Une partie de ce qui est aujourd’hui l’État du Mississippi était incluse dans la République de Floride occidentale, proclamée en 1810 par des colons américains en opposition à la domination espagnole. Leur drapeau avait un fond bleu avec une seule étoile blanche au centre. (Un motif similaire a été utilisé dans les années 1830 par les Américains indépendantistes du Texas). Il a été hissé le 9 janvier 1861, lorsque le Mississippi a adopté son ordonnance de sécession avant de rejoindre les États confédérés d’Amérique. Le drapeau bleu et blanc fut connu dans tout le Sud sous le nom de Bonnie Blue Flag. Le 26 janvier de la même année, le Mississippi a adopté le drapeau Magnolia, qui représente l’arbre indigène sur un champ blanc ; le canton était bleu avec une étoile centrale blanche, reprenant ainsi le motif Bonnie Blue. Le Magnolia Flag semble ne pas avoir été utilisé après la fin de la guerre civile ; cependant, le magnolia a été désigné comme l’arbre officiel de l’État en 1938.
Une nouvelle constitution de l’État a été adoptée en 1890 ; elle était le produit d’une majorité blanche qui souhaitait minimiser l’influence dans les affaires de l’État des Noirs locaux et du gouvernement fédéral. Comme symbole du changement de pouvoir, le 7 février 1894, l’État adopte un nouveau drapeau probablement créé par le sénateur américain E.N. Scudder. Ses trois bandes horizontales rappellent le Stars and Bars de la Confédération, tandis que le Battle Flag confédéré forme son canton. La séparation du canton des bandes bleues et rouges par une fimbriation blanche (bordure étroite) a été confirmée par décret gubernatorial en 1996.
Encyclopædia Britannica, Inc.
De nombreux Mississippiens se sont opposés au dessin de 1894, affirmant qu’il rappelait l’esclavage des Noirs et les traditions racistes ; cependant, de nombreux partisans du drapeau ont fait valoir qu’il représentait la fierté de l’État et l’héritage du Sud. Lors de l’examen d’une contestation juridique connexe en 2000, la Cour suprême de l’État a déterminé que le drapeau avait été omis par inadvertance dans une révision des statuts de l’État en 1906 ; par conséquent, le drapeau avait cessé d’être légal à cette époque. Le 6 mai 2000, le gouverneur a autorisé l’utilisation du dessin comme drapeau provisoire, et un référendum à l’échelle de l’État, le 17 avril 2001, a approuvé le drapeau existant par rapport à un autre dessin proposé qui aurait omis le drapeau de bataille confédéré.
En 2020, les protestations nationales contre la brutalité policière à l’encontre des Noirs américains ont conduit à un examen plus large de l’injustice raciale aux États-Unis, et il y a eu de nouvelles critiques sur la présence du drapeau de bataille confédéré dans le dessin du drapeau de l’État. Le 28 juin, l’assemblée législative du Mississippi a adopté un projet de loi visant à retirer la version actuelle du drapeau et à commander la conception d’un nouveau drapeau. La loi a été signée par le gouverneur de l’État le 30 juin. La loi prévoyait que le nouveau modèle devait inclure les mots « In God We Trust » et interdisait l’utilisation du drapeau de guerre confédéré. Le nouveau dessin qui a finalement été choisi comprenait une fleur de magnolia centrale entourée de 20 étoiles blanches, d’une étoile dorée et de la devise « In God We Trust » sur un champ de rayures verticales inégales de couleur rouge, or et bleu. Il a été approuvé par l’électorat du Mississippi par référendum le 3 novembre. Un projet de loi visant à adopter officiellement la conception approuvée du drapeau a été ratifié par la Chambre des représentants de l’État le 5 janvier 2021 et par le Sénat de l’État le 6 janvier ; il a été promulgué par le gouverneur le 11 janvier.
Le magnolia au centre du drapeau, longtemps un symbole du Mississippi, représente également l’hospitalité, l’espoir et la renaissance. Le cercle de 20 étoiles blanches reflète le rang du Mississippi en tant que 20e État admis aux États-Unis d’Amérique ; l’étoile d’or représente les Amérindiens qui étaient les premiers habitants de la terre qui allait devenir l’État du Mississippi. Le bleu utilisé dans la bande verticale centrale rappelle le bleu du drapeau américain et représente la vigilance, la justice et la persévérance. Le rouge, utilisé dans les deux bandes extérieures, indique la robustesse et la vaillance. L’or, utilisé dans deux fines bandes et l’étamine du magnolia, se veut un clin d’œil à l’héritage culturel du Mississippi.