Cu o sută de ani în urmă, Godey, arhitectul care a proiectat un set enorm de instrumente muzicale în Orașul Alamos numit Turnurile Spațiu-Timp, a avut un coșmar pe care l-a notat în jurnalul său, care este descoperit mai târziu de strănepotul său, omul de știință Tonio. Coșmarul a prezis că două entități care nu ar fi trebuit să se întâlnească niciodată își vor intersecta drumurile în falia spațiu-timp. Mânia lor în urma acestei întâlniri va cuprinde orașul și va provoca prăbușirea acestuia. Într-o grădină proiectată de Godey, Darkrai, un Pokémon cauzator de coșmaruri, urât de toți ceilalți, și-a deschis inima unei fete pe nume Alicia, care l-a invitat pe Darkrai să rămână în grădină. Godey și-a dat seama că coșmarul îi spunea să facă un disc muzical pentru „Orácion”, un cântec cu puterea de a liniști cea mai aprigă furie, pentru uz viitor. Ani mai târziu, Darkrai a salvat viața nepoatei Aliciei, Alice, după ce aceasta s-a împiedicat și a căzut de pe o stâncă.
În prezent, prezicerea lui Godey se adeverește când Pokémon Palkia, care poate controla spațiul, și Dialga, care domină timpul, provoacă perturbări în aerul din jurul orașului Alamos, în timp ce se luptă în spațiul dintre dimensiuni. În același timp, Ash Ketchum, Brock și Dawn sosesc în oraș pentru următorul concurs Pokémon organizat de Dawn în interiorul Turnurilor Spațiu-Timp. Ciocnirea dintre Palkia și Dialga provoacă o perturbare în spațiu care deteriorează grădina. Baronul Alberto crede că aceasta este opera lui Darkrai. În timp ce se lupta cu Lickilicky al lui Alberto, Darkrai îl face pe Ash să adoarmă și creează un coșmar în care Palkia îl atacă pe Ash. Darkrai apare apoi înainte de a dispărea într-o gaură în care Ash și Pikachu al său sunt aspirați.
A doua zi, Palkia, rănit și încercând să se ascundă de Dialga, apare în Alamos Town. Acesta mută orașul într-o altă dimensiune, fără posibilitatea de a scăpa. Darkrai reapare în piața orașului spunând cuiva să plece. Alberto, căruia i se alătură Ash, Dawn și alți antrenori Pokémon, se angajează în luptă cu acesta. Indignat, Darkrai îi prinde în coșmaruri pe mulți Pokémon din piața orașului. Mai târziu în acea seară, Tonio îl găsește pe Palkia odihnindu-se între Turnuri. Darkrai încearcă să îl atace pe Palkia care se odihnește. Ash își dă seama atunci că Palkia era cel căruia Darkrai îi spunea să plece și că coșmarul lui Darkrai îl avertiza pe Ash în legătură cu Palkia.
În timp ce Palkia este pe punctul de a-l lovi pe Darkrai cu unul dintre atacurile sale, Dialga sosește, deschide focul asupra celor doi și intră imediat în Palkia. În timp ce Palkia și Dialga se încăieră, întregul oraș începe să se prăbușească încet. După ce Alice găsește discul muzical „Oración”, Ash și Dawn se urcă la playerul de discuri muzicale de pe podul aerian al Turnurilor Spațiu-Timp, în timp ce Brock ajută la evacuarea orășenilor. Tonio dezvăluie că, dacă Palkia și Dialga se mai ciocnesc o dată, dimensiunea în care se află va fi distrusă. Când Palkia și Dialga își descarcă atacurile, Darkrai traversează linia atacurilor și formează o sferă în jurul său pentru a bloca atacurile, înghițind și imobilizându-i pe Palkia și Dialga în acest proces.
După ce se eliberează, Palkia și Dialga îl atacă amândoi pe Darkrai, făcându-l să se dezintegreze. Ash și Dawn își dau seama că Turnurile Spațiu-Timp nu mai sunt încărcate, așa că Pikachu împreună cu Pachirisu al lui Dawn își folosesc puterile electrice pentru a încărca Turnurile în timp ce joacă discul „Orácion”. Cântecul reușește să-i calmeze cu succes pe Palkia și Dialga. Dialga zboară, iar rana lui Palkia se vindecă. Ash și Dawn reușesc să o roage cu succes pe Palkia să restaureze părțile pierdute ale orașului, readucând Orașul Alamos la cum a fost inițial, iar orășenii și Pokémon se bucură și se întorc acasă. Mai târziu, grupul deplânge pierderea lui Darkrai, cu Alice mulțumindu-i pentru eforturile sale. Ei îl găsesc apoi pe Darkrai stând în vârful Turnului Spațial.
În montajul de final al creditului, Dawn nu reușește să câștige o panglică la concursul ei Pokémon.
.