Grundaren Alain Coumont öppnade Le Pain Quotidien den 26 oktober 1990 på 16 rue Dansaert i Bryssel. Som ung kock var Coumont missnöjd med brödkvaliteten i Bryssel, så han började göra sitt eget bröd genom att blanda mjöl, vatten och salt till de välbekanta bröd som han kände från sin barndom. Han möblerade butiken med skåp från antikvariat och ett stort bord av trä från golven på gamla belgiska tåg som han köpte på en lokal loppmarknad: det första av Le Pain Quotidiens gemensamma bord.
Det första kontoret i USA öppnade på Madison Avenue i New York 1997.
2005 fick grundaren 50 e-postmeddelanden per dag från personer som ville köpa en franchisetagare.
Under 2011 hade företaget en PR-incident när en kund i New York City hittade en mus i sin sallad.
Under 2016 blev Doug Satzman vd för den amerikanska verksamheten och Vincent Herbert blev global vd.
I mars 2018 avgick Vincent Herbert.
I december 2019 ökade Cobepa, som är majoritetsägt av Spoelberch, sin andel i företaget från 32 procent till 43 procent och Norac sålde sin andel på 25 procent.
I maj 2020 ansökte moderbolaget om insolvens i Belgien och den amerikanska divisionen ansökte om konkurs. Samma månad undertecknade moderbolaget ett avtal med det New York-baserade Aurify Brands som kommer att tillhandahålla en överbryggningsfinansiering på 522 000 dollar för att fortsätta verksamheten och för att slutföra förvärvet av alla amerikanska enheter för 3 miljoner dollar. Aurify Brands planerade att återuppta minst 35 enheter och skapa 1 000 arbetstillfällen.