O herói Kree Capitão Marvel, chegando à Terra após uma longa estadia na dimensão alternativa a Zona Negativa, é capturado por vários membros da equipe de super-heróis os Vingadores – Quicksilver, a Bruxa Escarlate e o herói andróide a Visão – com a ajuda de Mar-Vell (o verdadeiro nome Kree do herói) algum dia companheiro Rick Jones, e do próprio Mar-Vell. Mais tarde é revelado que ele concebeu uma criança com a princesa Caveira Annelle durante este período de tempo. Isso é necessário, pois Mar-Vell absorveu inadvertidamente uma quantidade letal de radiação ao passar semanas na Zona Negativa, e isso se revelará fatal a menos que seja tratado. Com a ajuda de um cientista, a Visão drena o excesso de radiação de Mar-Vell.
Uma sequência de flashback explica que os Vingadores detectam um alarme do Edifício Baxter, a sede do Quarteto Fantástico. Os Vingadores chegam ao prédio e encontram Mar-Vell usando o portal para a Zona Negativa – criado por Reed Richards – para tentar libertar Rick Jones de sua necessidade de “compartilhar moléculas” (alternando entre o mesmo espaço, um na Terra e um preso na Zona Negativa até a troca). Mar-Vell tem sucesso, embora enquanto o portal para a Zona está aberto, os Vingadores são forçados a afastar a entidade Annihilus, que tenta escapar da Zona. Mar-Vell aproveita a distração para roubar um quinjet dos Vingadores, que é rastreado assim que os Vingadores percebem que o herói Kree absorveu uma quantidade letal de radiação. O flashback termina e o grupo é então atacado por um robô Sentinela, que captura Mar-Vell e escapa. Os Vingadores são questionados pela ex-colega de Mar-Vell, Carol Danvers.
Os Vingadores respondem a um chamado do colega Golias, que avisa que ele está respondendo a um pedido de socorro da Vingadora Janet Pym, também conhecida como a Vespa. Com o marido e companheiro Henry Pym, a dupla estava a caminho, via navio, de uma base de pesquisa no Círculo Ártico, para estudar o efeito da exploração de petróleo sobre o meio ambiente. O casal aparentemente encontrou uma ilha exuberante, e investigou como a Vespa e a Camisa Amarela. A Camisa Amarela adivinha a verdade e afasta a Vespa antes de chegar à ilha. Quando ele desaparece, a Vespa por sua vez convoca Golias.
Os Vingadores chegam e são atacados mais uma vez pela Sentinela, agora auxiliada por um Golias hipnotizado. Os Vingadores derrotam Golias, mas não conseguem deter o Sentinela, que captura todos menos o Quicksilver. O culpado revela-se ser Ronan, o Acusador, agora um fora-da-lei Kree. Ronan começa o “Plano Atavus”, com a intenção de devolver a Terra a uma época pré-histórica para usar como base na guerra contra os Crânios. Ronan mostra aos heróis como os cientistas pesquisadores da base e Henry Pym se transformaram em homens das cavernas, que agora cobiçam a Janet Pym. Quicksilver chega e ataca, e Ronan termina a batalha quando é contactado e avisado de um ataque iminente dos Crânios ao mundo natal Kree de Hala. Sem propósito, o Sentinela autodestrói-se. Os Vingadores e Mar-Vell se recuperam e descobrem que Pym e os outros cientistas, como o meio ambiente, voltaram ao normal.
A existência de Mar-Vell é revelada quando os cientistas aconselham as autoridades sobre o que testemunharam, e é formada a “Comissão de Atividades Alienígenas”, liderada pelo Senador H. Warren Craddock. Os Vingadores concordam em participar de uma audiência, mas esta é abandonada quando os Vingadores se recusam a entregar Mar-Vell. Os Vingadores encorajam Mar-Vell a ir com Danvers para uma fazenda particular, e embora perseguidos por Nick Fury da S.H.I.E.L.D. escapar. Os Vingadores lidam com membros frustrados do público, que fazem piquetes na Mansão dos Vingadores e depois forçam seu caminho para vandalizar o prédio.
