Med mer än 15 000 FN-soldater i landet och en arbetslöshet på 80 procent stod Johnson Sirleaf inför stora utmaningar. Hon sökte omedelbart skuldsanering och hjälp från det internationella samfundet. I slutet av 2010 hade Liberias hela skuld raderats och Johnson Sirleaf hade säkrat miljontals dollar i utländska investeringar i landet. Dessutom inrättade hon 2006 en sannings- och försoningskommitté (TRC) för att undersöka korruptionen och läka etniska spänningar. Ironiskt nog omnämndes Johnson Sirleaf 2009 i en av TRC:s rapporter, som rekommenderade att hon, tillsammans med ett antal andra, skulle förbjudas att inneha valbara ämbeten i 30 år för att ha stött de stridande fraktionerna i inbördeskriget. I Johnson Sirleafs fall hade hon stött Taylor under en tid mycket tidigt i kriget. Rapportens rekommendationer var dock inte bindande, och hon fick stöd av en omfattande demonstration av både inhemskt och internationellt stöd. Ansträngningar för att utrota korruptionen – ett betydande problem som Johnson Sirleaf hade lovat att få bukt med – omfattade inrättandet av antikorruptionskommissionen 2008.
Trots att hon tidigare lovat att bara sitta en mandatperiod som president meddelade Johnson Sirleaf 2010 att hon hade för avsikt att ställa upp i presidentvalet i oktober 2011, och förklarade att hon fortfarande hade arbete kvar att göra. En månad före valet ifrågasattes dock Johnson Sirleafs valbarhet i domstol av en liten oppositionsgrupp som pekade på en bestämmelse i konstitutionen där det stod att alla presidentkandidater skulle ha varit bosatta i Liberia i tio år före valet, ett krav som Johnson Sirleaf och flera andra kandidater inte uppfyllde och som regeringen hade försökt – men misslyckats med – att få ändrat genom en folkomröstning i augusti 2011. Sex dagar före valet avvisade Högsta domstolen utmaningen och konstaterade att författarna till 1986 års konstitution inte kunde ha förutsett de år av konflikt som tvingade många liberianer att leva utanför landet. Ytterligare kontroverser före valet uppstod när Johnson Sirleaf fick Nobels fredspris bara några dagar före valet. Andra kandidater klagade över att Nobelkommittén blandade sig i liberiansk politik genom att dela ut priset så nära valet.