Magic Duels: Origins ramar in kärnspelet kring ett berättelseläge för en spelare och ett stridsläge online. I berättelseläget går spelaren igenom fem olika Planeswalkers ursprungshistoria: Chandra Nalaar, Jace Beleren, Gideon Jura, Nissa Revane och Liliana Vess. Varje Planeswalker har fem eller fler dueller med datorstyrda motståndare. Spelaren använder en kortlek baserad på den utvalda Planeswalker, och när de avslutar varje duell förbättrar de kortleken genom att lägga till nya kort i förväg. Dessa däck, med de förbättringar de har låst upp, är också tillgängliga för spelaren i stridsläget.
I stridsläget kan spelaren använda färdiga däck eller konstruera däck från sin kortsamling och spela mot antingen datormotståndare eller onlinemotståndare; matchtyperna inkluderar en-mot-en-matcher där spelarna följs på topplistor och Two-headed Giant (två-vs-två). Datormotståndarna i dessa lägen kan väljas bland tre svårighetsgrader, där högre svårigheter ger mer belöningar för spelaren. Datormotståndarnas däck kommer att genereras procedurellt, vilket i praktiken slumpartade den typ av däck som spelaren kommer att möta. Genom att spela i båda lägena kan spelarna tjäna pengar i spelet som de kan använda för att köpa nya boosters eller specifika kort för att utöka sitt kortbibliotek. Det finns också olika dagliga mål som spelarna kan uppnå för pengar i spelet, och alla spelare belönas för att de hjälper till att uppnå olika gemenskapsmål. Spelare kan också köpa in-game pengar med mikrotransaktioner, men det krävs inte för att få tillgång till alla kort och funktioner.