Avengers Captain America, Iron Man e Thor aparentemente retornam à Mansão e anunciam que, devido ao comportamento da equipe, ela está agora dissolvida para sempre. Quicksilver, a Bruxa Escarlate e a Visão decidem sair e verificar o Mar-Vell, mas enquanto lá são atacados pelo que a princípio parecem ser três vacas. As vacas disparam feixes de energia que aleijam a Visão que, embora capazes de se tornarem intangíveis, não conseguem se mover. Quicksilver e a Bruxa Escarlate são capturados quando as vacas se transformam em três membros do Quarteto Fantástico, e depois revelam que são na verdade Crânios, os antigos inimigos dos Kree. Ao mesmo tempo, Danvers levou Mar-Vell a uma nave Skrull que ela afirma ter encontrado, e persuadiu Mar-Vell a construir um “Omni-Wave Projector”, um dispositivo de comunicação que nas mãos de não-Kree é uma arma mortal. Mar-Vell, no entanto, vê através do engano (como nenhum humano, apenas Skrulls, sabe seu verdadeiro nome) e destrói o dispositivo, mas ele é capturado por Danvers (agora revelado como realmente o Super-Skrull) e, juntamente com Quicksilver e a Bruxa Escarlate, é retirado da Terra.
Embora ferido, a Visão é capaz de retornar à Mansão dos Vingadores, onde os membros fundadores Capitão América, Homem de Ferro, Thor e Henry Pym (agora em sua identidade original de Homem-Formiga) se reuniram. O Homem-Formiga reduz-se ao tamanho microscópico e entra na Visão, e é capaz de reparar o andróide. O Homem-Formiga parte e ao questionar a Visão em recuperação, os Vingadores determinam que foram os Crânios – anteriormente disfarçados de vacas – que dissolveram a equipa. Os quatro Vingadores encontram e capturam os Crânios para interrogatório, e determinam que os alienígenas são de fato três dos quatro membros da equipe de exploração original que uma vez visitaram a Terra e lutaram contra os Quatro Fantásticos. Os Vingadores são então atacados por uma equipe de três Mandróides, enviados pelo Senador Craddock para prender os heróis por não terem cooperado. O Homem de Ferro (secretamente Tony Stark) desenhou os Mandróides e sobrecarrega suas armaduras com uma descarga elétrica.
Ao mesmo tempo em que Tritão dos Inhumans chega, e incapaz de localizar os Quatro Fantásticos, pede ajuda aos Vingadores para localizar o seu governante Black Bolt, necessário, pois seu irmão Maximus, o Louco, tomou o poder em sua terra natal Attilan. Os Vingadores ajudam Tritão e, depois de localizar Black Bolt, acompanham os Inhumans até Attilan. Maximus revela-se como tendo feito uma aliança com os Kree, e em troca de governantes usa a tecnologia Kree para controlar a população, pretendendo usá-los como soldados contra os Crânios. Os Vingadores derrotaram Maximus e seus lacaios, e depois de restaurar o Black Bolt ao poder partir (com Golias) para o espaço Skrull, com a intenção de resgatar seus camaradas.
Mar-Vell é levado ao coração do Império Skrull e, depois de ser avisado que os Vingadores cativos serão executados, é forçado a construir outro projetor Omni-Wave. Os Vingadores chegam no espaço Skrull, e retêm a frota alienígena enquanto Mar-Vell é forçado a usar o Projetor, que lança um Rick Jones temporariamente libertado de volta para a Zona Negativa. Jones é resgatado da Zona pelo governante Kree, a Inteligência Suprema, que desbloqueia poderes mentais escondidos (a Força do Destino) no próprio Rick Jones, Rick então envia uma onda de heróis da Era Dourada com os Vingadores contra os Crânios, terminando a guerra. A Força do Destino também reverte o Senador Craddock na Terra para a sua verdadeira forma de Caveira, revelando que ele foi o quarto Caveira da expedição da Terra, e é posteriormente morto por uma multidão enfurecida. Os heróis retornam à Terra para descobrir que o verdadeiro Senador Craddock foi encontrado, e a reputação dos Vingadores foi restaurada.
O grupo secreto de super-heróis os Illuminati são eventualmente revelados como tendo visitado ambos os Impérios Kree e Skrull e avisaram os alienígenas que o envolvimento da Terra em sua guerra não seria tolerado.