A Kree hős Marvel Kapitányt, aki a Negatív Zóna alternatív dimenzióban való hosszabb tartózkodás után érkezik a Földre, a Bosszúállók szuperhőscsapat több tagja – Quicksilver, a Skarlát Boszorkány és az android hős, a Látomás – elfogja Mar-Vell (a hős valódi Kree neve) valamikori társa, Rick Jones és maga Mar-Vell segítségével. Később kiderül, hogy ebben az időszakban fogant gyermeket a Skrull hercegnőtől, Annelle-től. Erre azért van szükség, mert Mar-Vell véletlenül halálos mennyiségű sugárzást szívott magába a Negatív Zónában töltött hetek miatt, és ez kezelés nélkül végzetesnek bizonyul. Egy tudós segítségével a Látomás kiszívja Mar-Vellből a felesleges sugárzást.
Egy flashback jelenet elmagyarázza, hogy a Bosszúállók riasztást észlelnek a Baxter épületből, a Fantasztikus Négyek főhadiszállásáról. A Bosszúállók megérkeznek az épülethez, és ott találják Mar-Vellt, aki a Negatív Zónába vezető – Reed Richards által létrehozott – portált használja, hogy megpróbálja kiszabadítani Rick Jonest abból a kényszerből, hogy “molekulákat osszanak” (felváltva ugyanabban a térben, egy a Földön és egy a Negatív Zónában rekedt, amíg nem cserélődnek). Mar-Vell sikerrel jár, bár amíg a Zónába vezető portál nyitva van, a Bosszúállók kénytelenek visszaszorítani az Annihilus nevű entitást, aki megpróbál megszökni a Zónából. Mar-Vell kihasználja a figyelemelterelést, hogy ellopja a Bosszúállók quinjetjét, amelyet követnek, miután a Bosszúállók rájönnek, hogy a Kree hős halálos mennyiségű sugárzást szívott magába. A flashback véget ér, majd a csoportot megtámadja egy robot Sentry, aki elfogja Mar-Vellt és elmenekül. A Bosszúállókat Mar-Vell egykori kollégája, Carol Danvers kérdezi ki.
A Bosszúállók válaszolnak Góliát társuk hívására, aki közli, hogy a Bosszúálló Janet Pym, más néven Darázs segélyhívására válaszol. A páros férjével és tagtársával, Henry Pymmel egy hajóval egy sarkkörön található kutatóbázisra tartott, ahol az olajkitermelés környezetre gyakorolt hatását tanulmányozzák. A páros látszólag talált egy buja szigetet, és Darázs és Sárgamellény néven nyomoztak. Yellowjacket kitalálja az igazságot, és ellöki a Darazsat, mielőtt elérné a szigetet. Amikor eltűnik, a Darázs viszont megidézi Góliátot.
A Bosszúállók megérkeznek, és ismét megtámadja őket az Őrszem, akit most a hipnotizált Góliát segít. A Bosszúállók legyőzik Góliátot, de nem tudják megállítani az Őrszemet, aki Quicksilver kivételével mindenkit elfog. A tettesről kiderül, hogy Ronan a Vádló, aki most egy Kree törvényen kívüli. Ronan belekezd az “Atavus tervbe”, amelynek célja, hogy a Földet egy őskorba vesse vissza, hogy bázisként használhassa a Skrullok elleni háborúban. Ronan megmutatja a hősöknek, hogy a bázis kutatói és Henry Pym hogyan váltak ősemberré, akik most Janet Pym után áhítoznak. Quicksilver megérkezik és megtámadja, Ronan pedig véget vet a csatának, amikor kapcsolatba lépnek vele és tájékoztatják a Skrullok közelgő támadásáról a Kree szülőbolygó, Hala ellen. Cél híján az Őrszem önmegsemmisítést hajt végre. A Bosszúállók és Mar-Vell felépülnek, és rájönnek, hogy Pym és a többi tudós, akárcsak a környezet, visszatért a normális állapotba.
Mar-Vell létezésére akkor derül fény, amikor a tudósok tájékoztatják a hatóságokat a látottakról, és megalakul az “Idegen Tevékenységek Bizottsága”, amelyet H. Warren Craddock szenátor vezet. A Bosszúállók beleegyeznek, hogy részt vesznek egy meghallgatáson, de ez elmarad, amikor a Bosszúállók nem hajlandók átadni Mar-Vellt. A Bosszúállók arra bátorítják Mar-Vellt, hogy menjen Danversszel egy magánfarmra, és bár Nick Fury a S.H.I.E.L.D.-től üldözi őket, elmenekülnek. A Bosszúállóknak meg kell küzdeniük a csalódott közönség tagjaival, akik a Bosszúállók kúriája ellen tüntetnek, majd erőszakkal behatolnak, hogy megrongálják az épületet.
