Las pruebas arqueológicas indican que la domesticación del caballo tuvo lugar hace aproximadamente 6.000 años en las tierras esteparias al norte del Mar Negro, desde Ucrania hasta Kazajistán. A pesar de los intensos estudios realizados durante un largo periodo de tiempo, siguen existiendo muchos interrogantes sobre el desarrollo temprano de la especie en su proceso de domesticación. Una cuestión crucial es si la domesticación se limitó a un solo lugar o se produjo en varias zonas. A esta cuestión de los orígenes se une la de si los caballos domesticados se extendieron por toda Eurasia o si la práctica de la domesticación del caballo se extendió a nuevas zonas, con criadores locales que capturaban sus propios caballos salvajes y los introducían en la reserva genética del caballo doméstico. Se han utilizado técnicas genéticas modernas para responder a estas preguntas, pero diferentes regiones del genoma del caballo (es decir, la secuencia completa de ácido nucleico del código genético de un caballo) han dado respuestas diferentes.
Encyclopædia Britannica, Inc.
Los resultados de los estudios del ADN mitocondrial (ADNmt), que se hereda sólo de la madre, mostraron una gran diversidad entre los individuos y apoyaron firmemente la idea de que los caballos salvajes de muchas zonas geográficas diferentes contribuyeron al caballo doméstico. Los datos del ADNmt indicaban claramente que hubo múltiples lugares de domesticación, con un gran número de yeguas en las primeras poblaciones, y que la aportación genética de los caballos salvajes locales se había introducido en el acervo genético doméstico a medida que los caballos domesticados se extendían. Los datos del ADNmt también mostraron que el caballo moderno es una mezcla de linajes antiguos, todos los cuales pueden remontarse a una «yegua ancestral», que vivió hace entre 130.000 y 160.000 años; por lo tanto, no hay una firma clara de ADNmt para las razas modernas de caballos.
En cambio, los estudios han revelado que el caballo doméstico está dominado por un único linaje del cromosoma Y, heredado paternalmente, en el que casi no hay variación. Una excepción fue un estudio de caballos en el suroeste de China que descubrió que algunas poblaciones de caballos machos del sur de China poseían una variante del cromosoma Y que no estaba presente en ninguna otra raza que se hubiera analizado. Esta variante puede representar un linaje paterno diferente que sobrevivió en la región, o puede representar una mutación reciente. La falta de variación en el cromosoma Y parece indicar un origen muy estrecho para el caballo doméstico. Sin embargo, las diferencias de variación entre los linajes materno y paterno pueden reflejar las diferencias en el trato que los criadores daban a las yeguas y a los sementales. Es posible que a lo largo de la historia hayan contribuido a la fundación del caballo doméstico muchas más yeguas que sementales, ya que éstos últimos pueden ser difíciles de manejar. Además, la mayor parte de la selección se dirige a los machos, porque a nivel del individuo pueden producir un gran número de crías en comparación con las hembras. (En otras palabras, es probable que se haya utilizado un pequeño número de sementales relativamente cooperativos para fecundar a un gran número de yeguas.)
Los estudios que examinan otras regiones del ADN han revelado una gran diversidad genética en los caballos, lo que coincide con los resultados del ADNmt. Las investigaciones realizadas a principios del siglo XXI indicaron que parece haber habido un evento de domesticación independiente en la Península Ibérica (la región que comprende España y Portugal), que sirvió de refugio para muchas especies, incluidos los caballos, durante las glaciaciones del Pleistoceno y el Holoceno. Además, las pruebas indican que los humanos propagaron los caballos domésticos desde el oeste de Eurasia y que las poblaciones domésticas se complementaron con individuos salvajes, lo que aumentó la diversidad genética de los caballos domésticos. Basándose en los análisis genéticos modernos, las respuestas a las preguntas que rodean la domesticación de los caballos son que el caballo tiene una ascendencia diversa, que hubo más de un evento de domesticación y que los caballos domésticos se han cruzado ampliamente a lo largo de la historia de su domesticación.
E. Gus Cothran Los editores de la Encyclopaedia Britannica