Politische Einheit
Jinnahs Bemühungen um die politische Vereinigung von Hindus und Muslimen brachten ihm den von Gokhale geprägten Titel „der beste Botschafter der hinduistisch-muslimischen Einheit“ ein. Es war vor allem seinen Bemühungen zu verdanken, dass die Kongresspartei und die Muslimliga begannen, ihre jährlichen Sitzungen gemeinsam abzuhalten, um gegenseitige Konsultationen und Beteiligung zu erleichtern. Im Jahr 1915 hielten die beiden Organisationen ihre Sitzungen in Bombay und 1916 in Lucknow ab, wo der Lucknow-Pakt geschlossen wurde. Im Rahmen dieses Pakts besiegelten die beiden Organisationen einen Plan zur Verfassungsreform, der zu ihrer gemeinsamen Forderung gegenüber der britischen Regierung wurde. Es war ein Geben und Nehmen, aber die Muslime erhielten ein wichtiges Zugeständnis in Form von separaten Wahlkreisen, die ihnen bereits 1909 von der Regierung zugestanden worden waren, gegen die sich der Kongress aber bis dahin gewehrt hatte.
In der Zwischenzeit war mit Mohandas (Mahatma) Gandhi eine neue Kraft in der indischen Politik aufgetaucht. Sowohl die Home Rule League als auch die Kongresspartei waren unter seinen Einfluss geraten. Da er Gandhis Nichtkooperationsbewegung und seinen im Wesentlichen hinduistischen Ansatz in der Politik ablehnte, verließ Jinnah 1920 sowohl die Liga als auch die Kongresspartei. Einige Jahre lang hielt er sich von den wichtigsten politischen Bewegungen fern. Er glaubte weiterhin fest an die hinduistisch-muslimische Einheit und an konstitutionelle Methoden zur Erreichung politischer Ziele. Nach seinem Austritt aus dem Kongress nutzte er die Plattform der Muslim-Liga für die Verbreitung seiner Ansichten. Doch in den 1920er Jahren standen die Muslimliga und damit auch Jinnah im Schatten des Kongresses und der religiös orientierten muslimischen Khilafat-Bewegung.
Als das Scheitern der Nichtkooperationsbewegung und das Aufkommen hinduistischer Erweckungsbewegungen zu Feindseligkeiten und Unruhen zwischen Hindus und Muslimen führten, begann die Muslimliga an Stärke und Zusammenhalt zu verlieren, und muslimische Führer in den Provinzen gründeten ihre eigenen Parteien, um ihre Bedürfnisse zu befriedigen. So bestand Jinnahs Problem in den folgenden Jahren darin, die Muslimliga in ein aufgeklärtes, einheitliches politisches Gremium umzuwandeln, das bereit war, mit anderen Organisationen zusammenzuarbeiten, die sich für das Wohl Indiens einsetzten. Außerdem musste er die Kongresspartei als Voraussetzung für politischen Fortschritt von der Notwendigkeit der Beilegung des Hindu-Muslim-Konflikts überzeugen.
Eine solche Annäherung herbeizuführen war Jinnahs Hauptziel in den späten 1920er und frühen 1930er Jahren. Er arbeitete auf dieses Ziel in der gesetzgebenden Versammlung, auf der Round-Table-Konferenz in London (1930-32) und durch seine „14 Punkte“ hin, die Vorschläge für eine föderale Regierungsform, größere Rechte für Minderheiten, eine Drittelvertretung für Muslime in der zentralen Legislative, die Abtrennung der überwiegend muslimischen Sindh-Region vom Rest der Provinz Bombay und die Einführung von Reformen in der Nordwest-Grenzprovinz umfassten. Es gelang ihm nicht, auch nur geringfügige Änderungen an den Vorschlägen des Nehru-Ausschusses (1928) in der Frage der getrennten Wahlkreise und der Reservierung von Sitzen für Muslime in den Legislativen durchzusetzen, was ihn frustrierte. Er befand sich damals in einer merkwürdigen Lage: Viele Muslime waren der Meinung, dass er eine zu nationalistische Politik verfolgte und dass die Interessen der Muslime in seinen Händen nicht sicher waren, während die Kongresspartei den gemäßigten muslimischen Forderungen nicht einmal halbwegs entgegenkam. In der Tat war die Muslim-Liga ein mit sich selbst zerstrittenes Haus. Die Punjab Muslim League lehnte Jinnahs Führung ab und organisierte sich selbständig. Aus Enttäuschung beschloss Jinnah, sich in England niederzulassen. Von 1930 bis 1935 blieb er in London und widmete sich seiner Tätigkeit als Anwalt vor dem Privy Council. Als sich jedoch Verfassungsänderungen abzeichneten, wurde er überredet, nach Hause zurückzukehren, um eine neu gegründete Muslimliga zu leiten.
Bald begannen die Vorbereitungen für die Wahlen nach dem Government of India Act von 1935. Jinnah dachte immer noch an eine Zusammenarbeit zwischen der Muslimliga und der von Hindus kontrollierten Kongresspartei und an Koalitionsregierungen in den Provinzen. Doch die Wahlen von 1937 stellten einen Wendepunkt in den Beziehungen zwischen den beiden Organisationen dar. Die Kongresspartei erhielt in sechs Provinzen die absolute Mehrheit, und die Liga schnitt nicht besonders gut ab. Die Kongresspartei beschloss, die Liga nicht in die Bildung von Provinzregierungen einzubeziehen, und es kam zu ausschließlichen Kongressregierungen. Die Beziehungen zwischen Hindus und Muslimen begannen sich zu verschlechtern, und bald wurde die Unzufriedenheit der Muslime grenzenlos.