A Bosszúállók Amerika Kapitány, Vasember és Thor látszólag visszatérnek a kúriába, és bejelentik, hogy a csapat viselkedése miatt a csapat mostantól örökre feloszlik. Quicksilver, a Skarlát Boszorkány és a Látomás úgy döntenek, hogy elmennek és megnézik Mar-Vell-t, de közben megtámadják őket az elsőre három tehénnek tűnő állatok. A tehenek energiasugarakat lőnek ki, amelyek megbénítják a Látomást, aki bár képes megfoghatatlanná válni, nem tud mozogni. Quicksilvert és a Skarlát Boszorkányt elfogják, amikor a tehenek a Fantasztikus Négyes három tagjává változnak, majd kiderül, hogy valójában Skrullok, a Kree ősi ellenségei. Ezzel egy időben Danvers elvezeti Mar-Vellt egy Skrull hajóhoz, amelyet állítólag talált, és meggyőzi Mar-Vellt, hogy építsen egy “Omni-Wave Projectort”, egy kommunikációs eszközt, amely a nem-Kree kezében halálos fegyver. Mar-Vell azonban átlát a megtévesztésen (mivel egyetlen ember, csak a Skrullok ismerik az igazi nevét), és megsemmisíti az eszközt, de Danvers (akiről most kiderül, hogy valójában a Szuper-Skrull) elfogja, és Quicksilverrel és Skarlát Boszorkánnyal együtt elviszi a Földről.
A Látomás, bár megsérült, képes visszatérni a Bosszúállók Palotájába, ahol az alapító tagok, Amerika Kapitány, Vasember, Thor és Henry Pym (immár eredeti személyében, Hangyaemberként) összegyűltek. Ant-Man mikroszkopikus méretűre kicsinyíti magát, és belép a Visionbe, és képes megjavítani az androidot. Ant-Man távozik, és a felépülő Vision kihallgatásakor a Bosszúállók megállapítják, hogy a Skrullok – korábban tehénnek álcázva – oszlatták fel a csapatot. A négy Bosszúálló megtalálja és elfogja a Skrullokat kihallgatásra, és megállapítják, hogy az idegenek valójában az eredeti felfedezőcsapat négy tagja közül három, akik egykor a Földön jártak és a Fantasztikus Négyes ellen harcoltak. A Bosszúállókat ezután megtámadja egy három mandroidból álló csapat, akiket Craddock szenátor küldött, hogy letartóztassák a hősöket, mert nem működtek együtt. Vasember (titokban Tony Stark) tervezte a Mandroidokat, és elektromos kisüléssel túlterheli a páncéljukat.
Ezzel egy időben megérkezik Triton az Inhumánok közül, és mivel nem találja a Fantasztikus Négyest, a Bosszúállók segítségét kéri, hogy megtalálják uralkodójukat, Fekete Villámot, akire azért van szükség, mert testvére, az Őrült Maximus átvette a hatalmat a hazájukban, Attilanban. A Bosszúállók segítenek Tritonnak, és miután megtalálták Fekete Villámot, elkísérik az emberteleneket Attilanba. Maximusról kiderül, hogy szövetségre lépett a Kree-kkel, és az uralomért cserébe a Kree technológiát használja a lakosság irányítására, azzal a szándékkal, hogy katonaként használja őket a Skrullok ellen. A Bosszúállók legyőzik Maximust és csatlósait, és miután visszaállították Fekete Villám hatalmát, elindulnak (Góliáttal együtt) a Skrull-űrbe, hogy megmentsék bajtársaikat.
Mar-Vell-t a Skrull Birodalom szívébe viszik, és miután közlik vele, hogy a fogságban lévő Bosszúállókat kivégzik, arra kényszerítik, hogy építsen egy újabb Omni-Wave Projectort. A Bosszúállók megérkeznek a Skrull-űrbe, és feltartóztatják az idegen flottát, miközben Mar-Vell kénytelen használni a Projektort, ami az ideiglenesen kiszabadult Rick Jonest visszaveti a Negatív Zónába. Jones-t a Kree uralkodó, a Legfelsőbb Intelligencia menti ki a Zónából, aki rejtett mentális erőket (a Végzet Erejét) szabadít fel magában Rick Jones-ban, Rick ezután az Aranykor hőseinek egy hullámát küldi a Bosszúállókkal a Skrullok ellen, véget vetve a háborúnak. A Végzet Ereje a Földön Craddock szenátort is visszaváltoztatja valódi Skrull formájába, kiderül, hogy ő volt a negyedik Skrull a földi expedícióról, és ezt követően a feldühödött csőcselék megöli. A hősök visszatérve a Földre felfedezik, hogy megtalálták az igazi Craddock szenátort, és a Bosszúállók hírneve helyreállt.
A titkos szuperhőscsoportról, az Illuminátusokról végül kiderül, hogy mind a Kree, mind a Skrull Birodalmat meglátogatták, és azt tanácsolták az idegeneknek, hogy nem tűrik a Föld bevonását a háborújukba.