Begreppet Biggio, som ansågs vara en toppkandidat inför 2016 års draft i Major League Baseball, valdes i den femte rundan av Toronto Blue Jays. Biggio skrev under med Blue Jays för den fulla draftplatsbonusen på 300 000 dollar den 17 juni och tilldelades Vancouver Canadians i Class A-Short Season Northwest League. Den 26 juli utsågs Biggio till All-Star för Vancouver. Han avslutade säsongen 2016 med Lansing Lugnuts i Class A Midwest League. På 62 matcher slog Biggio .273 med 26 RBIs och 11 stulna baser. Han uppvisade också en över genomsnittlig plattdisciplin och gick 33 gånger medan han slog ut 35 gånger. Han spelade hela 2017 års säsong med Dunedin Blue Jays i Class A-Advanced Florida State League. Biggio spelade tillsammans med de bästa Blue Jays-aspiranterna Vladimir Guerrero Jr. och Bo Bichette och slog .233 med 11 homeruns, 60 RBIs och 11 stulna baser.
Blue Jays tilldelade Biggio till New Hampshire Fisher Cats i Double-A Eastern League för att inleda säsongen 2018. Den 1 september utsågs Biggio till årets rookie och mest värdefulla spelare i Eastern League. Biggio inledde säsongen 2019 med Buffalo Bisons i Triple-A International League. Genom sina första 42 matcher med Bisons slog han .307 med sex homeruns.
Den 24 maj 2019 kallades Biggio upp till Toronto Blue Jays. Han gjorde sin debut i major league samma kväll mot San Diego Padres. Två dagar senare, den 26 maj, fick han sin första major league hit. I sitt nästa slagträ den matchen slog han sin första homerun. Den 17 september slog Biggio en cykel mot Baltimore Orioles i Oriole Park at Camden Yards och blev därmed den tredje spelaren i Blue Jays historia som lyckades med den bedriften, efter Jeff Frye 2001 och Kelly Gruber 1989. Biggio hade fyra RBIs, gjorde tre poäng och stal två baser i matchen. Cavan, tillsammans med sin far Craig (som slog för cykeln för Houston Astros den 8 april 2002), anslöt sig till Gary Ward och hans son Daryle som bara den andra far och son-duon som slog för cykeln i MLB:s historia. Under säsongen slog Biggio .234 på 100 matcher.
Totalt för 2020 Blue Jays slog Biggio .250 med åtta homeruns och 28 RBIs på 59 matcher.