Jedność polityczna
Dążenia Jinnaha do doprowadzenia do politycznej unii hindusów i muzułmanów przyniosły mu tytuł „najlepszego ambasadora jedności hindusko-muzułmańskiej”, epitet ukuty przez Gokhalego. To w dużej mierze dzięki jego wysiłkom Partia Kongresowa i Liga Muzułmańska zaczęły organizować swoje doroczne sesje wspólnie, aby ułatwić wzajemne konsultacje i uczestnictwo. W 1915 roku obie organizacje spotkały się w Bombaju, a w 1916 roku w Lucknow, gdzie zawarto Pakt z Lucknow. Zgodnie z warunkami paktu obie organizacje przypieczętowały program reformy konstytucyjnej, który stał się ich wspólnym żądaniem wobec rządu brytyjskiego. Nie obyło się bez kompromisów, ale muzułmanie uzyskali jedno ważne ustępstwo w postaci oddzielnych okręgów wyborczych, przyznanych im już przez rząd w 1909 roku, ale do tej pory odrzucanych przez Kongres.
W międzyczasie w indyjskiej polityce pojawiła się nowa siła w osobie Mohandasa (Mahatmy) Gandhiego. Zarówno Home Rule League, jak i Partia Kongresowa znalazły się pod jego wpływem. Jinnah, przeciwny ruchowi Gandhiego i jego zasadniczo hinduskiemu podejściu do polityki, opuścił zarówno Ligę, jak i Partię Kongresową w 1920 roku. Przez kilka lat trzymał się z dala od głównych ruchów politycznych. Nadal był zdecydowanym zwolennikiem jedności hinduistyczno-muzułmańskiej i konstytucyjnych metod osiągania celów politycznych. Po jego wycofaniu się z Kongresu, on używać the Muzułmański Liga platforma dla the propagowanie jego widok. Jednak w latach dwudziestych Liga Muzułmańska, a wraz z nią Jinnah, została przyćmiona przez Kongres i religijnie zorientowany muzułmański ruch Khilafat.
Gdy niepowodzenie ruchu braku współpracy i pojawienie się ruchów odrodzenia hinduistycznego doprowadziło do antagonizmu i zamieszek między hinduistami i muzułmanami, Liga Muzułmańska zaczęła tracić siłę i spójność, a prowincjonalni przywódcy muzułmańscy utworzyli własne partie, które miały służyć ich potrzebom. Tak więc problemem Jinnaha w następnych latach było przekształcenie Ligi Muzułmańskiej w oświecone, zjednoczone ciało polityczne gotowe do współpracy z innymi organizacjami działającymi dla dobra Indii. Ponadto musiał przekonać Partię Kongresową, jako warunek wstępny postępu politycznego, o konieczności rozwiązania konfliktu hinduistyczno-muzułmańskiego. Pracował nad tym w Zgromadzeniu Ustawodawczym, na konferencji Okrągłego Stołu w Londynie (1930-32) i poprzez swoje „14 punktów”, które zawierały propozycje federalnej formy rządu, większych praw dla mniejszości, reprezentacji jednej trzeciej muzułmanów w centralnej legislaturze, oddzielenia przeważająco muzułmańskiego regionu Sindh od reszty prowincji Bombaj i wprowadzenia reform w Północno-Zachodniej Prowincji Pogranicznej. Jego niepowodzenie w doprowadzeniu do choćby drobnych poprawek w propozycjach Komitetu Nehru (1928) w kwestii oddzielnych elektoratów i rezerwacji miejsc dla muzułmanów w legislaturze sfrustrowało go. W tym czasie znalazł się w osobliwej sytuacji: wielu muzułmanów uważało, że jego polityka jest zbyt nacjonalistyczna, a interesy muzułmanów nie są bezpieczne w jego rękach, podczas gdy Partia Kongresowa nie spełniłaby nawet w połowie umiarkowanych żądań muzułmanów. W istocie Liga Muzułmańska była domem podzielonym przeciwko sobie. Pendżabska Liga Muzułmańska odrzuciła przywództwo Jinnaha i zorganizowała się oddzielnie. W obrzydzeniu Jinnah postanowił osiedlić się w Anglii. Od 1930 do 1935 roku pozostał w Londynie, poświęcając się praktyce przed Privy Council. Ale kiedy zmiany konstytucyjne były w przygotowaniu, został przekonany do powrotu do domu, aby stanąć na czele zrekonstruowanej Ligi Muzułmańskiej.
Już wkrótce rozpoczęły się przygotowania do wyborów na mocy Government of India Act z 1935 roku. Jinnah wciąż myślał w kategoriach współpracy między Ligą Muzułmańską a kontrolowaną przez hinduistów Partią Kongresową oraz o koalicyjnych rządach w prowincjach. Jednak wybory w 1937 roku okazały się punktem zwrotnym w stosunkach między obiema organizacjami. Kongres uzyskał absolutną większość w sześciu prowincjach, a Liga nie wypadła szczególnie dobrze. Partia Kongresowa postanowiła nie włączać Ligi w tworzenie rządów prowincjonalnych, czego rezultatem były wyłączne rządy kongresowe. Stosunki między hindusami i muzułmanami zaczęły się pogarszać, a wkrótce niezadowolenie muzułmanów stało się bezgraniczne.