Ali var kalif mellan 656 och 661 e.Kr., vilket var en av de svåraste perioderna i muslimernas historia och sammanföll med det första muslimska inbördeskriget. Han regerade över Rashidun-imperiet som sträckte sig från Persiens östra gränser till Egyptens västra gränser. Många muslimer betraktar hans regering som den islamiska stilen med rättvisa och tolerans å ena sidan och hård uppföljning av den islamiska lagen å andra sidan.
Val som kalif
Efter mordet på den tredje kalifen, Uthman Ibn Affan, var rebellerna tvungna att välja en ny kalif. Men detta val stötte på vissa svårigheter. Rebellerna var uppdelade i flera grupper bestående av Muhajerin, Ansar, egyptier, Kufaner och Basnter. Det fanns tre kandidater Ali, Talhah och Al-Zubayr. Först hänvisade de till Ali och bad honom acceptera kalifatet. Även några av Muhammeds följeslagare försökte övertala honom att acceptera ämbetet…. Men han vägrade och svarade: Lämna mig och sök någon annan. Vi står inför en fråga som har (flera) ansikten och färger, som varken hjärtan kan stå ut med eller intelligens kan acceptera. Moln svävar över himlen och ansikten kan inte urskiljas. Du ska veta att om jag svarar dig skulle jag leda dig som jag vet och inte bry mig om vad någon än säger eller missbrukar. Om du lämnar mig är jag samma som du är. Det är möjligt att jag skulle lyssna på och lyda den som ni gör ansvarig för era angelägenheter. Jag är bättre för er som rådgivare än som chef.
Då erbjöd rebellerna kalifatet till Talhah och Al-Zubayr och några andra följeslagare men de vägrade också det. Därför hotade de att om inte Medinas folk valde en kalif inom en dag skulle de bli tvungna att vidta några drastiska åtgärder. För att lösa dödläget samlades alla muslimer i profetens moské den 18 juni 656 e.Kr. (19 Dhu al-Hijjah 35AH.) för att välja kalif. Ali vägrade att acceptera kalifatet genom att de människor som pressade honom hårdast var rebellerna, och han avböjde därför först. När Muhammeds anmärkningsvärda följeslagare samt människor som bor i Medina pressade honom gick han dock till slut med på det. Enligt Abu Mekhnafs berättelse var Talhah den första framstående följeslagaren som gav sitt löfte, men de andra berättelserna hävdar att de inte gjorde det eller att någon till och med tvingade dem att göra det. Han och Al-Zubayr hävdade dock senare att de gjorde det motvilligt, men Ali avvisade detta påstående och sade att de gjorde det frivilligt. Mudelong anser att våld inte användes för att uppmana folk att ge sitt löfte och de lovade offentligt i moskén.
Men även om den överväldigande majoriteten av de människor som bodde i Medina samt rebellerna gav sitt löfte, gjorde vissa viktiga personer inte det. Umayyaderna, släktingar till Uthman, flydde till Levanten eller stannade kvar i sina hus och vägrade senare Alis legitimitet. Sa`ad ibn Abi Waqqas var frånvarande och Abdullah ibn Umar avstod från att erbjuda sin trohet men båda försäkrade Ali att de inte skulle göra något mot Ali.
Another prominent figure who was in Mecca at that time and later opposed Ali, was A'isha, Muhammad's widow.
Regera som kalif
I början berättade Ali för folket att det muslimska styrelseskicket hade kommit att plågas av oenighet och osämja och att han ville rensa islam från all ondska som det hade kommit att lida av. Sedan varnade han alla berörda att han inte skulle tolerera någon uppvigling och att alla som befanns skyldiga till omstörtande verksamhet skulle behandlas hårt. Han rådde folk att uppträda som sanna muslimer.
Men han upptäckte snart att han var hjälplös och fånge hos de människor som inte lydde honom. Kalifatet hade kommit till honom som en gåva från rebellerna och han hade inte tillräckligt med kraft för att kontrollera eller straffa dem. När vissa människor bad Ali att straffa dem som dödade Uthman svarade Ali: ”Hur ska jag ha kraft för det medan de som angrep honom befinner sig på höjden av sin makt. De har överlägsenhet över oss, inte vi över dem.” Medan A’isha, Talhah, Al-Zubayr och umayyaderna, särskilt Muawiyah I, ville hämnas för Uthmans död och straffa de upprorsmakare som hade dödat honom. Vissa historiker anser dock att de använder denna fråga för att söka sina politiska ambitioner på grund av att de fann Alis kalifat mot sin egen fördel.
