Arkeologiska bevis tyder på att hästens domesticering ägde rum för cirka 6 000 år sedan i stäpplandskapet norr om Svarta havet, från Ukraina till Kazakstan. Trots intensiva studier under en lång tidsperiod kvarstår många frågor om artens tidiga utveckling när den genomgick domesticering. En avgörande fråga handlar om huruvida domesticeringen var begränsad till en enda plats eller om den skedde i flera områden. Knutet till denna fråga om ursprung är huruvida domesticerade hästar spreds över hela Eurasien eller om bruket att domesticera hästar spreds till nya områden, med lokala uppfödare som fångade sina egna vildhästar och introducerade dem i genpoolen för domesticerade hästar. Modern genetisk teknik har använts för att besvara dessa frågor, men olika regioner av hästens genom (dvs. den fullständiga nukleinsyrasekvensen av hästens genetiska kod) har gett olika svar.
Encyclopædia Britannica, Inc.
Resultaten av studier av mitokondrie-DNA (mtDNA), som endast ärvs från modern, visade på en stor mångfald mellan individer och gav starkt stöd för idén att vildhästar från många olika geografiska områden bidrog till den tama hästen. Uppgifterna om mtDNA visade tydligt att det fanns flera platser för domesticering, med ett stort antal ston i de första populationerna, och att genetiska bidrag från lokala vildhästar hade införts i den inhemska genpoolen i takt med att de domesticerade hästarna spreds. Uppgifterna om mtDNA visade också att den moderna hästen är en blandning av gamla linjer, som alla kan spåras tillbaka till en ”Ancestral Mare”, som levde för 130 000-160 000 år sedan; det finns alltså ingen tydlig mtDNA-signatur för moderna hästraser.
I motsats till detta har studier visat att den domesticerade hästen domineras av en enda, faderskapsförmedlad Y-kromosomlinje, i vilken det nästan inte finns någon variation. Ett undantag var en studie av hästar i sydvästra Kina som visade att vissa sydkinesiska populationer av hanhästar hade en Y-kromosomvariant som inte fanns hos några andra raser som hade testats. Denna variant kan representera en annan faderslinje som överlevt i regionen, eller så kan den representera en nyligen inträffad mutation. Avsaknaden av variation på Y-kromosomen verkar tyda på ett mycket smalt ursprung för den tama hästen. Skillnaderna i variation mellan moder- och faderslinjerna kan dock återspegla skillnaderna i hur uppfödarna behandlade ston och hingstar. Det är möjligt att betydligt fler ston än hingstar under historiens gång har bidragit till att grunda den tama hästen, eftersom hingstar kan vara svåra att hantera. Dessutom riktas det mesta urvalet mot hanar, eftersom de på individnivå kan producera ett så stort antal avkommor jämfört med honor. (Med andra ord är det troligt att ett litet antal relativt samarbetsvilliga hingstar kan ha använts för att befrukta ett stort antal ston.)
Studier som undersöker andra regioner av DNA har visat på en hög genetisk mångfald hos hästar, vilket stämmer överens med mtDNA-resultaten. Forskning i början av 2000-talet visade att det verkar ha skett en oberoende domesticeringshändelse på den iberiska halvön (den region som omfattar Spanien och Portugal), som fungerade som en tillflyktsort för många arter, inklusive hästar, under de pleistocena och holocena istiderna. Dessutom finns det belägg för att människor spred domesticerade hästar från västra Eurasien och att domesticerade populationer kompletterades med vilda individer, vilket ökade den genetiska mångfalden hos domesticerade hästar. Baserat på moderna genetiska analyser är svaren på frågorna om hästens domesticering att hästen har en mångsidig härstamning, att det förekom mer än en domesticeringshändelse och att domesticerade hästar har korsats i stor utsträckning under hela deras domesticeringshistoria.
E. Gus Cothran The Editors of Encyclopaedia Britannica