Första åren av återuppbyggnaden.
När Fredrik Vilhelm, som var helt oerfaren i politik, efterträdde sin far som kurfurste i december 1640, tog han över ett ödelagt land ockuperat av utländska trupper. Under faderns mäktiga favorit, greve Adam von Schwarzenberg, hade Brandenburg bytt sida från svenskarna till habsburgarna och därmed dragits in i kampen på båda sidor. Fram till 1643 bodde kurfursten inte i Brandenburg, som var kärnan i hans domän, utan snarare i Königsberg (nu Kaliningrad, Ryssland), huvudstad i det avlägsna hertigdömet Preussen, och han förde till en början en försiktig neutralitetspolitik för att undgå trycket från de rivaliserande makterna. Han avskedade de brandenburgska trupperna i Habsburgska kejsarens tjänst och ingick ett vapenstillestånd med Sverige.
Han insåg dock snart att han utan en armé aldrig kunde bli herre i sitt eget hus. Redan 1644, i början av förhandlingarna för att avsluta trettioåriga kriget, hade han börjat organisera sin egen militärstyrka. Även om hans armé var liten kunde Brandenburg inte försörja den utan att rekvirera medel från hertigdömet Kleve i väster och från hertigdömet Preussen. För första gången samlades Brandenburgs territorier, som endast förenades av sin lojalitet till kurfurstens person, i ett politiskt syfte. Den stående armén var den första institution som de alltmer absolutistiska härskarna i Brandenburg använde för att bekämpa privilegierna för stånden i de enskilda territorierna. Den upplöstes aldrig helt och blev kärnan i 1700-talets preussiska armé.
Denna armé var inte tillräckligt stor för att Fredrik Vilhelm skulle kunna föra en oberoende utrikespolitik. Dessutom lyckades hans giftermål 1646 med Louise Henriette av Oranien inte ge det förväntade nederländska stödet. Eftersom han saknade stöd från vänskapliga stormakter vid fredskongressen i Westfalen 1648 nådde han inte sitt mål att förvärva hela Pommern, med Odermynningen och den viktiga hamnen Stettin (sedan 1945 Szczecin). Han fick nöja sig med östra Pommern, de sekulariserade stiften Minden och Halberstadt och löftet om ärkebiskopsdömet Magdeburg, som dock alla var viktiga som länkar till hans västtyska besittningar.
Efter sju års fredlig återuppbyggnad fick Fredrik Vilhelm se sin politiska och militära förmåga sättas på ett svårt prov i och med utbrottet av det första nordiska kriget (1655-60). Genom att invadera Polen försökte kung Karl X Gustav av Sverige utöka den makt i Östersjön som Sverige fått genom Westfaliska freden. Fredrik Vilhelm var i egenskap av hertig av Preussen skyldig den polske kungen trohet, men när Sverige erbjöd honom en allians i utbyte mot kontroll över de östpreussiska hamnarna valde kurfursten väpnad neutralitet. När Karl Gustav snabbt övermannade Polen och avancerade mot Östpreussen var Fredrik Vilhelm tvungen att byta ut det polska mot det svenska suzeraintätet och ge Karl Gustav väpnat stöd. I det tre dagar långa slaget vid Warszawa i juli 1656 klarade Brandenburgs oprövade armé under kurfurstens befäl sitt eldprov. För att hålla kurfursten på sin sida beviljade den svenske kungen honom full suveränitet över hertigdömet Preussen. Detta hindrade inte Fredrik Vilhelm från att, när Sveriges militära ställning försämrades, inleda förhandlingar med Polen, som nu avstod från suveränitet över Östpreussen. Med sina nya allierade, Polen och den habsburgske kejsaren, fördrev kurfursten svenskarna från västra Pommern. Ett franskt ingripande tvingade dock Fredrik Vilhelm att återigen ge upp sina pommerska erövringar. Denna avsägelse, som ratificerades i Oliva-fördraget 1660, uppvägdes av en bekräftelse av kurfurstens fulla suveränitet över hertigdömet Preussen.
Kurfurstens förmåga att nå sina mål berodde inte bara på den lätthet med vilken han bytte sida, utan också på att han lyckades tvinga provinsernas ständer att stödja den stående armén oberoende av skatteliknande anslag från riksdagarna. Under andra halvan av sin regeringstid avlägsnade han helt och hållet kontrollen över beskattning och finanser från ständerna och lade därmed grunden för den senare preussiska absolutismens mäktiga byråkrati, med dess stående armé, fasta skatter och ett ämbetsmannavälde som enbart var beroende av suveränen.