania nowej. Ustawa została podpisana przez gubernatora stanu 30 czerwca. Ustawa przewidywała, że nowy projekt będzie zawierał słowa „In God We Trust” i zakazywała używania flagi Konfederatów. Nowy projekt, który został ostatecznie wybrany, zawierał centralnie umieszczony kwiat magnolii otoczony przez 20 białych gwiazd, jedną złotą gwiazdę i motto „In God We Trust” na polu z nierównymi pionowymi pasami w kolorach czerwonym, złotym i niebieskim. Została ona zatwierdzona przez elektorat Missisipi w referendum 3 listopada. Ustawa o oficjalnym przyjęciu zatwierdzonego projektu flagi została ratyfikowana przez stanową Izbę Reprezentantów 5 stycznia 2021 r. i przez stanowy Senat 6 stycznia; została podpisana przez gubernatora 11 stycznia.
Magnolia w centrum flagi, od dawna symbol Mississippi, reprezentuje również gościnność, nadzieję i odrodzenie. Krąg 20 białych gwiazd odzwierciedla rangę Mississippi jako 20. stanu przyjętego do Stanów Zjednoczonych Ameryki; złota gwiazda reprezentuje rdzennych Amerykanów, którzy byli pierwotnymi mieszkańcami ziemi, która miała stać się stanem Mississippi. Kolor niebieski zastosowany w środkowym pionowym pasie przypomina niebieski kolor flagi Stanów Zjednoczonych i symbolizuje czujność, sprawiedliwość i wytrwałość. Czerwień, użyta w dwóch zewnętrznych pasach, symbolizuje hart ducha i męstwo. Złoto, zastosowane w dwóch cienkich paskach i pręcikach magnolii, ma być ukłonem w stronę dziedzictwa kulturowego Missisipi.