Ein Teil des heutigen Bundesstaates Mississippi gehörte zur Republik Westflorida, die 1810 von amerikanischen Siedlern in Opposition zur spanischen Herrschaft ausgerufen wurde. Ihre Flagge hatte einen blauen Hintergrund mit einem einzelnen weißen Stern in der Mitte. (Ein ähnliches Design wurde in den 1830er Jahren von den amerikanischen Unabhängigkeitsbefürwortern in Texas verwendet). Sie wurde am 9. Januar 1861 gehisst, als Mississippi seine Sezessionsverordnung verabschiedete, bevor es den Konföderierten Staaten von Amerika beitrat. Die blau-weiße Flagge wurde im gesamten Süden als „Bonnie Blue Flag“ bekannt. Am 26. Januar desselben Jahres führte Mississippi die Magnolienflagge ein, die den einheimischen Baum auf einem weißen Feld zeigte; der Kanton war blau mit einem weißen Stern in der Mitte, womit das Bonnie Blue-Muster übernommen wurde. Die Magnolienflagge scheint nach dem Ende des Bürgerkriegs nicht mehr verwendet worden zu sein; die Magnolie wurde jedoch 1938 zum offiziellen Staatsbaum ernannt.
Eine neue Staatsverfassung wurde 1890 verabschiedet; sie war das Ergebnis einer weißen Mehrheit, die den Einfluss der lokalen Schwarzen und der Bundesregierung auf die Staatsangelegenheiten minimieren wollte. Als Symbol der Machtverschiebung nahm der Staat am 7. Februar 1894 eine neue Flagge an, die wahrscheinlich von US-Senator E.N. Scudder entworfen worden war. Die drei horizontalen Streifen erinnerten an die Stars and Bars der Konföderation, während die Schlachtfahne der Konföderation ihren Kanton bildete. Die Trennung des Kantons von den blauen und roten Streifen durch eine weiße Fimbrierung (schmale Umrandung) wurde 1996 durch einen Erlass des Gouverneurs bestätigt.
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Viele Mississippianer lehnten das Design von 1894 ab und behaupteten, es erinnere an die schwarze Sklaverei und rassistische Traditionen; viele Befürworter der Flagge argumentierten jedoch, sie repräsentiere den Stolz des Staates und das Erbe der Südstaaten. Bei der Prüfung einer diesbezüglichen Anfechtung im Jahr 2000 stellte der Oberste Gerichtshof des Bundesstaates fest, dass die Flagge versehentlich bei einer Überarbeitung der Statuten des Bundesstaates im Jahr 1906 ausgelassen worden war; daher war die Flagge zu diesem Zeitpunkt nicht mehr legal. Am 6. Mai 2000 genehmigte der Gouverneur die Verwendung der Flagge als Interimsflagge, und in einer landesweiten Volksabstimmung am 17. April 2001 wurde die bestehende Flagge gegenüber einem alternativen Entwurf, bei dem die Flagge der Konföderierten weggelassen worden wäre, bevorzugt.
Im Jahr 2020 führten landesweite Proteste gegen die Polizeibrutalität gegenüber schwarzen Amerikanern zu einer breiteren Untersuchung der Rassenungerechtigkeit in den Vereinigten Staaten, und es gab erneut Kritik an der Präsenz der Flagge der Konföderierten im Flaggendesign des Staates. Am 28. Juni verabschiedete die Legislative von Mississippi einen Gesetzesentwurf, mit dem die derzeitige Version der Flagge außer Dienst gestellt und der Entwurf einer neuen Flagge in Auftrag gegeben wurde. Das Gesetz wurde am 30. Juni vom Gouverneur des Staates unterzeichnet. Das Gesetz sah vor, dass die neue Flagge die Worte „In God We Trust“ (In Gott vertrauen wir) enthalten sollte und verbot die Verwendung der Flagge der Konföderierten. Das neue Design, für das man sich schließlich entschied, enthielt eine Magnolienblüte in der Mitte, umgeben von 20 weißen Sternen, einem goldenen Stern und dem Motto „In God We Trust“ auf einem Feld mit ungleichen vertikalen Streifen in Rot, Gold und Blau. Sie wurde von den Wählern in Mississippi per Referendum am 3. November angenommen. Ein Gesetzentwurf zur offiziellen Annahme des genehmigten Flaggendesigns wurde am 5. Januar 2021 vom Repräsentantenhaus des Staates und am 6. Januar vom Senat des Staates ratifiziert und am 11. Januar vom Gouverneur unterzeichnet.
Die Magnolie in der Mitte der Flagge, seit langem ein Symbol für Mississippi, steht auch für Gastfreundschaft, Hoffnung und Wiedergeburt. Der Kreis aus 20 weißen Sternen spiegelt den Rang Mississippis als 20. Staat wider, der in die Vereinigten Staaten von Amerika aufgenommen wurde; der goldene Stern steht für die amerikanischen Ureinwohner, die das Land, aus dem der Staat Mississippi wurde, ursprünglich bewohnten. Das Blau des mittleren vertikalen Streifens erinnert an das Blau der US-Flagge und steht für Wachsamkeit, Gerechtigkeit und Beharrlichkeit. Rot, das in den beiden äußeren Streifen verwendet wird, steht für Härte und Tapferkeit. Das Gold, das in zwei schmalen Streifen und den Staubgefäßen der Magnolie verwendet wird, ist eine Anspielung auf das kulturelle Erbe von Mississippi.