Considerat unul dintre cei mai buni jucători de perspectivă la draftul din 2016 din Major League Baseball, Biggio a fost selectat în runda a cincea de către Toronto Blue Jays. Biggio a semnat cu Blue Jays pentru prima integrală de 300.000 de dolari pe 17 iunie și a fost repartizat la Vancouver Canadians din clasa A-Short Season Northwest League. La 26 iulie, Biggio a fost numit All-Star pentru Vancouver. El a încheiat sezonul 2016 cu Lansing Lugnuts din Class A Midwest League. În 62 de meciuri, Biggio a avut o medie de 0,273 la bătaie, cu 26 de recuperări și 11 baze furate. De asemenea, a prezentat o disciplină a plăcii peste medie, mergând pe jos de 33 de ori în timp ce a eliminat de 35 de ori. El a jucat întregul sezon 2017 cu Dunedin Blue Jays din clasa A-Advanced Florida State League. Jucând alături de Vladimir Guerrero Jr. și Bo Bichette, cei mai buni potențiali jucători ai Blue Jays, Biggio a avut o medie de 0,233 puncte, cu 11 home run-uri, 60 de RBI-uri și 11 baze furate.
Blue Jays l-au repartizat pe Biggio la New Hampshire Fisher Cats din liga Double-A Eastern League pentru a începe sezonul 2018. La 1 septembrie, Biggio a fost numit începătorul anului și cel mai valoros jucător al Ligii de Est. Biggio a început sezonul 2019 cu Buffalo Bisons din Liga Internațională Triple-A. În primele 42 de meciuri jucate cu Bisons, a avut o medie de 0,307 puncte cu șase home run-uri.
La 24 mai 2019, Biggio a fost convocat la Toronto Blue Jays. El și-a făcut debutul în liga majoră în acea seară împotriva celor de la San Diego Padres. Două zile mai târziu, pe 26 mai, a obținut prima sa lovitură în liga majoră. În următoarea sa bătaie la bătaie din acel meci, a lovit primul său home run. La 17 septembrie, Biggio a marcat pentru ciclul împotriva celor de la Baltimore Orioles în Oriole Park at Camden Yards, devenind al treilea jucător din istoria Blue Jays care reușește această performanță, după Jeff Frye în 2001 și Kelly Gruber în 1989. Biggio a avut patru reușite, a marcat trei alergări și a furat două baze în acest meci. Cavan, alături de tatăl său, Craig (care a marcat pentru ciclul pentru Houston Astros pe 8 aprilie 2002), s-a alăturat lui Gary Ward și fiului său Daryle ca fiind doar al doilea duo tată-fiu care a marcat pentru ciclul din istoria MLB. În acest sezon, Biggio a avut o medie de 0,234 puncte în 100 de meciuri.
În total, cu Blue Jays 2020, Biggio a avut o medie de 0,250 puncte cu opt home run-uri și 28 de recuperări în 59 de meciuri.
.