Considerou uma perspectiva de topo para o projecto da Liga Principal de Basebol de 2016, Biggio foi seleccionado na quinta jornada pelos Toronto Blue Jays. Biggio assinou com os Blue Jays o rascunho completo do bónus de 300.000$ em 17 de Junho, e foi atribuído aos canadianos de Vancouver da Class A-Short Season Northwest League. Em 26 de julho, Biggio foi nomeado um All-Star para Vancouver. Ele terminou a temporada 2016 com o Lansing Lugnuts da Classe A da Liga Centro-Oeste. Em 62 jogos, Biggio teve um aproveitamento de 0,273 com 26 RBIs e 11 bases roubadas. Ele também exibiu uma disciplina acima da média, andando 33 vezes enquanto batia 35 vezes. Ele jogou a temporada inteira de 2017 com o Dunedin Blue Jays da Florida State League de Classe A – Avançado. Jogando ao lado de Vladimir Guerrero Jr. e Bo Bichette, Biggio teve um aproveitamento de rebatidas de 0,233 com 11 home runs, 60 RBIs e 11 bases roubadas.
Os Blue Jays atribuíram Biggio ao New Hampshire Fisher Cats da Double-A Eastern League para começar a temporada de 2018. Em 1º de setembro, Biggio foi nomeado o Novato do Ano e Jogador Mais Valioso da Liga do Leste. Biggio começou a temporada 2019 com os Buffalo Bisons da Liga Triple-A Internacional. Em seus primeiros 42 jogos com os Búfalos, ele atingiu .307 com seis home runs.
Em 24 de maio de 2019, Biggio foi chamado para o Toronto Blue Jays. Ele fez sua estreia na liga principal naquela noite contra o San Diego Padres. Dois dias depois, a 26 de Maio, ele teve a sua primeira tacada na liga principal. No seu próximo taco naquele jogo, ele acertou o seu primeiro home run. Em 17 de setembro, Biggio bateu para o ciclo contra o Baltimore Orioles no Oriole Park, em Camden Yards, tornando-se o terceiro jogador na história da Blue Jays a realizar a façanha, seguindo Jeff Frye em 2001 e Kelly Gruber em 1989. Biggio teve quatro RBIs, marcou três runs e roubou duas bases no jogo. Cavan, ao lado de seu pai, Craig (que bateu para o ciclo do Houston Astros em 8 de abril de 2002), se juntou a Gary Ward e seu filho Daryle como apenas o segundo pai e filho duo a bater para o ciclo na história da MLB. Na temporada, Biggio rebateu .234 em 100 jogos.
Overall com o Blue Jays 2020, Biggio rebateu .250 com oito home runs e 28 RBIs em 59 jogos.