Kree bohater Captain Marvel, przybywający na Ziemię po dłuższym pobycie w alternatywnym wymiarze Negative Zone, zostaje schwytany przez kilku członków superbohaterskiego zespołu Avengers – Quicksilvera, Szkarłatną Wiedźmę i androida Visiona – z pomocą Mar-Vella (prawdziwe imię bohatera Kree), towarzyszącego mu od czasu do czasu Ricka Jonesa, oraz samego Mar-Vella. Później okazuje się, że począł dziecko z księżniczką Skrull Annelle w tym okresie czasu. Jest to konieczne, jak Mar-Vell nieumyślnie wchłonął śmiertelną ilość promieniowania od spędzenia tygodni w Strefie Negatywnej, i okaże się śmiertelne, chyba że traktowane. Z pomocą naukowca, Vision odprowadza nadmiar promieniowania z Mar-Vell.
Sekwencja retrospekcji wyjaśnia, że Avengers wykrywają alarm z Baxter Building, siedziby Fantastycznej Czwórki. Avengers przybywają do budynku i znajdują Mar-Vell używającą portalu do Strefy Negatywnej – stworzonego przez Reeda Richardsa – aby spróbować uwolnić Ricka Jonesa od ich potrzeby „dzielenia się molekułami” (naprzemiennie w tej samej przestrzeni, jeden na Ziemi i jeden uwięziony w Strefie Negatywnej do czasu zamiany). Mar-Vell jest sukces, choć podczas gdy portal do strefy jest otwarty, Avengers są zmuszeni do jazdy z powrotem byt Annihilus, który próbuje uciec strefy. Mar-Vell korzysta z rozproszenia uwagi, aby ukraść Avengers quinjet, który jest śledzony po Avengers sobie sprawę, że bohater Kree wchłonął śmiertelną ilość promieniowania. Flashback kończy się i grupa są następnie zaatakowany przez robota Sentry, który przechwytuje Mar-Vell i ucieka. Avengers są przesłuchiwani przez byłego kolegę Mar-Vella, Carol Danvers.
Avengers odpowiadają na wezwanie od kolegi Goliatha, który radzi, że odpowiada na wezwanie pomocy od Avenger Janet Pym, znanej również jako Osa. Z mężem i kolegą członkiem Henry Pym, para była w drodze statkiem do bazy badawczej w kole podbiegunowym, tam do badania wpływu eksploracji ropy naftowej na środowisko. Para najwyraźniej znaleźć bujną wyspę, i zbadać jako Osa i Yellowjacket. Yellowjacket domyśla się prawdy i popycha Osa daleko przed dotarciem do wyspy. Kiedy znika, Wasp z kolei przywołuje Goliath.
The Avengers przyjechać i są atakowane po raz kolejny przez Sentry, teraz wspomagany przez zahipnotyzowanego Goliath. Avengers pokonać Goliath, ale nie może zatrzymać Sentry, który przechwytuje wszystkie, ale Quicksilver. Winowajcą okazuje się być Ronan the Accuser, teraz banita Kree. Ronan zaczyna „Plan Atavus”, zamierzając zdewaluować Ziemię do prehistorycznego czasu, aby użyć go jako bazy w wojnie przeciwko Skrulls. Ronan pokazuje bohaterom, jak naukowcy badawczy w bazie i Henry Pym zdewoluowały do jaskiniowców, którzy teraz pożądać po Janet Pym. Quicksilver przybywa i atakuje, a Ronan kończy bitwę, gdy skontaktował się i poinformował o zbliżającym się ataku Skrullów na rodzinnej planecie Kree Hala. Brak celu, Sentry ulega autodestrukcji. Avengers i Mar-Vell odzyskują przytomność i stwierdzają, że Pym i inni naukowcy, podobnie jak środowisko, powrócili do normalności.
Istnienie Mar-Vella zostaje ujawnione, gdy naukowcy doradzają władzom, czego byli świadkami, a „Alien Activities Commission” powstaje, kierowana przez senatora H. Warrena Craddocka. Avengers zgadzają się uczestniczyć w przesłuchaniu, ale to jest opuszczony, gdy Avengers odmówić przekazania Mar-Vell. Avengers zachęcić Mar-Vell iść z Danvers do prywatnej farmy, i choć ścigany przez Nicka Fury z S.H.I.E.L.D. uciec. Avengers radzić sobie z sfrustrowanych członków społeczeństwa, którzy pikietują Avengers Mansion, a następnie zmusić ich sposób w dewastacji budynku.
