Har antikroppsbindningsställen allmänna egenskaper som gör det möjligt för dem att binda olika antigener med olika affinitet och att binda nya antigener? Här tar vi upp denna fråga genom att undersöka vilka fysiska och kemiska egenskaper som är mest gynnsamma för de rester som är involverade i antigenackommodation och -bindning. Amphipatiska aminosyror kan lätt tolerera den förändring av miljön från hydrofil till hydrofob som sker vid bildandet av antikropp-antigenkomplex. Rester som är stora och kan delta i en mängd olika van der Waals- och elektrostatiska interaktioner skulle möjliggöra bindning till en rad olika antigener. Aminosyror med flexibla sidokedjor skulle kunna skapa en strukturellt plastisk region, dvs. en bindningsplats som har förmågan att forma sig runt antigenet för att förbättra komplementariteten hos de interagerande ytorna. Antikroppar skulle därför kunna binda till en rad nya antigener med hjälp av en begränsad uppsättning rester som varvas med mer unika rester som kan tillskrivas större bindningsspecificitet. En enskild antikroppsmolekyl kan således vara korsreaktiv och ha förmågan att binda strukturellt likartade ligander. Att anpassa variationer i den antigena strukturen genom en blygsam flexibilitet i kombinationsställena skulle kunna ge ett viktigt bidrag till immunförsvaret genom att möjliggöra antikroppsbindning till olika men nära besläktade patogener. Tyr och Trp uppfyller lättast dessa katolska fysikalisk-kemiska krav och skulle därför på teoretiska grunder förväntas vara vanliga i kombinationsställen. Experimentellt stöd för detta kommer från tre källor: 1) den höga frekvensen av dessa aminosyrors deltagande i antigenbindningen i sex kristallografiskt bestämda antikropps-antigenkomplex, 2) deras frekventa förekomst i antikropparnas förmodade bindningsregioner enligt struktur- och sekvensdata och 3) potentialen för att deras sidokedjor rör sig i kända antikroppsbindningsställen och modellsystem. De sex bundna antigenerna består av två små olika haptener, icke överlappande regioner av samma stora protein och en peptid med 19 aminosyrarester. Av totalt 85 komplementaritetsbestämmande regionpositioner är endast 37 platser (plus 3 ramar) direkt involverade i antigeninteraktion. Av dessa används den lätta kedjans rest 91 av alla undersökta komplex, medan den lätta kedjan 32, den lätta kedjan 96 och den tunga kedjan 33 används av fem av de sex. Bindningsställena i kända antikropps-antigenkomplex och de postulerade kombinationsställena i fria Fab-fragment uppvisar liknande egenskaper när det gäller vilka typer av aminosyror som förekommer. Den möjliga betydelsen av andra aminosyror bedöms också.(ABSTRACT TRUNCATED AT 400 WORDS)