Archeologische bewijzen duiden erop dat de domesticatie van paarden ongeveer 6000 jaar geleden heeft plaatsgevonden in de steppegebieden ten noorden van de Zwarte Zee van Oekraïne tot Kazachstan. Ondanks intensieve studie over een lange periode blijven er vele vragen bestaan over de vroege ontwikkeling van de soort tijdens de domesticatie. Een cruciale vraag is of de domesticatie beperkt bleef tot één enkele plaats of zich in meerdere gebieden voordeed. Gekoppeld aan deze vraag over de oorsprong is de vraag of gedomesticeerde paarden zich over heel Eurazië hebben verspreid of dat de praktijk van het domesticeren van paarden zich heeft verspreid naar nieuwe gebieden, waarbij plaatselijke fokkers hun eigen wilde paarden hebben gevangen en deze hebben ingebracht in de genenpoel van het gedomesticeerde paard. Moderne genetische technieken zijn gebruikt om deze vragen te beantwoorden, maar verschillende regio’s van het paardengenoom (dat wil zeggen, de volledige nucleïnezuursequentie van de genetische code van een paard) hebben verschillende antwoorden opgeleverd.
Encyclopædia Britannica, Inc.
Resultaten van onderzoek naar mitochondriaal DNA (mtDNA), dat alleen van de moeder wordt geërfd, lieten een grote diversiteit tussen individuen zien en ondersteunden sterk het idee dat wilde paarden uit veel verschillende geografische gebieden hebben bijgedragen aan het gedomesticeerde paard. De mtDNA-gegevens toonden duidelijk aan dat er meerdere plaatsen van domesticatie waren, met een groot aantal merries in de eerste populaties, en dat genetische input van plaatselijke wilde paarden in de gedomesticeerde genenpool was geïntroduceerd naarmate gedomesticeerde paarden zich verspreidden. De mtDNA-gegevens toonden ook aan dat het moderne paard een mengsel is van oude lijnen, die allemaal terug te voeren zijn op een “Ancestral Mare”, die 130.000 tot 160.000 jaar geleden leefde; er is dus geen duidelijke mtDNA-handtekening voor moderne paardenrassen.
In tegenstelling daarmee hebben studies aangetoond dat het gedomesticeerde paard gedomineerd wordt door één enkele, vaderlijk overgeërfde Y-chromosoomlijn, waarin bijna geen variatie voorkomt. Een uitzondering was een studie van paarden in Zuidwest-China waaruit bleek dat sommige Zuid-Chinese populaties van mannelijke paarden een Y-chromosoomvariant bezaten die in geen enkel ander getest ras aanwezig was. Deze variant kan een andere vaderlijke afstamming vertegenwoordigen die in de regio is blijven voortbestaan, of het kan een recente mutatie zijn. Het gebrek aan variatie op het Y-chromosoom lijkt te wijzen op een zeer nauwe oorsprong van het gedomesticeerde paard. De verschillen in variatie tussen de moederlijke en vaderlijke lijn kunnen echter een weerspiegeling zijn van de verschillen in de manier waarop fokkers merries en hengsten behandelden. Het is mogelijk dat in de loop van de geschiedenis veel meer merries dan hengsten hebben bijgedragen tot het ontstaan van het gedomesticeerde paard, omdat hengsten moeilijk te hanteren kunnen zijn. Bovendien is de meeste selectie gericht op de mannetjes, omdat zij op het niveau van het individu zo’n groot aantal nakomelingen kunnen voortbrengen in vergelijking met de wijfjes. (Met andere woorden, het is waarschijnlijk dat een klein aantal relatief coöperatieve hengsten is gebruikt om grote aantallen merries te bevruchten.)
Studies die andere delen van het DNA onderzochten, hebben een grote genetische diversiteit bij paarden aan het licht gebracht, die consistent is met de mtDNA-resultaten. Onderzoek aan het begin van de 21e eeuw wees uit dat er een onafhankelijk domesticatiegebeuren lijkt te hebben plaatsgevonden op het Iberisch Schiereiland (de regio die Spanje en Portugal omvat), dat tijdens de Pleistocene en Holocene ijstijden als toevluchtsoord heeft gediend voor vele diersoorten, waaronder paarden. Bovendien zijn er aanwijzingen dat de mens gedomesticeerde paarden vanuit West-Eurazië heeft verspreid en dat de gedomesticeerde populaties werden aangevuld met wilde individuen, waardoor de genetische diversiteit van de gedomesticeerde paarden toenam. Gebaseerd op moderne genetische analyses zijn de antwoorden op de vragen rond de domesticatie van paarden dat het paard een gevarieerde voorouder heeft, dat er meer dan één domesticatie heeft plaatsgevonden, en dat gedomesticeerde paarden op grote schaal zijn doorgefokt gedurende de geschiedenis van hun domesticatie.
E. Gus Cothran De redactie van Encyclopaedia Britannica