Det råder ingen tvekan om att Hobson betraktade Russell endast som en tillfällig huvudstad. Den 18 april 1840 skickade han Mathew på en andra resa söderut; generalinspektören fick i uppdrag att utforska hamnarna i Whangarei, Mahurangi och Waitematā, och att ägna särskild uppmärksamhet åt en plats på Waitematās södra strand. Mathew tillbringade två månader med att utforska de olika platserna och förkastade Whangarei och Mahurangi, men förkastade också den plats som Hobson förordade och som senare blev känd som Hobsonville. Med hans ord var den ”helt olämplig som plats för den huvudsakliga bosättningen, och faktiskt illa anpassad för en bosättning överhuvudtaget”. Mathew rekommenderade Panmure Basin för bosättningen, som hade många fördelar, men han medgav att det var svårt att komma fram från hamnen.
När Hobson hade återfått viss hälsa åkte han söderut för att kontrollera Mathews rekommendationer. Den 6 juli besökte han Panmure och avfärdade det omedelbart på grund av den svåra åtkomsten från vattnet. Hobson medgav också att hans favoritplats var opraktiskt. Efter att ha tittat på en solnedgång och blivit imponerade av en ”vacker aspekt av stranden längre ner i hamnen i den sena eftermiddagens gyllene sken”, gick de i land där följande dag. De var överens om att platsen var mycket lovande för en framtida huvudstad; man tror att de landsteg vid Shelly Beach i Ponsonby. I slutet av månaden fattades beslutet att huvudstaden skulle flyttas till Waitematā.
Den 13 september 1840 lämnade en bark Russell för Waitematā. Ombord fanns sju regeringstjänstemän, några kabinpassagerare och ett flertal steeragepassagerare. Gruppen, under ledning av Symonds, skulle slutföra valet av framtida huvudstad, köpa marken av maorierna, uppföra förråd och inkvarteringsbyggnader samt hitta en plats för regeringens hus. Den 18 september hade marken (cirka 3 000 acres eller 1 200 hektar) valts ut och ett avtal undertecknats med Āpihai Te Kawau och andra som representerade Ngāti Whātua iwi. En flaggstång restes på Point Britomart, och Hennes Majestäts hälsa ”dricktes med stor förtjusning med långa och högljudda jubelrop”. Sarah Mathews, hustru till generalinspektören, antecknade i sin dagbok att namnet ”Auckland” var inristat i flaggstången, tillsammans med datumet för landköpet. Detta kan betraktas som den inofficiella namngivningen av staden, eftersom namnet först skrevs ner av Hobson den 10 november samma år. George Eden, 1st Earl of Auckland var First Lord of the Admiralty. År 1834 hade han gett William Hobson i uppdrag att segla till Ostindien på Rattlesnake, vilket avslutade en sexårig period utan befäl och med halv lön. Namnet gavs i tacksamhet, men det mötte säkert allmänt gillande, eftersom lord Auckland var på höjden av sin berömmelse 1840 efter att ha utsetts till vicekung av Indien 1835. Drottning Victorias godkännande av Auckland som namn för bosättningen publicerades i New Zealand Gazette den 26 november 1842.
Arbetet gick bra framåt i Auckland. Hobson besökte Auckland första gången den 17 oktober 1840 för att kontrollera framstegen och bestämma platsen för Government House. Han återvände till Bay of Islands efter att ha bestämt sig för att bosätta sig i Auckland året därpå. Government House var en byggsats som byggdes i England och skickades till Nya Zeeland och vägde 250 ton (250 långa ton; 280 korta ton). Det hade 16 rum, var 37 meter långt, 15 meter brett och 7,3 meter högt. Den placerades i hörnet av Hobson och Cook Streets. Tjänstemännen och alla regeringens papper flyttades från Bay of Islands till Auckland i januari 1841. Hobson flyttade in i sin nya bostad den 14 mars 1841, och i och med att han flyttade in hade huvudstaden flyttats från Bay of Islands till Auckland.
Den första högsta domstolen i Nya Zeeland byggdes 1842 i hörnet av Queen Street och Victoria Street West. Domstolen leddes av domare Martin.
