Száz évvel ezelőtt Godey, az építész, aki Alamos Townban egy hatalmas hangszerkészletet, a Tér-idő tornyokat tervezte, rémálmot látott, amit leírt a naplójába, amit később dédunokája, a tudós Tonio fedez fel. A rémálom megjósolta, hogy két olyan entitás, amelynek soha nem lett volna szabad találkoznia, keresztezni fogja egymás útját a tér-idő hasadékban. A találkozásból származó haragjuk elborítja a várost, és összeomlását okozza. Egy Godey által tervezett kertben Darkrai, a mindenki más által gyűlölt rémálmot okozó Pokémon megnyitotta a szívét egy Alicia nevű lány előtt, aki meghívta Darkrait, hogy maradjon a kertben. Godey rájött, hogy a rémálom azt mondta neki, hogy készítsen egy zenei lemezt az “Orácion”-nak, egy olyan dalnak, amelynek ereje a legvadabb dühöt is képes csillapítani, a jövőbeni használatra. Évekkel később Darkrai megmentette Alicia unokájának, Alice-nek az életét, miután megbotlott és lezuhant egy szikláról.
A jelenben Godey jóslata valóra válik, amikor a Pokémon Palkia, aki képes uralni a teret, és Dialga, aki az idő felett uralkodik, zavart okoz a levegőben Alamos Town körül, amikor a dimenziók közötti térben verekednek. Ezzel egy időben Ash Ketchum, Brock és Dawn is megérkezik a városba, hogy Dawn következő Pokémonversenyét a Tér-idő tornyok belsejében rendezzék meg. Palkia és Dialga összecsapása zavart okoz a térben, ami kárt tesz a kertben. Alberto báró úgy véli, hogy ez Darkrai műve. Miközben Alberto Lickilickyvel harcol, Darkrai elaltatja Ash-t, és egy rémálmot idéz elő, amelyben Palkia megtámadja Ash-t. Darkrai ezután megjelenik, mielőtt eltűnik egy lyukban, amelybe Ash és a Pikachuja beszippantja.
A következő napon Palkia, aki megsérült és megpróbál elrejtőzni Dialga elől, felbukkan Alamos Townban. A várost egy másik dimenzióba helyezi át, ahonnan nincs mód a menekülésre. Darkrai újra megjelenik a város főterén, és azt mondja valakinek, hogy menjen el. Alberto, Ash, Dawn és más Pokémon-edzőkkel együtt harcba száll vele. Darkrai feldühödve sok Pokémont rémálmok csapdájába ejt a főtéren. Később aznap este Tonio megtalálja Palkiát, aki a tornyok között pihen. Darkrai megpróbálja megtámadni a pihenő Palkiát. Ash ekkor rájön, hogy Palkia volt az, akinek Darkrai azt mondta, hogy menjen el, és Darkrai rémálma figyelmeztette Ash-t Palkiára.
Amikor Palkia épp Darkrait akarja eltalálni az egyik támadásával, megérkezik Dialga, tüzet nyit rájuk, és azonnal belerohan Palkiába. Ahogy Palkia és Dialga összeverekednek, az egész város lassan elkezd összeomlani. Miután Alice megtalálja az “Oración” zenei lemezt, Ash és Dawn felmásznak a Space-Time Towers égihídján lévő zenei lemezjátszóhoz, míg Brock segít evakuálni a városlakókat. Tonio elárulja, hogy ha Palkia és Dialga még egyszer összeütközik, a dimenzió, amelyben vannak, elpusztul. Amikor Palkia és Dialga levezeti a támadásait, Darkrai keresztezi a támadások vonalát, és egy gömböt képez maga körül, hogy blokkolja a támadásokat, elnyelve és mozgásképtelenné téve Palkiát és Dialgát.
A szabadulás után Palkia és Dialga egyaránt megtámadja Darkrait, aminek következtében az felbomlik. Ash és Dawn rájönnek, hogy a Tér-idő tornyok már nincsenek feltöltve, ezért Pikachu Dawn Pachirisujával együtt elektromos erejüket használják, hogy feltöltsék a tornyokat, miközben az “Orácion” lemezt játsszák. A dal sikeresen megnyugtatja Palkiát és Dialgát. Dialga elrepül, Palkia sebe pedig begyógyul. Ash és Dawn sikeresen könyörögnek Palkiának, hogy állítsa vissza a város elveszett részeit, így Alamos Town újra olyan lesz, amilyen eredetileg volt, a városlakók és a Pokémonok pedig örömmel térnek haza. Később a csoport Darkrai elvesztését gyászolja, Alice pedig megköszöni neki az erőfeszítéseit. Ezután megtalálják Darkrait az Űrtorony tetején állva.
A végi kreditpontos montázsban Dawn nem nyer szalagot a Pokémon-versenyen.