Provas arqueológicas indicam que a domesticação de cavalos tinha ocorrido há aproximadamente 6.000 anos nas terras estepárias ao norte do Mar Negro, da Ucrânia ao Cazaquistão. Apesar do estudo intensivo durante um longo período de tempo, muitas questões permanecem sobre o desenvolvimento precoce da espécie, uma vez que ela passou por uma domesticação. Uma questão crucial envolve se a domesticação foi limitada a um único local ou se ocorreu em múltiplas áreas. Ligado a esta questão de origem está se os cavalos domesticados se espalharam pela Eurásia ou se a prática da domesticação de cavalos se espalhou para novas áreas, com criadores locais capturando seus próprios cavalos selvagens e introduzindo-os no pool genético de cavalos domésticos. Técnicas genéticas modernas têm sido utilizadas para responder a estas questões, mas diferentes regiões do genoma do cavalo (ou seja, a sequência completa do ácido nucleico do código genético de um cavalo) têm dado respostas diferentes.
Encyclopædia Britannica, Inc.
Resultados de estudos de DNA mitocondrial (mtDNA), que é herdado apenas da mãe, mostraram uma grande diversidade entre os indivíduos e apoiaram fortemente a idéia de que cavalos selvagens de muitas áreas geográficas diferentes contribuíram para o cavalo doméstico. Os dados do mtDNA indicaram claramente que havia múltiplos locais de domesticação, com um grande número de éguas nas primeiras populações, e que a entrada genética de cavalos selvagens locais tinha sido introduzida no pool genético doméstico à medida que os cavalos domesticados se espalhavam. Os dados do mtDNA também mostraram que o cavalo moderno é uma mistura de linhagens antigas, todas elas podem ser rastreadas até uma “Égua Ancestral”, que viveu de 130.000 a 160.000 anos atrás; assim, não há uma assinatura clara do mtDNA para raças modernas de cavalos.
Em contraste, estudos revelaram que o cavalo doméstico é dominado por uma única linhagem de cromossomos Y, herdada paternalmente, na qual quase não há variação. Uma exceção foi um estudo de cavalos no sudoeste da China que descobriu que algumas populações de cavalos machos do sul da China possuíam uma variante do cromossomo Y que não estava presente em nenhuma outra raça que tinha sido testada. Esta variante pode representar uma linhagem paternal diferente que sobreviveu na região, ou pode representar uma mutação recente. A falta de variação no cromossoma Y parece indicar uma origem muito estreita para o cavalo doméstico. No entanto, as diferenças de variação entre as linhagens materna e paterna podem reflectir as diferenças na forma como os criadores trataram as éguas e os garanhões. É possível que ao longo da história tenham contribuído muito mais éguas para a fundação do cavalo doméstico do que garanhões, pois os garanhões podem ser difíceis de manejar. Além disso, a maioria da selecção é direccionada para os machos, porque ao nível do indivíduo eles podem produzir um número tão grande de descendentes em comparação com as fêmeas. (Em outras palavras, é provável que um pequeno número de garanhões relativamente cooperativos tenha sido usado para impregnar um grande número de éguas.)
Estudos examinando outras regiões de DNA revelaram uma alta diversidade genética em cavalos, o que é consistente com os resultados do mtDNA. Pesquisas na virada do século XXI indicaram que parece ter havido um evento de domesticação independente na Península Ibérica (a região contendo Espanha e Portugal), que serviu de refúgio para muitas espécies, incluindo cavalos, durante as glaciações do Pleistoceno e Holocénico. Além disso, evidências indicam que os humanos espalharam cavalos domésticos da Eurásia ocidental e que as populações domésticas foram suplementadas com indivíduos selvagens, o que aumentou a diversidade genética dos cavalos domésticos. Baseado em análises genéticas modernas, as respostas às questões em torno da domesticação de cavalos são que o cavalo tem uma ascendência diversificada, que houve mais de um evento de domesticação, e que os cavalos domésticos foram amplamente interceptados ao longo da história da sua domesticação.
E. Gus Cothran Os Editores da Enciclopédia Britannica