Archeologiczne dowody wskazują, że udomowienie koni miało miejsce około 6000 lat temu na terenach stepowych na północ od Morza Czarnego, od Ukrainy po Kazachstan. Pomimo intensywnych badań prowadzonych przez długi okres czasu, nadal pozostaje wiele pytań dotyczących wczesnego rozwoju gatunku w trakcie jego udomowienia. Jedno z kluczowych pytań dotyczy tego, czy udomowienie było ograniczone do jednego miejsca, czy też występowało na wielu obszarach. Wiąże się z tym pytanie o pochodzenie – czy udomowione konie rozprzestrzeniły się w całej Eurazji, czy też praktyka udomawiania koni rozprzestrzeniła się na nowe obszary, a lokalni hodowcy chwytali własne dzikie konie i wprowadzali je do puli genowej koni domowych. Nowoczesne techniki genetyczne zostały wykorzystane do odpowiedzi na te pytania, ale różne regiony genomu konia (czyli kompletna sekwencja kwasów nukleinowych kodu genetycznego konia) przyniosły różne odpowiedzi.
Encyclopædia Britannica, Inc.
Wyniki badań mitochondrialnego DNA (mtDNA), które jest dziedziczone tylko po matce, wykazały dużą różnorodność wśród osobników i silnie wsparły ideę, że dzikie konie z wielu różnych obszarów geograficznych przyczyniły się do powstania konia domowego. Dane mtDNA wyraźnie wskazują, że istniało wiele miejsc udomowienia, z dużą liczbą klaczy w pierwszych populacjach, i że wkład genetyczny od lokalnych dzikich koni został wprowadzony do krajowej puli genowej w miarę rozprzestrzeniania się udomowionych koni. Dane mtDNA pokazały również, że współczesny koń jest mieszanką starożytnych linii, z których wszystkie mogą być prześledzone wstecz do „Klaczy Przodków”, która żyła 130 000 do 160 000 lat temu; dlatego nie ma wyraźnej sygnatury mtDNA dla współczesnych ras koni.
W przeciwieństwie do tego, badania ujawniły, że koń domowy jest zdominowany przez pojedynczą, ojcowską linię chromosomu Y, w której nie ma prawie żadnej zmienności. Wyjątkiem było badanie koni w południowo-zachodnich Chinach, które wykazało, że niektóre południowochińskie populacje samców koni posiadały wariant chromosomu Y, który nie był obecny w żadnej innej badanej rasie. Wariant ten może reprezentować inną linię ojcowską, która przetrwała w tym regionie, lub może reprezentować niedawną mutację. Brak zmienności na chromosomie Y wydawałby się wskazywać na bardzo wąskie pochodzenie konia domowego. Jednak różnice w zmienności między liniami matczynymi i ojcowskimi mogą odzwierciedlać różnice w traktowaniu klaczy i ogierów przez hodowców. Jest możliwe, że na przestrzeni dziejów znacznie więcej klaczy przyczyniło się do powstania konia domowego niż ogierów, ponieważ ogiery mogą być trudne w obsłudze. W dodatku większość selekcji jest skierowana na samce, ponieważ na poziomie osobniczym mogą one wydać tak dużą liczbę potomstwa w porównaniu z samicami. (Innymi słowy, jest prawdopodobne, że niewielka liczba stosunkowo chętnych do współpracy ogierów mogła zostać wykorzystana do zapłodnienia dużej liczby klaczy.)
Badania innych regionów DNA wykazały dużą różnorodność genetyczną u koni, co jest zgodne z wynikami badań mtDNA. Badania przeprowadzone na przełomie XXI i XXI wieku wykazały, że wydaje się, iż na Półwyspie Iberyjskim (region obejmujący Hiszpanię i Portugalię), który służył jako schronienie dla wielu gatunków, w tym koni, podczas zlodowaceń plejstoceńskich i holoceńskich, miał miejsce niezależny proces udomowienia. Ponadto dowody wskazują, że ludzie rozprzestrzenili konie domowe z zachodniej Eurazji i że populacje domowe były uzupełniane przez dzikie osobniki, co zwiększyło różnorodność genetyczną koni domowych. W oparciu o współczesne analizy genetyczne, odpowiedzi na pytania dotyczące udomowienia koni są takie, że koń ma zróżnicowany rodowód, że było więcej niż jedno wydarzenie związane z udomowieniem i że konie domowe były szeroko krzyżowane w całej historii ich udomowienia.
E. Gus Cothran The Editors of Encyclopaedia Britannica