Der Kree-Held Captain Marvel, der nach einem längeren Aufenthalt in der alternativen Dimension der Negativen Zone auf der Erde ankommt, wird von mehreren Mitgliedern des Superheldenteams der Avengers – Quicksilver, der Scarlet Witch und dem Androidenhelden Vision – mit Hilfe von Mar-Vells (dem wahren Kree-Namen des Helden) zeitweiligem Begleiter Rick Jones und Mar-Vell selbst gefangen genommen. Später erfährt man, dass er in dieser Zeit ein Kind mit der Skrull-Prinzessin Annelle gezeugt hat. Dies ist notwendig, da Mar-Vell durch den wochenlangen Aufenthalt in der Negativen Zone versehentlich eine tödliche Menge an Strahlung aufgenommen hat, die sich ohne Behandlung als tödlich erweisen wird. Mit Hilfe eines Wissenschaftlers entzieht Vision Mar-Vell die überschüssige Strahlung.
In einer Rückblende wird erklärt, dass die Avengers einen Alarm aus dem Baxter Building, dem Hauptquartier der Fantastischen Vier, hören. Als die Rächer am Gebäude ankommen, finden sie Mar-Vell vor, der das von Reed Richards geschaffene Portal zur Negativen Zone benutzt, um zu versuchen, Rick Jones von der Notwendigkeit zu befreien, „Moleküle zu teilen“ (abwechselnd im gleichen Raum, einer auf der Erde und einer in der Negativen Zone gefangen, bis er ausgetauscht wird). Mar-Vell ist erfolgreich, doch während das Portal zur Zone offen ist, sind die Avengers gezwungen, das Wesen Annihilus zurückzudrängen, das versucht, aus der Zone zu entkommen. Mar-Vell nutzt die Ablenkung, um einen Quinjet der Avengers zu stehlen, der aufgespürt wird, sobald die Avengers erkennen, dass der Kree-Held eine tödliche Menge an Strahlung absorbiert hat. Die Rückblende endet und die Gruppe wird von einem Roboter-Sentry angegriffen, der Mar-Vell gefangen nimmt und flieht. Die Avengers werden von Mar-Vells ehemaliger Kollegin Carol Danvers befragt.
Die Avengers reagieren auf einen Anruf ihres Kollegen Goliath, der mitteilt, dass er einen Notruf der Rächerin Janet Pym, auch bekannt als Wespe, entgegennimmt. Zusammen mit ihrem Ehemann und Kollegen Henry Pym waren die beiden per Schiff auf dem Weg zu einer Forschungsbasis am Polarkreis, um dort die Auswirkungen der Ölförderung auf die Umwelt zu untersuchen. Die beiden fanden offenbar eine üppig bewachsene Insel und forschten als Wasp und Yellowjacket. Yellowjacket errät die Wahrheit und stößt die Wespe weg, bevor sie die Insel erreicht. Als er verschwindet, ruft die Wespe ihrerseits Goliath herbei.
Die Avengers treffen ein und werden erneut vom Wächter angegriffen, der nun von einem hypnotisierten Goliath unterstützt wird. Die Avengers besiegen Goliath, können aber den Wächter nicht aufhalten, der alle außer Quicksilver gefangen nimmt. Der Schuldige entpuppt sich als Ronan der Ankläger, jetzt ein Kree-Gesetzloser. Ronan beginnt den „Plan Atavus“, der die Erde in eine prähistorische Zeit zurückversetzen soll, um sie als Basis für den Krieg gegen die Skrulls zu nutzen. Ronan zeigt den Helden, wie sich die Forscher auf der Basis und Henry Pym in Höhlenmenschen verwandelt haben, die nun hinter Janet Pym her sind. Quicksilver trifft ein und greift an, und Ronan beendet den Kampf, als er von einem bevorstehenden Angriff der Skrulls auf die Heimatwelt der Kree, Hala, erfährt. Da der Sentry keinen Zweck mehr erfüllt, zerstört er sich selbst. Die Avengers und Mar-Vell erholen sich und stellen fest, dass Pym und die anderen Wissenschaftler, ebenso wie die Umwelt, wieder zur Normalität zurückgekehrt sind.
Mar-Vells Existenz wird aufgedeckt, als die Wissenschaftler den Behörden mitteilen, was sie gesehen haben, und die „Alien Activities Commission“ unter der Leitung von Senator H. Warren Craddock gebildet wird. Die Avengers erklären sich bereit, an einer Anhörung teilzunehmen, doch diese wird abgebrochen, als die Avengers sich weigern, Mar-Vell auszuliefern. Die Avengers ermutigen Mar-Vell, mit Danvers zu einer privaten Farm zu gehen, und obwohl sie von Nick Fury von S.H.I.E.L.D. verfolgt werden, entkommen sie. Die Avengers bekommen es mit frustrierten Bürgern zu tun, die die Avengers Mansion belagern und sich dann gewaltsam Zutritt verschaffen, um das Gebäude zu verwüsten.
