När han tog examen från Dartmouth stod Just inför samma problem som alla svarta akademiker på sin tid: oavsett hur briljanta de var eller hur höga betyg de hade var det nästan omöjligt för svarta att bli lärare vid vita högskolor eller universitet. Just tog det som verkade vara det bästa valet som stod till buds och accepterade en lärartjänst vid det historiskt svarta Howard University i Washington D.C. År 1907 började Just först undervisa i retorik och engelska, områden som var något avlägsna från hans specialitet. År 1909 undervisade han dock inte bara i engelska utan även i biologi. År 1910 fick han ansvaret för en nybildad biologiavdelning av Howards president Wilbur P. Thirkield och 1912 blev han chef för den nya zoologiavdelningen, en position han innehade fram till sin död 1941. Inte långt efter att han börjat sin anställning vid Howard introducerades Just för Frank R. Lillie, chef för Zoologiska institutionen vid Chicagos universitet. Lillie, som också var chef för Marine Biological Laboratory (MBL) i Woods Hole, Massachusetts, bjöd in Just att tillbringa sommaren 1909 som hans forskningsassistent vid MBL. Under denna tid och senare fokuserade Justs experiment huvudsakligen på ägg från marina ryggradslösa djur. Han undersökte befruktningsreaktionen och fortplantningsvanorna hos arter som Platynereis megalops, Nereis limbata och Arbacia punctulata. Under de följande cirka 20 åren tillbringade Just varje sommar utom en vid MBL.
Under tiden vid MBL lärde sig Just att hantera ägg och embryon från marina ryggradslösa djur med skicklighet och förståelse, och snart var hans expertis mycket efterfrågad av både yngre och äldre forskare. År 1915 tog Just tjänstledigt från Howard för att skriva in sig i ett avancerat akademiskt program vid University of Chicago. Samma år blev Just, som höll på att få ett nationellt rykte som en framstående ung forskare, den första mottagaren av NAACP:s Spingarnmedalj, som han fick den 12 februari 1915. Medaljen erkände hans vetenskapliga prestationer och hans ”främsta tjänst för sin ras”. Han började sin forskarutbildning med kurser vid MBL: 1909 och 1910 läste han kurser i ryggradslös zoologi respektive embryologi där. Han fortsatte sin kursverksamhet i residens vid University of Chicago. Hans arbetsuppgifter vid Howard försenade slutförandet av hans kursarbete och hans erhållande av doktorsexamen. I juni 1916 erhöll dock Just sin examen i zoologi, med en avhandling om befruktningens mekanik. Just blev därmed en av endast en handfull svarta som hade erhållit doktorsexamen från ett större universitet. När han fick sin doktorsexamen från Chicago hade han redan publicerat flera forskningsartiklar, både som ensam författare och som medförfattare tillsammans med Lillie. Under sin tid vid Woods Hole steg Just från lärlingsstudent till internationellt respekterad forskare. Han var en noggrann och noggrann experimentalist och ansågs vara ”ett geni när det gällde att utforma experiment”. Han hade utforskat andra områden, bland annat: experimentell parthenogenes, celldelning, hydrering, uttorkning i celler, UV-karcinogen strålning på celler och utvecklingsfysiologi.
Just blev dock frustrerad eftersom han inte kunde få en anställning vid ett större amerikanskt universitet. Han ville ha en tjänst som skulle ge en stadig inkomst och göra det möjligt för honom att ägna mer tid åt sin forskning. Justs vetenskapliga karriär innebar en ständig kamp för en möjlighet till forskning, ”hans livs andetag”. Han var dömd av sin ras att förbli knuten till Howard, en institution som inte kunde ge fulla möjligheter till ambitioner som de som Just hade. År 1929 reste Just till Neapel, Italien, där han utförde experiment vid den prestigefyllda zoologiska stationen ”Anton Dohrn”. År 1930 blev han sedan den förste amerikan som bjöds in till Kaiser Wilhelm-institutet i Berlin-Dahlem, Tyskland, där flera nobelpristagare bedrev forskning. Från sin första resa 1929 till sin sista 1938 gjorde Just sammanlagt tio eller fler besök i Europa för att bedriva forskning. Det var under denna tid som Just tillsammans med några andra forskare skrev en forskningsrapport med titeln ”General Cytology”, som behandlade honom som en kändis och uppmuntrade honom att utvidga sin teori om ektoplasma till andra arter. Just tyckte om att arbeta i Europa eftersom han inte mötte lika mycket diskriminering där i jämförelse med USA och när han mötte rasism kom det alltid från amerikaner. 1933, när nazisterna började ta kontroll över landet, upphörde Just med sitt arbete i Tyskland. Han flyttade senare sina Europabaserade studier till Paris och till det marina laboratoriet i den franska fiskebyn Roscoff, som ligger vid Engelska kanalen.
Just författade två böcker, Basic Methods for Experiments on Eggs of Marine Animals (1939) och The Biology of the Cell Surface (1939), och han publicerade också minst sjuttio artiklar inom områdena cytologi, befruktning och tidig embryonal utveckling. Han upptäckte det som är känt som den snabba blockeringen av polyspermi, han belyste ytterligare den långsamma blockeringen, som hade upptäckts av Fol på 1870-talet, och han visade att de vidhäftande egenskaperna hos cellerna i det tidiga embryot är ytfenomen som är ytterst beroende av utvecklingsstadiet. Han ansåg att de förhållanden som används för experiment i laboratoriet bör vara nära överensstämmande med förhållandena i naturen; i denna mening kan han anses ha varit en tidig ekologisk utvecklingsbiolog. Hans arbete med experimentell parthenogenes gav underlag för Johannes Holtfreters begrepp ”autoinduktion”, som i sin tur i stor utsträckning har påverkat den moderna evolutions- och utvecklingsbiologin. Hans undersökning av vattnets rörelse in i och ut ur levande äggceller (samtidigt som de bibehåller sin fulla utvecklingspotential) gav insikter om den inre cellstrukturen som nu belyses mer fullständigt med hjälp av kraftfulla biofysiska verktyg och beräkningsmetoder. Dessa experiment föregrep den icke-invasiva avbildning av levande celler som utvecklas i dag. Även om Justs experimentella arbete visade att cellytan och skiktet under den, ”ektoplasman”, spelar en viktig roll för utvecklingen, ignorerades detta i stor utsträckning och tyvärr. Detta gällde även när det gäller forskare som betonade cellytan i sitt arbete. Det gällde särskilt amerikanerna; med européerna klarade han sig något bättre.