Milligan College ligger i Carter County i östra Tennessee. Dess ursprung går tillbaka till ett Buffalo Male and Female Institute (1866) som chartrades av en liten kristen (Disciples of Christ) församling. År 1882 uppgraderade Josephus Hopwood det till ett college uppkallat efter en vördad professor vid Kentucky University. Hopwood, som var den dominerande personligheten i collegets tidiga historia, tjänstgjorde som rektor fram till 1903 och myntade dess bestående motto ”Christian Education-the Hope of the World” (kristen utbildning – världens hopp). Den nya presidenten, Henry J. Derthick, en älskad ”herde till kullarna”, färdigställde de fyra huvudbyggnaderna som överlevde andra världskriget, då högskolan omvandlade alla sina anläggningar till ett V-12-program för flottan och skapade en konkurrenskraftig liberal arts college för att betjäna ungdomar från de närliggande bergen. En tillfällig efterkrigsboom ledde alltför snabbt till en nära nog katastrofal utveckling. En skandal på presidentens kontor, stora uppsägningar av lärare, ett alltför kostsamt sportprogram och en kraftig minskning av antalet studenter (till under 300) ledde till nära konkurs och en förlust av regional ackreditering.
Den moderna eran började under de mörka dagarna 1950. Dean E. Walker kom från Butler University som ny president. Han anpassade Milligan till en konservativ och oberoende fraktion (Christian Churches och Churches of Christ) inom Discipelrörelsen. Detta bidrog till att få ökat ekonomiskt stöd från sympatiska individer och församlingar. Den mindre regionala och växande studentkåren (866 under 1995-96) representerade i allt högre grad denna gemenskap. Milligan, med växande ekonomisk stabilitet och ett kraftigt utvidgat campus, återfick 1960 sin regionala ackreditering.
Under läsåret 2000-2001 var över 900 studenter inskrivna vid Milligan. Högskolan erbjöd tjugonio huvudämnen. Donald R. Jeanes, en av collegets alumner, blev institutionens fjortonde president 1997.