Die Avengers Captain America, Iron Man und Thor kehren anscheinend in die Mansion zurück und verkünden, dass das Team aufgrund seines Verhaltens nun für immer aufgelöst ist. Quicksilver, Scarlet Witch und Vision beschließen, sich auf den Weg zu machen und nach Mar-Vell zu sehen, doch auf dem Weg dorthin werden sie von etwas angegriffen, das auf den ersten Blick drei Kühe zu sein scheinen. Die Kühe feuern Energiestrahlen ab, die den Vision lähmen, der sich zwar nicht mehr bewegen kann, aber auch nicht mehr greifbar ist. Quicksilver und die Scarlet Witch werden gefangen genommen, als sich die Kühe in drei Mitglieder der Fantastischen Vier verwandeln und dann enthüllen, dass sie in Wirklichkeit Skrulls sind, die alten Feinde der Kree. Zur gleichen Zeit führt Danvers Mar-Vell zu einem Skrull-Schiff, das sie angeblich gefunden hat, und überredet Mar-Vell, einen „Omni-Wellen-Projektor“ zu bauen, ein Kommunikationsgerät, das in den Händen von Nicht-Kree eine tödliche Waffe ist. Mar-Vell durchschaut jedoch die Täuschung (da keine Menschen, sondern nur Skrulls seinen wahren Namen kennen) und zerstört das Gerät, wird aber von Danvers (die sich nun als Super-Skrull entpuppt) gefangen genommen und zusammen mit Quicksilver und der Scarlet Witch von der Erde gebracht.
Obwohl er verletzt ist, kann die Vision zur Avengers Mansion zurückkehren, wo sich die Gründungsmitglieder Captain America, Iron Man, Thor und Henry Pym (nun in seiner ursprünglichen Identität als Ant-Man) versammelt haben. Ant-Man verkleinert sich auf mikroskopische Größe und dringt in die Vision ein, wo er den Androiden reparieren kann. Ant-Man reist ab, und bei der Befragung der sich erholenden Vision stellen die Avengers fest, dass es die Skrulls – die zuvor als Kühe getarnt waren – waren, die das Team aufgelöst haben. Die vier Avengers finden die Skrulls und nehmen sie gefangen, um sie zu verhören. Dabei stellen sie fest, dass es sich bei den Außerirdischen um drei der vier Mitglieder des ursprünglichen Erkundungsteams handelt, das einst die Erde besuchte und die Fantastischen Vier bekämpfte. Daraufhin werden die Avengers von einem Team aus drei Mandroiden angegriffen, die von Senator Craddock geschickt wurden, um die Helden wegen mangelnder Kooperation festzunehmen. Iron Man (insgeheim Tony Stark) entwirft die Mandroiden und überlastet ihre Rüstung mit einer elektrischen Entladung.
Zur gleichen Zeit trifft Triton von den Inhumans ein, der die Fantastic Four nicht ausfindig machen kann und die Avengers um Hilfe bei der Suche nach ihrem Herrscher Black Bolt bittet, da sein Bruder Maximus der Verrückte die Macht in ihrer Heimat Attilan an sich gerissen hat. Die Avengers helfen Triton und begleiten, nachdem sie Black Bolt ausfindig gemacht haben, die Inhumans nach Attilan. Es stellt sich heraus, dass Maximus ein Bündnis mit den Kree eingegangen ist und im Gegenzug für die Herrschaft die Kree-Technologie nutzt, um die Bevölkerung zu kontrollieren und sie als Soldaten gegen die Skrulls einzusetzen. Die Avengers besiegen Maximus und seine Schergen, und nachdem sie Black Bolt wieder an die Macht gebracht haben, brechen sie (zusammen mit Goliath) in den Skrull-Raum auf, um ihre Kameraden zu retten.
Mar-Vell wird in das Herz des Skrull-Imperiums gebracht und, nachdem ihm mitgeteilt wurde, dass die gefangenen Avengers hingerichtet werden, gezwungen, einen weiteren Omni-Wave-Projektor zu bauen. Die Avengers kommen im Skrull-Raum an und halten die außerirdische Flotte auf, während Mar-Vell gezwungen ist, den Projektor zu benutzen, der einen vorübergehend befreiten Rick Jones zurück in die Negative Zone wirft. Jones wird vom Kree-Herrscher, der Obersten Intelligenz, aus der Zone gerettet, der verborgene mentale Kräfte (die Schicksalsmacht) in Rick Jones selbst freisetzt. Rick schickt dann eine Welle von Helden des Goldenen Zeitalters mit den Avengers gegen die Skrulls und beendet den Krieg. Die Schicksalsmacht verwandelt auch Senator Craddock auf der Erde in seine wahre Skrull-Form und enthüllt, dass er der vierte Skrull der Erdexpedition war, woraufhin er von einem wütenden Mob getötet wird. Die Helden kehren zur Erde zurück, um zu entdecken, dass der echte Senator Craddock gefunden wurde und der Ruf der Avengers wiederhergestellt ist.
Die geheime Superheldengruppe der Illuminati wird schließlich enthüllt, dass sie sowohl das Kree- als auch das Skrull-Imperium besucht und den Außerirdischen geraten hat, die Erde nicht in ihren Krieg zu verwickeln.