Původ tohoto nápoje není znám, ale podle jedné verze vznikl kolem roku 1918 v portugalském regionu Alentejo podle oblíbeného receptu z citronu, česneku a medu, který byl určen pro pacienty se španělskou chřipkou. Podle jiné verze vychází Caipirinha z Ponchy, alkoholického nápoje z portugalské Madeiry. Hlavní složkou je aguardente de cana, která se vyrábí z cukrové třtiny. Produkci cukrové třtiny přesunuli Portugalci z Madeiry do Brazílie, protože potřebovali více půdy k jejímu pěstování. Již předtím lidé na Madeiře vytvořili nápoj aguardente de cana, který byl předchůdcem cachaçy.
Dnes se stále používá jako tonikum proti nachlazení. Běžně praktičtí lékaři přidávají do domácích léků trochu destilátu, aby urychlili léčebný účinek. Běžně se používalo Aguardiente. „Až jednoho dne se někdo rozhodl odstranit česnek a med. Pak přidal několik lžic cukru, aby snížil kyselost limetky. Pak přišel na řadu led, aby zahnal horko,“ vysvětluje Carlos Lima, výkonný ředitel IBRAC (Brazilský institut Cachaça).
Podle historiků vynalezli caipirinhu statkáři v oblasti Piracicaba ve vnitrozemí státu São Paulo v průběhu 19. století jako místní nápoj pro „nadstandardní“ události a večírky, což bylo odrazem silné kultury cukrové třtiny v regionu.
Caipirinha je nejsilnějším národním koktejlem Brazílie a pije se v restauracích, barech a mnoha domácnostech po celé zemi. Kdysi byl tento nápoj mimo Brazílii téměř neznámý, v posledních letech se však stal populárnějším a dostupnějším, z velké části díky rostoucí dostupnosti prvotřídních značek cachaçy mimo Brazílii. Mezinárodní barmanská asociace jej označila za jeden ze svých oficiálních koktejlů, za současnou klasiku.