O parte din ceea ce este astăzi statul Mississippi a fost inclusă în Republica Florida de Vest, care a fost proclamată în 1810 de coloniștii americani în opoziție față de dominația spaniolă. Steagul lor avea un fundal albastru cu o singură stea albă în centru. (Un design similar a fost folosit în anii 1830 de către americanii pro-independență din Texas). A fost arborat la 9 ianuarie 1861, când Mississippi a adoptat Ordonanța de Secesiune înainte de a se alătura Statelor Confederate ale Americii. Steagul alb-albastru a devenit cunoscut în tot sudul ca „Bonnie Blue Flag”. La 26 ianuarie a aceluiași an, Mississippi a adoptat steagul Magnolia, cu arborele nativ pe un câmp alb; cantonul era albastru cu o stea albă centrală, încorporând astfel designul Bonnie Blue. Steagul Magnolia pare să nu fi fost folosit după sfârșitul Războiului Civil; cu toate acestea, magnolia a fost desemnat arborele oficial al statului în 1938.
O nouă constituție a statului a fost adoptată în 1890; a fost produsul unei majorități albe care dorea să minimizeze influența în afacerile statului a negrilor locali și a guvernului federal. Ca un simbol al schimbării puterii, la 7 februarie 1894, statul a adoptat un nou steag care a fost creat probabil de senatorul american E.N. Scudder. Cele trei dungi orizontale ale acestuia aminteau de Stelele și Barele Confederației, în timp ce steagul de luptă al Confederației forma cantonul său. Separarea cantonului de dungile albastre și roșii printr-o fimbriază albă (margine îngustă) a fost confirmată prin decret guvernamental în 1996.
Encyclopædia Britannica, Inc.
Mulți locuitori din Mississippi s-au opus designului din 1894, susținând că acesta amintește de sclavia neagră și de tradițiile rasiste; cu toate acestea, mulți susținători ai steagului au susținut că acesta reprezintă mândria statului și moștenirea sudică. În timp ce examina o contestație legală conexă în 2000, Curtea Supremă a statului a stabilit că steagul fusese omis din greșeală dintr-o revizuire a statutelor statului în 1906; prin urmare, steagul a încetat să mai fie legal la acel moment. La 6 mai 2000, guvernatorul a autorizat utilizarea designului ca steag interimar, iar un referendum la nivel de stat din 17 aprilie 2001 a aprobat steagul existent în detrimentul unui design alternativ propus, care ar fi omis steagul de luptă al Confederației.
În 2020, protestele la nivel național privind brutalitatea poliției împotriva americanilor de culoare au dus la o examinare mai amplă a nedreptății rasiale din Statele Unite și au existat critici reînnoite cu privire la prezența steagului de luptă al Confederației în designul steagului statului. La 28 iunie, legislativul din Mississippi a adoptat un proiect de lege care prevede retragerea versiunii actuale a steagului și comandarea conceperii unuia nou. Proiectul de lege a fost promulgat de guvernatorul statului la 30 iunie. Legea prevedea ca noul design să includă cuvintele „In God We Trust” (În Dumnezeu avem încredere) și interzicea utilizarea steagului de luptă al Confederației. Noul design care a fost ales în cele din urmă includea o floare de magnolie centrală înconjurată de 20 de stele albe, o stea aurie și motto-ul „In God We Trust” pe un câmp de dungi verticale inegale de culoare roșie, aurie și albastră. Acesta a fost aprobat de electoratul din Mississippi prin referendum la 3 noiembrie. Un proiect de lege pentru adoptarea oficială a designului steagului aprobat a fost ratificat de Camera Reprezentanților a statului la 5 ianuarie 2021 și de Senatul statului la 6 ianuarie; a fost promulgat de guvernator la 11 ianuarie.
Magnolia din centrul steagului, de mult timp un simbol al statului Mississippi, reprezintă, de asemenea, ospitalitatea, speranța și renașterea. Cercul de 20 de stele albe reflectă rangul statului Mississippi ca al 20-lea stat admis în Statele Unite ale Americii; steaua aurie îi reprezintă pe nativii americani care au fost primii locuitori ai pământului care avea să devină statul Mississippi. Albastrul folosit în dunga verticală centrală amintește de albastrul drapelului Statelor Unite și reprezintă vigilența, dreptatea și perseverența. Roșul, folosit în cele două dungi exterioare, indică robustețea și vitejia. Auriul, folosit în cele două dungi subțiri și în staminele magnoliei, este menit să reprezinte o aluzie la moștenirea culturală a statului Mississippi.
.