Sto lat temu Godey, architekt, który zaprojektował ogromny zestaw instrumentów muzycznych w Alamos Town zwany Wieżami Czasoprzestrzennymi, miał koszmar, który zapisał w swoim dzienniku, który później odkrywa jego prawnuk, naukowiec Tonio. Koszmar przepowiedział, że dwa byty, które nigdy nie powinny się spotkać, skrzyżują swoje drogi w szczelinie czasoprzestrzennej. Ich gniew spowodowany tym spotkaniem ogarnie miasto i spowoduje jego upadek. W ogrodzie zaprojektowanym przez Godeya, Darkrai, nienawidzony przez wszystkich Pokémon wywołujący koszmar, otworzył swoje serce przed dziewczyną o imieniu Alicia, która zaprosiła Darkrai do pozostania w ogrodzie. Godey zdał sobie sprawę, że koszmar kazał mu nagrać płytę z muzyką do „Orácion”, piosenki o mocy łagodzenia najzacieklejszego gniewu, do wykorzystania w przyszłości. Lata później Darkrai uratował życie wnuczce Alicji po tym, jak potknęła się i spadła z klifu.
W teraźniejszości przepowiednia Godeya spełnia się, gdy Pokémon Palkia, który może kontrolować przestrzeń, i Dialga, który rządzi czasem, powodują zakłócenia w powietrzu wokół Alamos Town, gdy walczą w przestrzeni między wymiarami. W tym samym czasie, Ash Ketchum, Brock i Dawn przyjechać do miasta na następny konkurs Pokémon Dawn wewnątrz Space-Time Towers. Starcie Palkia i Dialga powoduje zakłócenie w przestrzeni, które uszkadza ogród. Baron Alberto uważa, że jest to dzieło Darkrai. Podczas walki z Alberto’s Lickilicky, Darkrai sprawia Ash zasnąć i tworzy koszmar, w którym Palkia atakuje Ash. Darkrai następnie pojawia się przed zniknięciem w dół dziury, że Ash i jego Pikachu są zasysane do.
Następnego dnia, Palkia, ranny i próbuje ukryć się przed Dialga, pojawia się w Alamos Town. To przenosi miasto do innego wymiaru, bez możliwości ucieczki. Darkrai pojawia się ponownie na placu miejskim, mówiąc komuś, aby odszedł. Alberto, do którego dołączają Ash, Dawn i inni trenerzy Pokémon, angażują się w walkę z nim. Oburzony, Darkrai pułapek wiele Pokémon na rynku miasta w koszmarach. Późnym wieczorem, Tonio znajduje Palkia odpoczywającego między wieżami. Darkrai próbuje zaatakować odpoczywającego Palkia. Ash uświadamia sobie, że Palkia była tą, której Darkrai kazał odejść i że koszmar Darkrai ostrzegał Asha przed Palkią.
Jak Palkia ma uderzyć Darkrai jednym ze swoich ataków, Dialga przybywa, otwiera ogień na dwóch i natychmiast wpada na Palkię. Gdy Palkia i Dialga wdają się w bójkę, całe miasto powoli zaczyna się rozpadać. Po Alice znajduje dysk muzyczny „Oración”, Ash i Dawn wspiąć się do odtwarzacza dysku muzycznego na Space-Time Towers 'skybridge, podczas gdy Brock pomaga ewakuować mieszkańców miasta. Tonio ujawnia, że jeśli Palkia i Dialga zderzają się po raz kolejny, wymiar, w którym się znajdują zostanie zniszczony. Kiedy Palkia i Dialga rozładować swoje ataki, Darkrai przekracza linię ataków i tworzy sferę wokół siebie, aby zablokować ataki, pochłaniając i unieruchamiając Palkia i Dialga w procesie.
Po uwolnieniu się, Palkia i Dialga zarówno atakować Darkrai, powodując jej rozpad. Ash i Dawn sobie sprawę, że Space-Time Towers nie są już naładowane, więc Pikachu wraz z Pachirisu Dawn wykorzystać swoje uprawnienia elektryczne do ładowania wież, jak grać „Orácion” dysku. Piosenka skutecznie uspokaja Palkia i Dialga w dół. Dialga leci z dala, a rana Palkia leczy. Ash i Dawn skutecznie błagać Palkia przywrócić utracone części miasta, zwracając Alamos Town do tego, jak to było pierwotnie, a mieszkańcy miasta i Pokémon cieszyć się i wrócić do domu. Później, grupa opłakuje utratę Darkrai, z Alice dziękując mu za jego wysiłki. Następnie odnajdują Darkrai stojącego na szczycie Space Tower.
W końcowym montażu kredytowym, Dawn nie udaje się wygrać wstążki w jej konkursie Pokémon.
.