Under tiden, My’shell Lemair, som klandrade sig själv för Charlottes situation, bestämde sig för att undersöka ledtrådar till gamla Assassin-konton, vilket ledde till att hon upptäckte att de i hemlighet användes av en tredje fraktion. Berg undersökte också kontona och förhörde henne, innan han hamnade i ett bakhåll av en instrumentcell ledd av Jasdip. My’shell, som var allvarligt skadad, förde Berg till London-garaget, där assassinerna samlades på nytt. Motvilligt beslutade Assassin-cellen och Berg att gå samman för att stoppa den nya fraktionen som hade infiltrerat båda deras ordnar.
Charlotte gick för att återuppleva Ignacio Cardonas minnen och upptäckte att han interagerade med den före detta Black Cross Albert Bolden. Efter att Charlotte inte kunde fortsätta på grund av trötthet orsakad av Animus återupplevde Berg minnena av Albert Bolden med hjälp av DNA från hans ättling André Bolden. De upptäckte så småningom att artefakten var begravd i spillrorna av en övergiven kyrka i Spanien. Under tiden kapade instrumenten Abstergos laboratorium för Phoenixprojektet för sina egna syften.
Mördarna och Berg reste till Spanien, där Arend och Kiyoshi inledningsvis mötte motstånd från två äldre beskyddare av platsen som Cardona och Bolden hade utsett, innan de tillfångatogs av Jasdip Dhamis team av instrument. När Charlotte avslöjade Koh-i-Noor aktiverade hon oavsiktligt artefakten och skapade en ljusstorm. Dhami lyckades övermanna Charlotte mitt i ljusexplosionen och efter att ha kallat på en granatattack flydde han med artefakten. Kort därefter attackerades lönnmördarnas gömställe i London av instrumenten, även om My’shell lyckades fly med Guernica, även om han i slutändan lämnades kvar svårt skadad.
Under tiden, tvingade instrumenten Abstergos chef för Phoenixprojektet Álvaro Gramática att skapa en ny kropp åt Juno, med hjälp av Edens likduk och DNA från Desmonds son Elijah, i ett labb någonstans i Australien. När Junos nya kropp var färdig och hon återföddes stormade assassinerna och Berg anläggningen, medan Elijah gjorde uppror mot sina instrumentfångare. Assassinerna dödade många instrument, inklusive Dhami, medan Galina klättrade ner i Gramáticas labb.
När Galina och Elijah båda nådde labbet stal Elijah Koh-i-Noor och rörde vid den tillsammans med Galina och använde dess krafter för att avvärja instrumenten. Galina använde den sedan för att skapa en illusion av Consus för att distrahera Juno, medan hon sedan dödade Isu med sitt dolda blad. Trots att Charlotte fortfarande befann sig där inne utlöste Berg en mycket destruktiv granat inne i anläggningen när han och Galina, Arend och Kiyoshi flydde, vilket dödade henne trots assassinernas protester. Elijah flydde dock med Koh-i-Noor.
Sök efter Hermes Trismegistus stav
I slutet av oktober 2017, William Miles räddade en oseriös Abstergo-agent vid namn Layla Hassan, som hade fått i uppdrag av Simon Hathaway att hämta sarkofagen från Bayek av Siwa, grundaren av de gömda, i Qattara-depressionen i Egypten. Efter att hon bestämde sig för att utforska Bayeks minnen på egen hand med sin bärbara Animus i stället för att ta med sig sarkofagen till Abstergo, skickade företaget utan framgång agenter för att döda henne. William hittade henne så småningom och erbjöd henne en möjlighet att arbeta med Assassins Animus-projektet, vilket hon motvilligt accepterade.
Under det följande året avtog Laylas motvilja mot att gå med i Brödraskapet och hon blev en uppskattad medlem av Assassins, och fick till och med ledarskap över sin egen cell. I slutet av 2018 hittade Layla bevis som pekade på var det trasiga Leonidas-spjutet fanns och samlade ett team bestående av sin tidigare Abstergo-kollega Victoria Bibeau, Kiyoshi Takakura och Alannah Ryan för att återfå det. Med hjälp av ett DNA-prov på artefakten fortsatte hon att utforska Kassandras genetiska minnen i Animus i ett säkert hus i London, i hopp om att hitta ledtrådar som leder till Hermes Trismegistus stav.