Snart efter att Ali blev kalif avsatte han provinsguvernörer som hade utsetts av Uthman och ersatte dem med betrodda medhjälpare. Han handlade mot råd från Mughrah ibn Shobah och Ibn Abbas, som hade rått honom att gå försiktigt fram. Madelung säger att Ali var djupt övertygad om sin rätt och sitt religiösa uppdrag, ovillig att kompromissa med sina principer för politiska ändamålsenlighetens skull, redo att kämpa mot överväldigande odds. Muawiyah, släkting till Uthman och guvernör i Levanten, vägrade att underkasta sig Alis order – den enda guvernör som gjorde detta.
Efter slaget vid Bassorah flyttade Ali sin huvudstad från Medina till Kufa, den muslimska garnisonsstaden i Irak. Kufa låg mitt i det islamiska landet och hade ett strategiskt läge.
Ali ansåg att människor och guvernörer har rättigheter över varandra och att Gud skapade dessa rättigheter så att de är likvärdiga med varandra. Den största av dessa rättigheter som Allah har gjort obligatoriska är härskarens rätt över de styrda och de styrdas rätt över härskaren. Om de styrda uppfyller härskarens rättigheter och härskaren uppfyller deras rättigheter, då uppnår rätten hederspositionen bland dem, religionens vägar blir etablerade, rättvisans tecken blir fasta och sunnah blir aktuell. Han skrev anvisningar till sina tjänstemän som tydligt visar vilken form av regim han ville införa. Det skulle inte vara en regim vars tjänstemän hade ett övertag och göddes av offentliga medel. Det skulle vara en regim där de styrda och skattebetalarna fick en övervikt. Det var för deras skull som staten skulle fungera. Det var en välfärdsstat som enbart arbetade för välfärden för de människor som levde under dess styre, en regim där de rika inte kan bli rikare medan de fattiga blir fattigare; en regim där religionens kanon håller balansen mellan de styrda och härskaren. Han bad folk att inte tala med honom som de talade med grymma guvernörer och att vara ärliga mot honom.
Ali hade avgörande uppfattningar om att han inte skulle starta ett krig med andra muslimer, men när fienden startade det skulle hans armé inte dra sig tillbaka om de inte ville attackera igen. Han beordrade sina soldater att inte döda vem som skulle bli skadad, eller inte kunna försvara sig, eller fly från slagfältet och skador och ville att hans krigare inte skulle skada kvinnor.
Första Fitna
Den första Fitna, 656-661 e.Kr., följde på mordet på kalifen Uthman Ibn Affan, fortsatte under Alis kalifat och avslutades i stort sett genom Muawiyahs övertagande av kalifatet. Detta inbördeskrig kallas ofta Fitna och beklagas som slutet på den islamiska ummahs (nationens) tidiga enhet. Ali motarbetades först av en fraktion som leddes av Talhah, Al-Zubayr och Muhammeds hustru Aisha bint Abu Bakr. Denna grupp var känd som olydiga (Nakithin) av sina fiender. Först samlades de i Mecka och flyttade sedan till Basra med förhoppningen att finna de nödvändiga styrkorna och resurserna för att mobilisera människor i det som nu är Irak. Rebellerna ockuperade Basra och dödade många människor. När Ali bad dem om lydnad och ett trohetslöfte vägrade de. De två parterna möttes i slaget vid Bassorah (slaget vid kamelen) år 656, där Ali gick segrande ur striden.
