Reproduktionstalet (R) används ofta för att visa hur smittsam en sjukdom är. Vi kommer delvis att använda denna kvantitet för att bedöma alternativa insatser för att kontrollera ett utbrott, eftersom R förändras av kontrollåtgärder. Det grundläggande reproduktionstalet (R0) är reproduktionstalet när det inte finns någon immunitet från tidigare exponeringar eller vaccinationer, och inte heller några avsiktliga ingrepp i sjukdomsöverföringen. Vi hänvisar till R som ett effektivt reproduktionstal när det finns en viss immunitet eller när vissa interventionsåtgärder vidtas.
Det är användbart att påminna om några av de karakteristiska egenskaperna hos ett reproduktionstal, eftersom dess tolkning inte alltid är okomplicerad.
När individerna är homogena och blandar sig jämnt definieras R som det genomsnittliga antalet infektioner som genereras under den infektiösa perioden för en enskild smittbärare. Individer kan skilja sig åt i det antal de smittar, på grund av slumpen, men det genomsnittliga antalet smittade är R. Epidemier av en SEIR-infektion kan inte uppstå när R är mindre än 1 i början av utbrottet, och etablerade utbrott kommer att klinga av om antingen ingripanden håller R under 1 eller om den mottagliga delen av populationen har utarmats tillräckligt för att hålla R under 1.
Det grundläggande reproduktionstalet kan variera mellan olika platser, eftersom kontaktfrekvensen mellan människor kan variera på grund av skillnader i befolkningstäthet och kulturella skillnader. Det effektiva reproduktionstalet kan också variera eftersom samhällena på olika platser kan skilja sig åt i sin immunitetsnivå.
Vilket grundläggande reproduktionstal bör vi använda i vår bedömning av föreslagna insatser mot pandemisk influensa? Det kan vara så att nyligen genomförd exponering för influensastammar som för närvarande cirkulerar, eller vaccinationer för att skydda mot dem, ger en viss immunitet mot en nyuppkommen stam; se Jordan et al. (1958), Spicer och Lawrence (1984), Mills et al. (2004). Det lämpliga reproduktionstalet, som vi bör bedöma varje föreslagen åtgärd i vårt samhälle utifrån, är då det effektiva reproduktionstalet som motsvarar den ursprungliga populationen, med dess initiala immunitetsnivå till följd av exponering för influensastammar som har cirkulerat tidigare, men i avsaknad av avsiktliga åtgärder. För enkelhetens skull kommer vi att kalla detta basala reproduktionstal för det grundläggande reproduktionstalet och beteckna det med R0 i detta dokument.
Det finns två aspekter av överföringen av infektionssjukdomar som R inte fångar upp på ett bra sätt. Den ena är överföringshastigheten i kalendertid. För att illustrera detta kan man betrakta två SIR-infektioner med samma R0. Antag att i en av dessa infektioner är individerna mycket smittsamma under en kort infektionsperiod. I den andra infektionen är individerna mindre smittsamma, men under en längre infektionsperiod. Båda kommer att resultera i samma slutliga angreppsfrekvens, men den förstnämnda epidemin kommer att ta fart snabbare, kommer att ha en högre incidens vid epidemins topp och kommer att vara mycket kortare; se avsnitt 2.4.
Den andra aspekten som R generellt sett inte fångar upp så bra är q, sannolikheten för att ett importerat utbrott tar fart och blir stort, till skillnad från att det försvinner efter att relativt få människor har blivit smittade. Denna sannolikhet är grundläggande för frågorna om att begränsa och fördröja en lokal epidemi, så vi måste vara medvetna om detta faktum när vi bedömer interventioner på grundval av R.