Till slut, genom Kassandras minnen upptäckte cellen platsen för den sjunkna staden Atlantis och hur man återaktiverar porten till den förlorade staden som fungerade som dess ingång. Efter att ha gjort detta möttes Layla av Kassandra, som hade levt över två årtusenden tack vare stavens krafter. Hon gav sedan artefakten vidare till Layla och gav henne ansvaret för att återställa balansen mellan ordning och kaos i världen. Innan Kassandra lämnade ut staven fick Layla lova att förstöra alla Pieces of Eden efter att ha uppnått sina mål, innan Kassandras odödlighet bleknade och hon gick bort.
Layla bestämde sig för att utforska mer av Kassandras minnen, varigenom hon blev direkt kontaktad av Isu Aletheia, från vilken hon fick reda på att Layla var tänkt att bli ”minnenas arvtagare” och skulle lära sig hur man använder staven och bekämpar dess fördärv. Genom sina erfarenheter i Animus upptäckte Layla hur hon kunde nå längre in i porten. När hon väl var där fick hon sällskap av Victoria och de två blev så småningom upptäckta av Abstergos Sigma Team, som snabbt eliminerades av Layla.
Genom Kassandras minnen upplevde Layla flera simuleringar av Isu-civilisationen som skapats av Aletheia i syfte att lära sig att bemästra stavens kraft. Under dessa Animus-sessioner bönföll Victoria Layla att sluta för att förhindra att blödningseffekten skulle ta över. I ett ögonblick av raseri framkallat av staven dödade Layla av misstag sin väninna. Hon fortsatte att utforska simuleringarna och lärde sig så småningom allt som Aletheia hade att lära ut. Vid denna tidpunkt konfronterades Layla av Otso Berg, som blev invalidiserad när de två slogs. Layla kallade då in Altaïr II för upphämtning.
Nya operationer
Under 2019 upptäckte Gavin Banks och My’shell Lemair att Abstergo planerade att släppa ett nytt digitalt program, kallat Project Lighthouse, med vilket de kunde påverka den mörka webben, så att de kunde kontrollera olagliga metoder som vapenaffärer och andra former av handel. I hopp om att kunna stoppa programmet upptäckte de att programmets felsäkerhetskod var knuten till ett förfalskat mynt från den stora myntningen 1696 som kom i lönnmördaren Omar Khaleds ägo. Gavin hittade Khaleds ättling, Aliyah Khan, i London och övertalade henne att hjälpa lönnmördarna i utbyte mot att hon finansierade sina studier genom att ge henne de pengar som Aliyahs tidigare affärspartner Jarrod Eubanks hade stulit från henne.
Aliyah utforskade Omars minnen i Animus, och Gavin och My’shell avslöjade långsamt detaljer om Abstergo och deras planer för henne. Så småningom tvingades de stanna och fly efter att de upptäckte tempelriddare i deras närhet. De lämnade Animus bakom sig, undvek tempelriddarna och flyttade till London Zoo. För att få tillgång till en annan Animus bestämmer de sig för att klä ut sig till städare och infiltrera Londonkontoret för ExploreDNA, ett dotterbolag till Abstergo som undersöker människors DNA. Med hjälp av en VR Animus fortsatte Aliyah att utforska sina förfäders minnen tills hon upptäckte inskriptionen som stod skriven på hennes förfäders förfalskade nyckel: ”Je maintaindrai”.
My’shell upptäckte under tiden att Eubanks pengar hanterades personligen av Agneta Reider, VD för Abstergo Financial, och att Aliyahs pappa Fahad Khan, som hon trodde var död sedan tio år tillbaka, var hennes anställd. Fahad Khan stormade ExploreDNA-byggnaden och lyckades tillfångata Gavin. Med hjälp av ExploreDNA:s AI, baserad på Shaun Hastings, lokaliserade de Agneta Reider och stal hennes klocka, som de bytte mot Gavins position på Newton Analytica i Cambridge. Under den efterföljande konfrontationen tvingades Aliyah att döda sin far med en Hidden Blade. Gavin bjöd in henne till Brödraskapet, även om hon till en början vägrade. Efter att ha hört nyheten om att Jarrod Eubanks hade arresterats på grund av handlingar av en skurkgrupp som lovade att sätta dit andra tjuvar som han, accepterade hon inbjudan och anslöt sig till Assassinerna.
Samma år, fick Kiyoshi Takakura ta del av ett projekt som Abstergo genomförde i Yokohama och som involverade ett Animus-subjekt – som utan att lönnmördarna visste om det var Lisa Yang, en ättling till Shao Jun. Utanför Abstergos klinik tjuvlyssnade Kiyoshi på ett samtal mellan en läkare från Abstergo och flickan. Senare informerade han en annan lönnmördare om sin rädsla för att flickan var i livsfara på grund av överexponering av Animus, och att han inte var säker på vems minnen de lät henne återuppleva i Animus.