Archäologische Funde deuten darauf hin, dass die Domestizierung der Pferde vor etwa 6.000 Jahren in den Steppengebieten nördlich des Schwarzen Meeres von der Ukraine bis nach Kasachstan stattgefunden hat. Trotz intensiver Untersuchungen über einen langen Zeitraum hinweg bleiben viele Fragen über die frühe Entwicklung der Art im Zuge ihrer Domestizierung offen. Eine entscheidende Frage ist, ob die Domestizierung auf einen einzigen Standort beschränkt war oder in mehreren Gebieten stattfand. Damit verbunden ist die Frage, ob sich die domestizierten Pferde in ganz Eurasien ausbreiteten oder ob sich die Praxis der Pferdedomestikation auf neue Gebiete ausbreitete, indem lokale Züchter ihre eigenen Wildpferde einfingen und in den Genpool der Hauspferde einführten. Moderne genetische Techniken wurden eingesetzt, um diese Fragen zu beantworten, aber verschiedene Regionen des Pferdegenoms (d.h. die vollständige Nukleinsäuresequenz des genetischen Codes eines Pferdes) haben unterschiedliche Antworten geliefert.
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Die Ergebnisse von Untersuchungen der mitochondrialen DNA (mtDNA), die nur von der Mutter vererbt wird, zeigten eine große Vielfalt unter den Individuen und stützten die Idee, dass Wildpferde aus vielen verschiedenen geografischen Gebieten zum Hauspferd beigetragen haben. Die mtDNA-Daten wiesen eindeutig darauf hin, dass es mehrere Domestizierungsorte mit einer großen Anzahl von Stuten in den ersten Populationen gab und dass mit der Ausbreitung der domestizierten Pferde ein genetischer Input von lokalen Wildpferden in den Genpool der Hauspferde eingebracht wurde. Die mtDNA-Daten zeigten auch, dass das moderne Pferd eine Mischung aus alten Linien ist, die sich alle auf eine „Urstute“ zurückführen lassen, die vor 130 000 bis 160 000 Jahren lebte; es gibt also keine eindeutige mtDNA-Signatur für moderne Pferderassen.
Im Gegensatz dazu haben Studien ergeben, dass das Hauspferd von einer einzigen, väterlicherseits vererbten Y-Chromosomen-Linie dominiert wird, in der es fast keine Variation gibt. Eine Ausnahme bildete eine Studie an Pferden im Südwesten Chinas, bei der festgestellt wurde, dass einige südchinesische Populationen männlicher Pferde eine Y-Chromosom-Variante besaßen, die bei keiner anderen untersuchten Rasse vorhanden war. Diese Variante könnte eine andere väterliche Linie repräsentieren, die in der Region überlebt hat, oder sie könnte eine neuere Mutation darstellen. Das Fehlen von Variationen auf dem Y-Chromosom scheint auf einen sehr engen Ursprung des Hauspferdes hinzuweisen. Die Unterschiede in der Variation zwischen der mütterlichen und der väterlichen Linie könnten jedoch die unterschiedliche Behandlung von Stuten und Hengsten durch die Züchter widerspiegeln. Es ist möglich, dass im Laufe der Geschichte weit mehr Stuten zur Entstehung des Hauspferdes beigetragen haben als Hengste, da Hengste schwer zu handhaben sind. Hinzu kommt, dass die meiste Selektion auf die männlichen Tiere ausgerichtet ist, weil sie auf der Ebene des Individuums im Vergleich zu den weiblichen Tieren eine so große Anzahl von Nachkommen produzieren können. (Mit anderen Worten, es ist wahrscheinlich, dass eine kleine Anzahl relativ kooperativer Hengste dazu verwendet wurde, eine große Anzahl von Stuten zu befruchten.)
Studien, die andere DNA-Regionen untersuchten, haben eine hohe genetische Vielfalt bei Pferden ergeben, die mit den Ergebnissen der mtDNA übereinstimmt. Forschungsarbeiten zu Beginn des 21. Jahrhunderts deuteten darauf hin, dass es auf der Iberischen Halbinsel (die Region, die Spanien und Portugal umfasst), die während des Pleistozäns und Holozäns als Zufluchtsort für viele Arten, darunter auch Pferde, diente, offenbar ein unabhängiges Domestikationsereignis gegeben hat. Darüber hinaus gibt es Hinweise darauf, dass der Mensch das Hauspferd aus Westeurasien verbreitet hat und dass die Hauspferdepopulationen durch wilde Tiere ergänzt wurden, was die genetische Vielfalt der Hauspferde erhöht hat. Auf der Grundlage moderner genetischer Analysen kann die Frage nach der Domestizierung des Pferdes dahingehend beantwortet werden, dass das Pferd eine vielfältige Abstammung hat, dass es mehr als ein Domestizierungsereignis gab und dass Hauspferde im Laufe ihrer Domestizierungsgeschichte in großem Umfang gekreuzt wurden.
E. Gus Cothran The Editors of Encyclopaedia Britannica