Avengers Captain America, Iron Man i Thor najwyraźniej wrócić do Mansion i ogłosić, że ze względu na zachowanie zespołu, to jest teraz rozwiązany na zawsze. Quicksilver, Scarlet Witch i Vision decydują się odejść i sprawdzić Mar-Vell, ale gdy tam są atakowani przez to, co na początku wydają się być trzy krowy. Krowy strzelać wiązki energii, które paraliżują Vision, który, choć w stanie włączyć niematerialny, nie może się poruszać. Quicksilver i Scarlet Witch są przechwytywane, gdy krowy zamieniają się w trzech członków Fantastycznej Czwórki, a następnie ujawnić, że są w rzeczywistości Skrulls, starożytnych wrogów Kree. W tym samym czasie, Danvers doprowadziła Mar-Vell do statku Skrull ona twierdzi, że znalazł, i przekonuje Mar-Vell zbudować „Omni-Wave Projector”, urządzenie komunikacyjne, które w rękach non-Kree jest śmiertelna broń. Mar-Vell, jednak, widzi przez oszustwo (jak nie ludzi, tylko Skrulls, znać swoje prawdziwe imię) i niszczy urządzenie, ale on jest przechwytywany przez Danvers (teraz ujawnione rzeczywiście być Super-Skrull) i, wraz z Quicksilver i Scarlet Witch, jest zabrany z Ziemi.
Ale ranny, Vision jest w stanie wrócić do Avengers Mansion, gdzie członkowie założyciele Captain America, Iron Man, Thor i Henry Pym (teraz w jego oryginalnej tożsamości Ant-Man) zebrali. Ant-Man redukuje się do mikroskopijnych rozmiarów i wchodzi do Vision, i jest w stanie naprawić androida. Ant-Man odchodzi i na przesłuchaniu odzyskującego Visiona, Avengers ustalają, że to Skrullowie – wcześniej przebrani za krowy – rozwiązali zespół. Czterech Avengers znaleźć i uchwycić Skrulls na przesłuchanie, i ustalić, że cudzoziemcy są w rzeczywistości trzy z czterech członków oryginalnego zespołu badawczego, który kiedyś odwiedził Ziemię i walczył Fantastic Four. Avengers są następnie zaatakowany przez zespół trzech Mandroidów, wysłany przez senatora Craddock zatrzymać bohaterów za brak współpracy. Iron Man (potajemnie Tony Stark) zaprojektował Mandroidy i przeciąża ich zbroję wyładowaniem elektrycznym.
W tym samym czasie przybywa Tryton z Inhumans i nie mogąc zlokalizować Fantastycznej Czwórki, prosi Avengers o pomoc w zlokalizowaniu ich władcy Black Bolta, potrzebnego jako jego brat Maximus Szalony przejął władzę w ich ojczyźnie Attilan. Avengers pomoc Triton i, po zlokalizowaniu Black Bolt, towarzyszyć Inhumans do Attilan. Maximus okazuje się, że wszedł w sojusz z Kree, a w zamian za panowanie wykorzystuje technologię Kree do kontroli ludności, zamierzając wykorzystać je jako żołnierzy przeciwko Skrulls. Avengers pokonać Maximus i jego sługusów, a po przywróceniu Black Bolt do władzy zostawić (z Goliath) do przestrzeni Skrull, zamierzając uratować swoich towarzyszy.
Mar-Vell zostaje podjęta do serca Imperium Skrull i po poinformowaniu, że w niewoli Avengers zostaną wykonane, jest zmuszony do budowy innego Omni-Wave Projector. Avengers przybyć w przestrzeni Skrull, i trzymać się obcej floty podczas Mar-Vell jest zmuszony do korzystania z Projector, który rzuca tymczasowo uwolniony Rick Jones z powrotem do Negative Zone. Jones jest uratowany od strefy przez Kree władcy Supreme Intelligence, który odblokowuje ukryte moce psychiczne (Destiny Force) w Rick Jones siebie, Rick następnie wysyła falę bohaterów Golden Age z Avengers przeciwko Skrulls, kończąc wojnę. Destiny Force również odwraca Senator Craddock na Ziemi do jego prawdziwej postaci Skrull, ujawniając, że był czwarty Skrull z ekspedycji Ziemi, a on jest następnie zabity przez rozgniewany tłum. Bohaterowie wracają na Ziemię, by odkryć, że prawdziwy senator Craddock został odnaleziony, a reputacja Avengers przywrócona.
Tajna grupa superbohaterów Illuminati zostaje ostatecznie ujawniona, że odwiedziła zarówno imperia Kree, jak i Skrullów i doradziła kosmitom, że angażowanie Ziemi w ich wojnę nie będzie tolerowane.