異次元ネガティブ・ゾーンでの長期滞在を経て地球に到着したクリー族のヒーロー、キャプテン・マーベルは、アベンジャーズのメンバー、クイックシルバー、スカーレット・ウィッチ、アンドロイドのヒーロー、ヴィジョンに捕まるが、マーヴェル（主人公の本当のクリー族の名）の仲間リック・ジョーンズと、マーヴェル自身が助けてくれる。 この間、スクルールの王女アネルとの間に子供をもうけたことが後に明かされる。 ネガティヴゾーンに何週間も滞在していたため、不注意で致死量の放射線を吸収してしまい、治療しなければ命にかかわるからである。
フラッシュバックでは、アベンジャーズがファンタスティック・フォーの本部であるバクスター・ビルからのアラームを検知していることが説明されます。
フラッシュバックでは、アベンジャーズがファンタスティック・フォーの本部であるバクスター・ビルからの警報を感知し、リード・リチャーズが作ったネガティブ・ゾーンへのポータルを使って、「分子の共有」（同じ空間、地球上とネガティブ・ゾーンに閉じ込められたものを交互に交換する）の必要性からリック・ジョーンズを解放しようとするマーベルがビルにやって来るところを見つけます。 ゾーンへのポータルが開いている間、アベンジャーズはゾーンを脱出しようとする実体アニヒルスを追い返すことを余儀なくされるが、Mar-Vellは、成功している。 Mar-Vellは、アベンジャーズのクインジェットを盗むために気晴らしを利用し、アベンジャーズはクリー族のヒーローが致死量の放射線を吸収したことを認識すると追跡される。 フラッシュバックが終わり、一行はロボットのセントリーに襲われ、マー-ヴェルを捕らえて逃げる。
アベンジャーズは仲間のゴリアスからの電話に応答し、ワスプとして知られるアベンジャーのジャネット・ピムからの救難信号に応答していると忠告する。 夫で仲間のヘンリー・ピムとともに、石油開発が環境に与える影響を調査するため、北極圏の調査基地へ船で向かっていたのです。 二人は緑豊かな島を発見し、ワスプとイエロージャケットとして調査することになったらしい。 真相を察したYJは、島に着く前にWaspを押し退ける。
アベンジャーズが到着すると、今度は催眠術をかけられたゴリアテに助けられたセントリーによって再び攻撃される。
アベンジャーズが到着すると、今度は催眠術をかけられたゴリアテの助けを借りて、再びセントリーの攻撃を受ける。アベンジャーズはゴリアテを倒すが、クイックシルバー以外の全員を捕らえるセントリーは止められない。 犯人は告発者ローナンで、現在はクリー族の無法者であることが明らかになる。 ローナンは “プラン・アタバス “を開始し、地球を先史時代に変貌させ、スクラルとの戦争で基地として利用しようとする。 ローナンは、基地の研究科学者とヘンリー-ピムが今ジャネット-ピムに欲情し、原始人に進化した方法をヒーローに示しています。 クイックシルバーが到着し、攻撃し、ローナンは連絡し、ハラのクリー族の故郷にSkrullsによって差し迫った攻撃を助言したときに戦闘を終了します。 目的を失ったセントリー号は自爆する。
科学者たちが目撃したことを当局に報告したことで、マー・ヴェルの存在が明らかになり、上院議員H・ウォーレン・クラドック率いる「エイリアン活動委員会」が設立される。 アベンジャーズは公聴会に参加することに同意するが、マー・ヴェルの引き渡しを拒否したため、公聴会は中止となる。 アベンジャーズはマー・ベルにダンヴァースと一緒に個人農場に行くよう勧め、シールドのニック・フューリーに追われながらも脱出する。
アベンジャーズのキャプテン・アメリカ、アイアンマン、ソーはマンションに戻り、チームの振る舞いを理由に永久に解散することを発表する。 Quicksilver、Scarlet Witch、Visionは、Mar-Vellの様子を見に行くことにしましたが、その間に、最初は3頭の牛に見えたものに襲われてしまいます。 牛はエネルギービームを発射し、無形になることができる一方で、動くことができないヴィジョンを麻痺させる。 クイックシルバーとスカーレット・ウィッチは、牛がファンタスティック・フォーの3人のメンバーに変身し、その後、彼らが実際にスクラル、クリーの古代の敵であることを明らかにしたときに捕獲される。 その頃、ダンバースはマー・ヴェルを彼女が見つけたというスクルールの船に案内し、非クリー人の手にかかれば凶器となる通信装置「オムニウェーブ・プロジェクター」を作るようマー・ヴェルに説得する。
負傷しながらも、ヴィジョンはキャプテン・アメリカ、アイアンマン、ソー、ヘンリー・ピム（現在はアントマン）のいるアベンジャーズ・マンションに戻ることができました。 アントマンは自分をミクロのサイズに縮小してヴィジョンに入り、アンドロイドを修理することができる。 アントマンが去り、回復したヴィジョンに質問すると、アベンジャーズはチームを解散させたのはスカルル – 以前は牛に偽装していた – であることを突き止める。 アベンジャーズの4人はスクルルを見つけて捕らえ、尋問する。そして、このエイリアンが、かつて地球を訪れ、ファンタスティック・フォーと戦ったオリジナルの探検チームのメンバー4人のうちの3人であることを突き止めるのである。 そして、アベンジャーズはクラドック上院議員が送り込んだ3体のマンドロイドからなるチームに襲われ、協力しなかったヒーローたちを逮捕される。
その頃、インヒューマンズのトリトンが到着し、ファンタスティック・フォーの居場所を突き止められずにいたアベンジャーズは、彼らの支配者ブラックボルトの居場所を突き止めるため、弟マキシマス・ザ・マッドが彼らの故郷アッティランで権力を握っているので助けて欲しいと頼む。 アベンジャーズはトリトンを助け、ブラックボルトの居場所を突き止めた後、インヒューマンズをアッティランに同行させる。 マキシマスはクリー族と同盟を結び、統治権を得る代わりにクリー族の技術を使って住民をコントロールし、彼らを兵士としてスクラル族に対抗するつもりであることが明らかにされる。
マー・ヴェルはスクラル帝国の中心部に連れて行かれ、捕らわれたアベンジャーズが処刑されることを知らされ、オムニウェーブプロジェクターを再び作るよう強要されます。 アベンジャーズはスカル宇宙域に到着し、エイリアンの艦隊を食い止めるが、マー・ヴェルはプロジェクターを使うことを余儀なくされ、一時的に解放されたリック・ジョーンズをネガティブ・ゾーンに追いやってしまう。 ジョーンズはクリー族の支配者である最高知性体によってゾーンから救出され、リック・ジョーンズ自身の隠された精神力（デスティニー・フォース）を解き放ち、リックはアベンジャーズと共に黄金時代のヒーローの波をスクラルに送り、戦争を終わらせた。 デスティニー・フォースによって、地球にいるクラドック上院議員も本来のスカルルの姿に戻り、彼が地球遠征から4番目のスカルであることが判明し、その後、彼は怒った暴徒によって殺害されてしまう。
秘密結社イルミナティが、クリー帝国とスカルル帝国を訪れ、地球を戦争に巻き込むことは許されないと忠告したことが明らかになります。