Een deel van wat nu de staat Mississippi is, maakte deel uit van de Republiek West-Florida, die in 1810 door Amerikaanse kolonisten werd uitgeroepen als verzet tegen de Spaanse overheersing. Hun vlag had een blauwe achtergrond met een enkele witte ster in het midden. (Een soortgelijk ontwerp werd in de jaren 1830 gebruikt door Amerikanen in Texas die voor onafhankelijkheid waren). De vlag werd gehesen op 9 januari 1861, toen Mississippi zijn “Ordinance of Secession” uitvaardigde voordat het zich bij de Geconfedereerde Staten van Amerika aansloot. De blauw-witte vlag werd in het hele Zuiden bekend als de Bonnie Blue Flag. Op 26 januari van datzelfde jaar nam Mississippi de Magnolia Flag aan, met de inheemse boom op een wit veld; het kanton was blauw met een centrale witte ster, waardoor het Bonnie Blue ontwerp werd overgenomen. De Magnolia Vlag lijkt niet meer te zijn gebruikt na het einde van de Burgeroorlog; wel werd de magnolia in 1938 aangewezen als de officiële staatsboom.
In 1890 werd een nieuwe staatsgrondwet aangenomen; deze was het product van een blanke meerderheid die de invloed van lokale zwarten en van de federale overheid op staatszaken wilde minimaliseren. Als symbool van de machtsverschuiving nam de staat op 7 februari 1894 een nieuwe vlag aan die waarschijnlijk was ontworpen door de Amerikaanse senator E.N. Scudder. De drie horizontale strepen herinnerden aan de Stars and Bars van de Confederatie, terwijl de kanton de Confederate Battle Flag vormde. De scheiding van het kanton van de blauwe en rode strepen door een witte fimbriatie (smalle rand) werd in 1996 bij gubernatoriaal decreet bevestigd.
Encyclopædia Britannica, Inc.
Veel Mississippiërs waren tegen het ontwerp van 1894, omdat het volgens hen herinnerde aan de zwarte slavernij en racistische tradities; veel voorstanders van de vlag voerden echter aan dat deze de trots van de staat en het zuidelijke erfgoed vertegenwoordigde. Bij de behandeling van een verwante rechtszaak in 2000 stelde het Hooggerechtshof van de staat vast dat de vlag per ongeluk was weggelaten bij een herziening van de statuten van de staat in 1906; daarom was de vlag op dat moment niet langer wettelijk. Op 6 mei 2000 gaf de gouverneur toestemming om het ontwerp als voorlopige vlag te gebruiken, en in een referendum op 17 april 2001 werd de bestaande vlag verkozen boven een alternatief ontwerp waarin de vlag van de Geconfedereerden was weggelaten.
In 2020 leidden landelijke protesten tegen het geweld van de politie tegen zwarte Amerikanen tot een breder onderzoek naar raciale onrechtvaardigheid in de Verenigde Staten, en was er opnieuw kritiek op de aanwezigheid van de vlag van de Geconfedereerden in het ontwerp van de vlag van de staat. Op 28 juni nam de wetgevende macht van Mississippi een wetsvoorstel aan om de huidige versie van de vlag buiten gebruik te stellen en opdracht te geven tot het ontwerpen van een nieuwe vlag. Het wetsvoorstel werd op 30 juni door de gouverneur van de staat ondertekend. De wet schreef voor dat het nieuwe ontwerp de woorden “In God We Trust” moest bevatten en verbood het gebruik van de vlag van de Geconfedereerde Strijdkrachten. Het nieuwe ontwerp dat uiteindelijk werd gekozen bevatte een centrale magnoliabloesem omringd door 20 witte sterren, één gouden ster, en het motto “In God We Trust” tegen een veld van ongelijke verticale strepen van rood, goud en blauw. De vlag werd op 3 november via een referendum goedgekeurd door de kiezers van Mississippi. Een wetsvoorstel om het goedgekeurde vlagontwerp officieel aan te nemen werd op 5 januari 2021 bekrachtigd door het Huis van Afgevaardigden van de staat en op 6 januari door de Senaat van de staat; het werd op 11 januari door de gouverneur ondertekend.
De magnolia in het midden van de vlag, al lang een symbool van Mississippi, staat ook voor gastvrijheid, hoop en wedergeboorte. De cirkel van 20 witte sterren geeft aan dat Mississippi de 20e staat was die tot de Verenigde Staten van Amerika werd toegelaten; de gouden ster staat voor de inheemse Amerikanen die de oorspronkelijke bewoners waren van het land dat later de staat Mississippi zou worden. Het blauw in de middelste verticale streep doet denken aan het blauw van de Amerikaanse vlag en staat voor waakzaamheid, rechtvaardigheid en doorzettingsvermogen. Rood, gebruikt in de twee buitenste strepen, staat voor hardheid en moed. Goud, gebruikt in de twee dunne strepen en de meeldraden van de magnolia, is bedoeld als een knipoog naar het culturele erfgoed van Mississippi.