Den 1 oktober 1960 blev Nigeria självständigt från Storbritannien. Ett allnigerianskt verkställande råd leddes av en premiärminister, Alhaji Sir Abubakar Tafawa Balewa. Den 16 november 1960 blev Nnamdi Azikiwe den första generalguvernören i en federation med tre regioner i norr, öster och väster, med Lagos som federal huvudstad. Var och en av regionerna leddes av en premiärminister med en guvernör som ceremoniell ledare. Den 1 oktober 1963 blev Nigeria en federal republik och bröt de band som fanns kvar med den brittiska monarkin, men förblev medlem i Commonwealth of Nations. Genom en ändring av 1960 års självständighetsförfattning ersattes generalguvernörens ämbete med presidentens. Nnamdi Azikwe svors in i det ämbetet den 1 oktober 1963. Vid den tiden var ämbetet främst ceremoniellt, och presidentens huvudsakliga uppgifter låg på sådana saker som att ta emot utländska dignitärer och öppna parlamentet.
I en misslyckad statskupp i januari 1966 störtade en grupp arméofficerare under ledning av major Chukwuma Nzeogwu den centrala och regionala regeringen, dödade premiärministern Abubakar Tafawa Balewa och försökte ta kontroll över regeringen. Nzeogwu blev motarbetad, tillfångatagen och fängslad av general Johnson Aguiyi-Ironsi. General Aguiyi-Ironsi utsågs till militär statschef.
I juli 1966 gjorde en grupp nordliga arméofficerare uppror mot regeringen, dödade general Johnson Aguiyi-Ironsi och utsåg arméns stabschef, general Yakubu Gowon, till chef för den nya militärregeringen.
Året 1975 avsattes general Yakubu Gowon och general Murtala Mohammed var chef för Nigerias federala militärregering tills han mördades 1976. Vid hans död tog stabschefen i Högsta högkvarteret (motsvarande en vicepresident) general Olusegun Obasanjo över som statschef vid ett möte i Högsta militärrådet, varvid den befälsordning som Murtala Muhammed hade upprättat bibehölls. General Obasanjo var ansvarig för att slutföra den demokratiska övergång som påbörjats av hans föregångare och som kulminerade i ett val i augusti 1979.
År 1979 antog Nigeria en federal presidentförfattning. Presidenten blev en verkställande post, med befogenheter som liknar den amerikanska motsvarighetens. Den lagstiftande makten var en tvåkammarnationell nationalförsamling, bestående av en senat och ett representanthus.
I oktober 1979, efter mer än 13 år av militärstyre, återgick Nigeria till ett demokratiskt styre. National Party of Nigeria gick segrande ur presidentvalet och Alhaji Shehu Shagari blev den första demokratiskt valda presidenten.
Den 31 december 1983 störtade militären den andra republiken. Generalmajor Muhammadu Buhari blev ordförande för Högsta militärrådet (SMC), det nya statsöverhuvudet.
I augusti 1985 störtades general Buharis regering fredligt av arméns stabschef, generalmajor Ibrahim Babangida. Babangida blev president och ordförande för Armed Forces Ruling Council.
I augusti 1993 avgick general Babangida och valde en interimsregering som ersatte honom. Ernest Shonekan utsågs till interimspresident. General Sani Abacha tog makten från Shonekan i november 1993 och blev president och ordförande för det provisoriska styrande rådet.
Den 8 juni 1998 avled general Abacha i presidentvillan i Nigerias huvudstad Abuja. Generalmajor Abdulsalami Abubakar blev ny president och ordförande för det provisoriska styrande rådet.
Den 29 maj 1999 avgick generalmajor Abdulsalami Abubakar och den tidigare militära statschefen Olusegun Obasanjo blev civil president. Obasanjo satt två mandatperioder.
I maj 2007 svors Alhaji Umaru Yar’Adua in som president för Förbundsrepubliken Nigeria, Nigerias 13:e statschef. Yar’Adua avled den 5 maj 2010 i presidentvillan i Abuja i Nigeria.
Den 6 maj 2010 svors vicepresident Goodluck Jonathan in som president för Förbundsrepubliken Nigeria och 14:e statsöverhuvud.
Den 29 maj 2015 svors Muhammadu Buhari in som president för Förbundsrepubliken Nigeria och 15:e statsöverhuvud efter att ha vunnit parlamentsvalet.