Obwohl der Ursprung des Getränks nicht bekannt ist, heißt es, es sei um 1918 in der Region Alentejo in Portugal entstanden, mit einem beliebten Rezept aus Zitrone, Knoblauch und Honig, das für Patienten mit der Spanischen Grippe angezeigt war. Ein anderer Bericht besagt, dass Caipirinha auf Poncha basiert, einem alkoholischen Getränk aus Madeira, Portugal. Die Hauptzutat ist Aguardente de Cana, das aus Zuckerrohr hergestellt wird. Die Portugiesen verlagerten den Zuckerrohranbau von Madeira nach Brasilien, da sie mehr Land für den Anbau benötigten. Zuvor hatten die Menschen auf Madeira bereits Aguardente de Cana hergestellt, den Vorläufer des Cachaça.
Heute wird er noch immer als Tonikum bei Erkältungen verwendet. Üblicherweise fügen Praktiker den Hausmitteln etwas destillierten Schnaps hinzu, um die therapeutische Wirkung zu beschleunigen. Aguardiente wurde häufig verwendet. „Bis eines Tages jemand beschloss, den Knoblauch und den Honig zu entfernen. Dann fügte man ein paar Esslöffel Zucker hinzu, um den Säuregehalt der Limette zu reduzieren. Dann kam das Eis dazu, um die Hitze abzuwehren“, erklärt Carlos Lima, Geschäftsführer des IBRAC (Brasilianisches Institut für Cachaça).
Historikern zufolge wurde der Caipirinha im 19. Jahrhundert von Landbesitzern in der Region Piracicaba im Landesinneren des Bundesstaates São Paulo als lokales Getränk für „gehobene“ Veranstaltungen und Partys erfunden, ein Ausdruck der starken Zuckerrohrkultur in der Region.
Der Caipirinha ist der stärkste Nationalcocktail Brasiliens und wird in Restaurants, Bars und vielen Haushalten im ganzen Land getrunken. Einst außerhalb Brasiliens fast unbekannt, wurde das Getränk in den letzten Jahren immer beliebter und weiter verbreitet, was zum großen Teil auf die zunehmende Verfügbarkeit von erstklassigen Cachaça-Marken außerhalb Brasiliens zurückzuführen ist. Die International Bartenders Association ernannte ihn zu einem ihrer offiziellen Cocktails, zu einem zeitgenössischen Klassiker.