Därefter utsåg han Ibn Abbas till guvernör i Basra och flyttade sin huvudstad till Kufa. Senare utmanades han av Muawiyah I, guvernör i Levanten och kusin till Uthman, som vägrade Alis krav på lojalitet och krävde hämnd för Uthman. Ali inledde förhandlingar med honom i hopp om att återfå hans lojalitet, men Muawiyah insisterade på autonomi i Levanten under sitt styre. Muawiyah svarade genom att mobilisera sina anhängare i Levantn och vägra att hylla Ali under förevändning att hans kontingent inte hade deltagit i hans val. De två arméerna slog läger vid Siffin i mer än hundra dagar, varav den mesta tiden ägnades åt förhandlingar. Även om Ali utbytte flera brev med Muawiyah kunde han inte avsätta den senare och inte heller övertala honom att lova trohet. Skarmöten mellan parterna ledde till slaget vid Siffin år 657. Efter en veckas strider som följdes av ett våldsamt slag känt som laylat al-harir (skrikets natt) var Muawiyahs armé på väg att slås ut när Amr ibn al-Aas rådde Muawiyah att låta sina soldater hissa mushaf (antingen pergament med inskriptioner av verser ur Koranen, eller kompletta kopior av den) på sina spjutspetsar för att orsaka oenighet och förvirring i Alis armé.
De två arméerna kom slutligen överens om att lösa frågan om vem som skulle bli kalif genom skiljedom. Vägran från det största blocket i Alis armé att slåss var den avgörande faktorn för att han skulle acceptera skiljedomen. Frågan om huruvida skiljedomaren skulle representera Ali eller kufanerna orsakade ytterligare en splittring i Alis armé. Ash’ath ibn Qays och några andra förkastade Alis nominerade, `Abd Allah ibn `Abbas och Malik al-Ashtar, och insisterade på Abu Musa Ash’ari, som Ali motsatte sig, eftersom han tidigare hade hindrat folk från att stödja honom. Slutligen uppmanades Ali att acceptera Abu Musa. Några av Alis anhängare, som senare blev kända som kharijiter (schismatiker), motsatte sig detta beslut och gjorde uppror och Ali var tvungen att slåss med dem i slaget vid Nahrawan. Skiljedomen resulterade i att Alis koalition upplöstes och vissa har menat att detta var Muawiyahs avsikt.
Muawiyahs armé invaderade och plundrade städer, vilket Alis guvernörer inte kunde förhindra och folk stödde honom inte för att slåss med dem. Muawiyah övermannade Egypten, Jemen och andra områden.
Detta inbördeskrig skapade permanenta splittringar inom det muslimska samfundet och muslimerna var splittrade om vem som hade den legitima rätten att ockupera kalifatet.
Död
Den nittonde ramadan, medan Ali bad i moskén i Kufa, mördade kharijiten Abd-al-Rahman ibn Muljam honom med ett slag av sitt giftbelagda svärd. Ali, som sårades av det giftiga svärdet, levde i två dagar och dog den 21:a ramadan i staden Kufa år 661 e.Kr.
Ali beordrade sina söner att inte döda en grupp människor. Eftersom gärningen utfördes av en enda medlem av den kharijitiska gruppen och inte av alla, var de tvungna att hämnas bara på mördaren. Således uppfyllde Hasan senare Qisas och dödade ibn Muljam.
Under dessa två dagar dikterade han sitt testamente till sitt hushåll ”Mitt råd till er är att ni inte ska betrakta någon som Herrens medarbetare, var fast i er tro på att det finns en och endast en Allah. Slösa inte bort den kunskap som Muhammed har gett er och ge inte upp och förstör inte hans Sunnah . Håll dessa två pelare i islam högt upp i luften. Om ni agerar enligt mina råd kan ni inte klandras för att ha skadat eller förstört religionen.”
Begravning
Många shiamuslimer tror att Ali inte ville att hans grav skulle skändas av hans fiender och därför bad han sina vänner och familjemedlemmar att begrava honom i hemlighet. Denna hemliga gravplats ska ha avslöjats senare under det abbasidiska kalifatet av Ja’far al-Sadiq, den sjätte shiamuslimska imamen. De flesta shiamuslimer accepterar att Ali begravdes i Imam Alis grav i Imam Ali-moskén i det som nu är staden Najaf, som växte runt moskén och helgedomen som kallas Masjid Ali.
En annan berättelse, som vanligen upprätthålls av afghaner, noterar dock att hans kropp togs och begravdes i den afghanska staden Mazari Sharif vid den berömda Blå moskén eller Rawze-e-Sharif.