Den 23 juni 1848 brann regeringsbyggnaden ner under Sir George Greys mandatperiod som guvernör. Ingen kom till skada men byggnaden var en total förlust. En vicekunglig bostad hyrdes sedan i många år (känd som Scoria House och belägen på Karangahape Road) innan det nya Government House byggdes 1856. Byggandet av denna byggnad var en del av Aucklands kampanj för att behålla regeringssätet, eftersom diskussionen om att huvudstaden skulle flyttas längre söderut redan hade börjat. Byggnaden blev formellt en del av University of Auckland 1969, är nu känd som Old Government House och registrerades 1983 av New Zealand Historic Places Trust som en kategori I-arvstruktur.
Den ursprungliga regeringsformen var ett exekutivt råd som bestod av offentliganställda tjänstemän som utsågs av och var ansvariga inför guvernören. Detta ändrades när New Zealand Constitution Act 1852, en lag från Förenade kungarikets parlament som gav kolonin Nya Zeeland självstyre, mottogs. Den möjliggjorde en tvåkammarriksdag (eller parlament) bestående av guvernören, ett utnämnt lagstiftande råd och ett valt representanthus, med ett verkställande råd som nominellt utses av guvernören. Det gav också möjlighet till provinsregeringar, och sex provinser inrättades till en början. Det första allmänna valet hölls 1853 och parlamentet samlades i Auckland för sin första session, som inleddes den 27 maj 1854. Den 3 juni diskuterades frågan om parlamentets säte för första gången, och Edward Gibbon Wakefield hävdade att regeringssätet måste flyttas till Wellington. Resorna till och från parlamentet var mödosamma, och ledamöterna från den sydligaste delen av landet hade tagit två månader på sig för att ta sig till Auckland. En mer central placering var önskvärd, vilket ledamöterna från Aucklands valkretsar inte stödde. Vad som inte heller hjälpte var att generalförsamlingens hus hade uppförts i all hast och inte var mer än ett skal, och ledamöterna kallade det för ”Shedifice”. Vinden blåste genom byggnaden, den läckte i regnet och grundläggande bekvämligheter som toaletter saknades. Byggd i det som då var i utkanten av staden var det en byggnad utan bekvämligheter.
Argumenten om var parlamentet skulle sammanträda pågick i ett decennium. James FitzGerald, som under en kort tid hade lett landets första ministerium, föreslog att nästa session ”skulle hållas på en mer central plats i kolonin”. Han hade underlåtit att rådgöra med andra i förväg, och många av de sydliga ledamöterna var frånvarande när rösterna avgavs, och förslaget förkastades med 13 mot 11 röster. År 1856 ändrades en resolution om att nästa session skulle hållas i Auckland genom att ersätta frasen ”ett mer centralt läge” som plats, men frågan lämnades till guvernören att avgöra. Bara några månader senare förkastades knappt ett förslag om att nästa session skulle hållas i Nelson. Guvernören, Thomas Gore Browne, föreslog att det kunde vara fördelaktigt att ha alternerande möten i Wellington och Auckland. Efter många diskussioner beslutades det att den andra sessionen av det tredje parlamentet skulle hållas i Wellington, och parlamentet sammanträdde från juli till september 1862 i byggnaden för Wellington Provincial Council. Ett förslag om att göra flytten till Wellington permanent förlorades med en enda röst. Wellingtons provinsrådsbyggnader byggdes 1858 och var överdådiga i sin stil; den starka kontrasten till ”Shedifice” i Auckland var en del av Wellingtons kampanj för att locka parlamentsledamöterna att flytta huvudstaden till deras stad.
När huvudstaden hade flyttats till Wellington överfördes parlamentsbyggnaden så småningom till University of Auckland och revs 1919. Government House förblev en av platserna för guvernören, som än i dag alternerar mellan Wellington och Auckland. Old Government House förblev i denna användning fram till 1969, då Sir Frank och Lady Mappin donerade det nuvarande Government House (Birchlands) som ligger i Mount Eden. Old Government House har sedan dess använts av University of Auckland.