遺伝学、出生前のホルモン曝露、神経解剖学、認知処理の研究を通じて、トランスジェンダーのアイデンティティーの発達における生物学的要因を切り出そうとする研究が数多く行われている。 遺伝学的研究は，染色体の変異はまれであるが，一般集団よりも高い割合で発生する可能性があることを実証している。 候補となる遺伝子が調査され、いくつかの肯定的な結果が得られていますが、まだ再現されてはいません。 胎児へのホルモン曝露の影響に関する研究では、インターセクシュアルの人々の性自認に焦点が当てられていますが、これはしばしば予測不可能であり、指長差や出生順といった出生前のホルモン曝露の代理マーカーは、トランスジェンダーグループでは明確な傾向を示しません。 少数の小規模な神経解剖学的研究は、トランスジェンダーにおける区別を示しているが、サンプルサイズが小さく、成人ホルモン曝露などの交絡変数があるため、結果はその範囲に限定されたものである。 数多くの研究が、男性から女性へのトランスジェンダー（MTF）は左利きの割合が高いことを示しているが、この違いの理論的根拠はよく説明されていない。 蓄積された証拠は、出生前の生物学がトランスジェンダーのアイデンティティに寄与している可能性が高いことを示していますが、その役割は決定論的というよりはむしろ相互的である可能性があります
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